С какими инфекциями рискуют встретиться туристы — Российская газета
Планируя отпуск, совсем неплохо подстраховаться и заранее разузнать о возможных неприятных «сюрпризах», с которыми могут столкнуться туристы на отдыхе. Согласитесь, совсем не хочется «подцепить» какую-нибудь инфекцию и вместо отдыха заниматься лечением.
Узнать риски туристам помогает Роспотребнадзор — федеральная служба следит за эпидемической ситуацией не только в России, но и в мире, и регулярно обновляет информацию на своем сайте. Итак, чего стоит опасаться в нынешнем сезоне?
Корь
Эпидситуация по кори в Европе ухудшается, констатировали в Роспотребнадзоре, основываясь на последних данных ВОЗ. За последние 14 месяцев корью в странах Европейского региона, а также государствах, граничащих с Россией, переболели 100 тысяч человек. При этом от осложнений заболевания умерло 90 человек. С начала нынешнего года зарегистрировано уже более 51 тысячи случаев заражения корью.
Вот перечень стран, наиболее неблагополучных по кори:
- Украина — 34,2 тыс. случаев заражения;
- Казахстан — 5,3 тыс.;
- Грузия — 2,9 тыс.;
- Кыргызстан — 1,5 тыс.;
- Северная Македония — 829 случаев;
- Литва — 329 случаев;
- Босния и Герцеговина — 327 случаев;
- Болгария — 236 случаев.
Продолжают случаться вспышки кори и в российских регионах. Как поясняют эпидемиологи, это, как правило, «завозные» случаи: вирус «привозят» из-за рубежа туристы, командировочные, мигранты.
С первого апреля в России проходит так называемая «подчищающая» иммунизация: против кори привито уже более 400 тыс. человек.
Почему надо бояться этой инфекции, ведь мы все помним, что в советском детстве болели ею довольно часто?
Во-первых, корь — одна из самых контагиозных инфекций, то есть даесли вы просто побывали в одном помещении с больным человеком, риск заразиться близок к 100 процентам. Во-вторых, у взрослых заболевание протекает намного тяжелее, чем у детей, и чаще дает серьезные осложнения. Вот почему Роспотребнадзор рекомендует не отказываться от проведения прививок, поскольку это единственный надежный способ защиты. Тем более, стоит подумать о вакцинации, планируя поездку в страну, где фактически имеет место эпидемия.
— Если человек был дважды привит от кори в детстве, он защищен, — пояснила «РГ» руководитель отдела профилактики инфекционных заболеваний НИИ детских инфекций ФМБА России профессор Сусанна Харит. — Но если вы не уверены, что делали прививку, или ограничились только одним уколом, а ревакцинацию (повторную прививку) не делали, и при этом вы не болели корью — в этом случае лучше защититься. Тем более что иммунитет, сформированный в результате прививки, может к взрослому возрасту ослабеть. Но это, кстати, можно проверить, сделав специальный анализ крови.
Желтая лихорадка
Любителям экзотических стран стоит озаботиться ситуацией по желтой лихорадке — смертельно опасной инфекции. В 2016-2018 годах, сообщили в Роспотребнадзоре, случаи заболевания были зарегистрированы во многих странах Латинской Америки и Западной Африки. Только в Бразилии с 1 июля 2017-го по 1 июля 2018 года было лабораторно подтверждено 1266 случаев заболевания, в том числе 409 человек (практически каждого третьего!) спасти не удалось.
Встречается желтая лихорадка в Колумбии, Эквадоре, Французской Гвиане, Перу, Гамбии и Суринаме. За этот же год заболели несколько непривитых туристов из Франции, Нидерландов, Румынии, Швейцарии, Германии и Аргентины.
Желтая лихорадка переносится комарами — либо от зараженных обезьян, либо от уже заразившегося человека.
«Профилактическая прививка против желтой лихорадки перед поездкой в эндемичную по этой инфекции страну — это единственное надежное средство предупредить заражение», — пояснили в Роспотребнадзоре. Причем однократной вакцинации достаточно, чтобы сформировать пожизненный иммунитет.
Туристам важно знать: мало только сделать прививку, нужно получить подтверждающий документ — свидетельство о вакцинации — на английском или французском языке с печатью медучреждения, в котором была выполнена прививка. Если при въезде в эндемичную страну турист не сможет предъявить такое свидетельство, его могут задержать и отправить на карантин на шесть дней (столько длится инкубационный период заболевания). Или даже просто не пустить в страну. Роспотребнадзор опубликовал официальный перечень стран, требующих наличия вакцинации против желтой лихорадки и подтверждающего свидетельства.
Планируя отдых, стоит учесть и возможные риски для здоровья
Вот эти страны: Ангола, Бурунди, Габон, Гана, Французская Гвиана, Гвинея-Бисау, Конго, Кот-д Ивуар, Либерия, Мали, Нигер, Сьерра-Леоне, Суринам, Того, Центрально-Африканская Республика. Список стран, при въезде в которые рекомендовано проведение прививки, намного шире . Полный перечень таких государств также приведен на официальном сайте Росздравнадзора. К уже перечисленным в нем добавлены еще несколько африканских стран и большинство стран Латинской Америки.
Коксаки
Этот вирус наделал немало шуму летом 2017 года, когда эпидемия разразилась на курортах Турции. Не случайно вирус иногда называют «турецким гриппом». Заболевание не смертельное, но неприятное: с высокой температурой и сильным недомоганием. Коксаки — это энтеровирусная (кишечная) инфекция, поражающая к тому же кожу. Летом 2017 года нашей надзорной службе пришлось даже открыть «горячую линию» для наших туристов. И объяснять, что избежать заражения можно: надо только соблюдать правила личной гигиены и воздержаться от купания в бассейне.
В этом сезоне случаев заболевания, вызванных вирусом Коксаки, не зарегистрировано. Но сезон еще только начинается, а потому стоит напомнить, в отелях каких городов распространялась инфекция: Сиде, Аланья, Белек, Кемер, Анталья.
Случай
Пять минут на выход
Из-за детской ветрянки семья Хайруллиных возвращалась домой в Набережные Челны с дополнительными «приключениями». Фото: instagram.com/alinapesok
Семья российских туристов застряла на Канарских островах из-за ветрянки, которой заболели дети. На обратном пути их высадили из самолета. Этот случай широко обсуждался в соцсетях. Права ли была авиакомпания, и смогут ли в такой ситуации туристы вернуть дополнительно понесенные расходы? «Авиакомпания была абсолютно права, — сообщила «РГ-Неделе» руководитель направления по страхованию ответственности туроператоров Совета по медстрахованию ВСС Юлия Алчеева. — В случае если у кого-либо из пассажиров есть явные признаки инфекционного заболевания, командир судна имеет право принять решение об отказе в воздушной перевозке. Это в интересах и самого больного человека, и других пассажиров».
Семья вынужденно продолжила «отдых»: потратилась на отель, питание, приобретение новых билетов. Можно ли вернуть эти деньги? «Выезжая за рубеж, все туристы оформляют медицинскую страховку, — отметила Алчеева. — Если в договоре предусмотрено покрытие подобных случаев, то все дополнительные расходы страховая компания компенсирует».
Конечно, в жизни случается разное, и бывает, что авиакомпаниям приходится перевозить больных людей. В этом случае, советует Юлия Алчеева, туристу следует оформить в госпитале, куда он обращался за помощью, fit-to-fly (flight recommendations) — это медицинское свидетельство того, что человек допускается к авиаперевозке, что его состояние позволяет перенести полет. В этом документе также могут быть указаны детали, нуждается ли он в сопровождении или особой помощи.
Конечно, лучше вовсе не попадать в подобные истории, и чтобы защитить себя от инфекций, стоит соблюдать календарь прививок, а в случае необходимости сделать дополнительную вакцинацию. Но, отметила эксперт, прививка остается делом добровольным, поэтому ее отсутствие не может служить для страховой компании поводом, чтобы отказать туристам в компенсации непредвиденных расходов.
Кстати
Чем чаще всего болеют на курортах
Многие воспользовались длинными майскими праздниками, чтобы открыть курортный сезон. Больше всего обращений за медпомощью от наших туристов поступило за это время из Таиланда, Турции, Кипра и Вьетнама, сообщили в «Сбербанк Страховании». Основные причины — простуда, ОРВИ, тонзиллит. Обострениям способствует смена климата, кондиционеры, прохладительные напитки. В Таиланде и Вьетнаме много обращений из-за пищевых отравлений, а также из-за укусов животных, насекомых и опасных морских обитателей — медуз, морских змей и ежей. В Таиланде и Турции туристы получают травмы в результате ДТП. Еще одна частая причина — солнечные ожоги.
Более 20 тысяч россиян умерли в 2018 году от ВИЧ-инфекции
https://ria.ru/20190731/1557027249.html
Более 20 тысяч россиян умерли в 2018 году от ВИЧ-инфекции
Более 20 тысяч россиян умерли в 2018 году от ВИЧ-инфекции — РИА Новости, 03.03.2020
Более 20 тысяч россиян умерли в 2018 году от ВИЧ-инфекции
ВИЧ-инфекция стала одной из основных причин смертности в молодом трудоспособном возрасте, в 2018 году от ВИЧ умирали чаще, чем от онкологии, заболеваний органов РИА Новости, 03.03.2020
2019-07-31T04:15
2019-07-31T04:15
2020-03-03T15:15
общество
министерство здравоохранения рф (минздрав россии)
россия
/html/head/meta[@name=’og:title’]/@content
/html/head/meta[@name=’og:description’]/@content
https://cdnn21.img.ria.ru/images/155352/13/1553521370_0:60:1500:904_1920x0_80_0_0_552ec2e3ca2fd6d0146947bc43548d4a.jpg
МОСКВА, 31 июл — РИА Новости. ВИЧ-инфекция стала одной из основных причин смертности в молодом трудоспособном возрасте, в 2018 году от ВИЧ умирали чаще, чем от онкологии, заболеваний органов пищеварения и нервной системы, следует из доклада «Эпидемическая ситуация по ВИЧ-инфекции в России в 2018 году».»ВИЧ-инфекция в молодом трудоспособном возрасте (18-44 года) выходит на одно из первых мест в структуре смертности населения (2018 год). От ВИЧ-инфекции в данном возрасте (без случаев смерти от внешних причин) умирает больше (15,8%), чем от злокачественных новообразований (13,1%), заболеваний органов дыхания (5,4%), пищеварения (14,9%) и нервной системы (3,6%), ишемической болезни сердца (8,4%), цереброваскулярных болезней (5,1%), туберкулеза (3,3%)», — говорится в докладе, опубликованном на сайте Центрального научно-исследовательского института организации и информатизации здравоохранения Минздрава РоссииКак отмечается в докладе, более 76% умерших от ВИЧ в 2018 году это люди в возрасте от 25 до 44 лет. Всего от ВИЧ-инфекции в прошлом году умерли 20,5 тысяч человек, уточняется в докладе.Ранее пресс-служба Минздрава России сообщала, что всего в 2018 году ВИЧ-инфекция была выявлена у почти 86 тысяч человек. При этом 71% новых случаев ВИЧ-инфекции у взрослых и у 83% у детей выявляются на ранних стадиях. В целом в России зарегистрировано 896 тысяч человек с ВИЧ, из них под диспансерным наблюдением находятся 712,5 тысяч.
https://ria.ru/20190727/1556930959.html
россия
РИА Новости
7 495 645-6601
ФГУП МИА «Россия сегодня»
https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/
2019
РИА Новости
7 495 645-6601
ФГУП МИА «Россия сегодня»
https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/
Новости
ru-RU
https://ria.ru/docs/about/copyright.html
https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/
РИА Новости
7 495 645-6601
ФГУП МИА «Россия сегодня»
https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/
https://cdnn21.img.ria.ru/images/155352/13/1553521370_108:0:1392:963_1920x0_80_0_0_36d8139732ddb4834e2b5bca573d8a31.jpgРИА Новости
7 495 645-6601
ФГУП МИА «Россия сегодня»
https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/
РИА Новости
7 495 645-6601
ФГУП МИА «Россия сегодня»
https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/
общество, министерство здравоохранения рф (минздрав россии), россия
МОСКВА, 31 июл — РИА Новости. ВИЧ-инфекция стала одной из основных причин смертности в молодом трудоспособном возрасте, в 2018 году от ВИЧ умирали чаще, чем от онкологии, заболеваний органов пищеварения и нервной системы, следует из доклада «Эпидемическая ситуация по ВИЧ-инфекции в России в 2018 году».
«ВИЧ-инфекция в молодом трудоспособном возрасте (18-44 года) выходит на одно из первых мест в структуре смертности населения (2018 год). От ВИЧ-инфекции в данном возрасте (без случаев смерти от внешних причин) умирает больше (15,8%), чем от злокачественных новообразований (13,1%), заболеваний органов дыхания (5,4%), пищеварения (14,9%) и нервной системы (3,6%), ишемической болезни сердца (8,4%), цереброваскулярных болезней (5,1%), туберкулеза (3,3%)», — говорится в докладе, опубликованном на сайте Центрального научно-исследовательского института организации и информатизации здравоохранения Минздрава РоссииКак отмечается в докладе, более 76% умерших от ВИЧ в 2018 году это люди в возрасте от 25 до 44 лет. Всего от ВИЧ-инфекции в прошлом году умерли 20,5 тысяч человек, уточняется в докладе.
Ранее пресс-служба Минздрава России сообщала, что всего в 2018 году ВИЧ-инфекция была выявлена у почти 86 тысяч человек. При этом 71% новых случаев ВИЧ-инфекции у взрослых и у 83% у детей выявляются на ранних стадиях. В целом в России зарегистрировано 896 тысяч человек с ВИЧ, из них под диспансерным наблюдением находятся 712,5 тысяч.
27 июля 2019, 12:39
Названы самые опасные инфекционные болезни в РоссииЕРБ ВОЗ | Резкий рост числа случаев инфекции, вызываемой вирусом Западного Нила, в Южной и Центральной Европе
В 2018 г., по сравнению с предшествующими четырьмя годами, наблюдается резкий рост числа случаев инфекции, вызываемой вирусом Западного Нила (ВЗН). Это главным образом связано с ранним началом сезона передачи инфекции в Европейском регионе ВОЗ в нынешнем году, обычно продолжающегося с июля по октябрь. Нынешний сезон характеризуется высокими температурами и продолжительными дождливыми периодами, на смену которым приходит засушливая погода. Такие погодные условия способствовали размножению и распространению комаров.
По данным Европейского центра профилактики и контроля заболеваний (ECDC), по состоянию на 16 августа 2018 г. в европейских странах был зарегистрирован в общей сложности 401 автохтонный случай инфицирования людей вирусом Западного Нила, 22 из которых имели летальный исход. Наиболее сильно пострадали такие страны, как Сербия (126 случаев), Италия (123 случая), Греция (75 случаев), Венгрия (39 случаев) и Румыния (31 случай). Все эти страны в прошлом уже оказывались затронутыми инфекцией ВЗН.
Кто находится в группе риска?
Люди, совершающие поездки в затронутые инфекцией ВЗН регионы, а также жители этих регионов находятся в группе риска инфицирования вирусом Западного Нила. Симптомы инфекции, вызываемой ВЗН, проявляются лишь у 20% инфицированных людей. Некоторые группы населения (например, пожилые люди, беременные женщины, люди с ослабленным иммунитетом) подвергаются повышенному риску развития у них более тяжелой нейроинвазивной формы болезни.
Ввиду благоприятных погодных условий в нынешнем сезоне, вирус может распространиться на новые территории и затронуть новые группы населения, которые никогда ранее не сталкивались с данной инфекцией. В этих регионах отмечается низкий уровень осведомленности населения, а также работников здравоохранения и ветеринарных специалистов о ВЗН, что может затруднить раннее выявление случаев данного заболевания.
Защитите себя при помощи четырех мер профилактики
В настоящее время вакцины против инфекции ВЗН у человека не существует. Для предотвращения инфицирования людям, находящимся в затронутых ВЗН районах, следует соблюдать четыре меры профилактики этой инфекции (на английском – “4 Ds”, по первым буквам названия каждой меры), а именно:
- Dusk (Сумерки). Сумерки – это излюбленное время питания комаров, поэтому для человека вероятность быть укушенным наиболее высока именно в это время суток. Избегайте нахождения на открытом воздухе в пиковое для укусов время.
- Dress (Одежда). Носите рубашки с длинными рукавами и брюки светлых тонов.
- DEET (ДЭТА). Используйте репелленты, содержащие ДЭТА (диэтилтолуамид), строго соблюдая инструкции для пользователей, размещенные на упаковке.
- Drainage (Дренаж). Позаботьтесь о регулярном удалении воды из возможных мест размножения комаров (таких как цветочные горшки, емкости для воды, поилки для птиц и детские бассейны), чтобы не допустить их превращения в реальные очаги размножения комаров.
Помимо этого, рекомендуется надевать перчатки и другую защитную одежду при обращении с больными животными или их тканями, а также при проведении процедур забоя или выбраковки.
Информация о ВЗН
Инфекция ВЗН передается человеку через укусы инфицированных комаров, в основном – комаров рода Culex. Кроме того, инфицирование может произойти при переливании крови или трансплантации органов, тканей или клеток. Помимо этого, данная вирусная инфекция может также приводить к тяжелому заболеванию и смерти лошадей и обезьян. Птицы являются естественным резервуарным хозяином для вируса Западного Нила.
Хотя у 80% людей инфекция ВЗН протекает бессимптомно, в 20% случаев у заболевших развивается лихорадка Западного Нила (ЛЗН) – фебрильное, гриппоподобное заболевание, характеризующееся резким повышением температуры (до умеренно высокой и высокой), головной болью, болью в горле, мышцах, суставах и спине, слабостью, тошнотой и диареей.
Специфических методов лечения инфекции ВЗН, помимо симптоматической терапии, не существует. При этой вирусной инфекции больным зачастую необходима госпитализация, внутривенная инфузионная терапия и респираторная поддержка. Выздоровление (быстрое у детей и медленное у взрослых), как правило, наступает у всех больных, однако часто сопровождается длительной мышечной болью и повышенной утомляемостью.
Тяжелые симптомы, такие как менингит и энцефалит, наблюдаются у менее чем 1% заболевших.
Смертность среди пациентов, у которых развивается нейроинвазивная форма болезни, составляет от 4% до 14%.
Инфекционное заболевание человека, вызванное ВЗН, было впервые описано в Европе в 1950-х годах, и с тех пор в Европейском регионе было зарегистрировано большое число вспышек этой инфекции. На сегодняшний день самая серьезная вспышка инфекции ВЗН в Европе произошла в 1996–1997 гг. в Румынии.
Рекомендации по охране общественного здоровья и поддержка со стороны ВОЗ
ВОЗ совместно со странами работает над тем, чтобы уменьшить риски, связанные с ВЗН, а также возбудителями других трансмиссивных инфекционных болезней. ВОЗ оказывает поддержку странам в предоставлении рекомендаций по вопросам охраны здоровья лицам, входящим в группу риска, в осуществлении мер профилактики, эпиднадзора и борьбы с инфекцией, а также в эффективном ведении случаев заболевания и борьбе со вспышками.
Реализация Региональной рамочной программы по эпиднадзору и борьбе с инвазивными видами комаров-переносчиков и возвращающимися трансмиссивными болезнями на 2014–2020 гг. будет обсуждаться на шестьдесят восьмой сессии Европейского регионального комитета ВОЗ, которая пройдет в Риме (Италия) 17–20 сентября 2018 г.
Активная герпесвирусная инфекция у детей раннего возраста | Егорова
1. Боковой А.Г., Егоров А.И. Герпесвирусные инфекции у детей и родителей: Учебное пособие для студентов, врачей-педиатров, инфекционистов, иммунологов. М.: Центр стратегической конъюнктуры, 2014: 256.
2. Chen M.R. Epstein-Barr Virus, the Immune System, and Associated Diseases. Front Microbiol. 2011; 2: 5. https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00005
3. Mogensen T.H., Paludan S.R. Molecular pathways in virus-induced cytokine production. Microbiol Mol Biol Rev. 2001; 65: 131— 150. https://doi.org/10.1128/MMBR.65.1.131-150.2001
4. Kanegane H., Wakiguchi H., Kanegane C., Kurashige T., Tosato G. Viral interleukin-10 in chronic active Epstein-Barr virus infection. J Infect Dis. 1997; 176(1): 254—257.
5. Dokmeci E., Xu L., Robinson E., Golubets K., Bottomly K., Herrick C.A. EBV deficiency leads to diminished T helper type 1 and increased T helper type 2 mediated airway inflammation. Immunology. 2011; 132(4): 559—566. https://doi.org/10.1111/j.1365-2567.2010.03401
7. Харламова Ф.С., Н.Ю. Егорова, О.В. Шамшева, В.Ф. Учайкин, О.В. Молочкова, Е.В. Новосад, Т.М. Лебедева, Е.В. Симонова. Роль герпесвирусной инфекции IV, Vи VI типов в инфекционной и соматической патологии у детей. Педиатрия. 2017; 96 (4): 42—47. https://doi.org/10.24110/0031-403X-2017-96-4-42-47 (In Russ.)
8. Лебедева Т. М., Егорова Н.Ю., Каражас Н. В., Рыбалкина Т.Н., Калугина М.Ю., Анджель А.Е., Учайкин В.Ф. Роль герпесвирусных инфекций при длительных субфебрилитетах у детей. Детские инфекции. 2013; 12(4):23—27. (In Russ.) DOI:10.22627/2072-8107-2013-12-4-23-27
9. Симонова Е.В., Харламова Ф.С., Учайкин В.Ф., Дроздова И.М., Егорова Н.Ю. Поражение ЦНС при герпесвирусной моно-и микст-инфекции 6-го типа у детей. Педиатрия. 2016; 95(2): 22—29. DOI: 10.24110/0031-403X-2016-95-2-22-29
10. Абрамова Н.А., Савенкова М.С., Абрамов А.Д. Роль внутрисемейного инфицирования часто болеющих детей. Детские инфекции. 2014; 13(1): 52—58.
11. Сотников И.А., Егорова Н.Ю., Вальтц Е.А., Чичаев Е.В., Кущ А.А. Значение персистенции цитомегаловирусной инфекции в формировании группы часто болеющих детей. Детские инфекции. 2015; 14(4):13—16. DOI:10.22627/2072-8107-2015-14-4-13-16
12. Половцева Т.В., Каражас Н.В., Калугина М.Ю., Мамедова Е.А. и др. Диагностика герпесвирусной инфекции у детей раннего возраста. Детские инфекции. 2012; 2:51—53.
13. Егорова Н.Ю. Цитомегаловирусный мононуклеоз (клиника, диагностика, дифференциальный диагноз): Автореф. дисс. … к.м.н. M., 2006.
14. Симованьян Э.Н., Денисенко В.Б., Григорян А.В., Ким М.А., Бовтало Л.Ф., Белугина Л.В. Эпштейна-Барр вирусная инфекция у детей: совершенствование программы диагностики и лечения. Детские инфекции. 2016; 15(1):15—24.
15. Врожденные, перинатальные и неонатальные инфекции. Пер. с англ.: Под ред. А. Гриноу, Д. Осборна, Ш. Сазерленд. М, Медицина, 2000: 288. Congenital, perinatal and neonatal infections. Ed. A. Greenow, D. Osborne, S. Sutherland. M, Medicine, 2000: 288. (In Russ.)
16. Klemola E., von Essen R., Henle G. et al.: Infectious mononucleosislike disease with negative heterophil agglutination test: Clinical features in relations to Epstein-Barr virus and cytomegalovirus and antibodies. J. Infect. Dis. 1970; 121: 608—614.
Эпидемиологическая ситуация по ВИЧ-инфекции в регионе за 2018 год
По информации главного врача центра «Хелпер» Магомеда Асадуллаева за 2018 год в Новгородской области зарегистрировано 325 ВИЧ-инфицированных. Из них 191 мужчина и 134 женщины.
В большинстве случаев (79,4%) больные заразились половым путем, в 17,5% случаях — парентеральным, и 0,9% — вертикальным путём передачи ВИЧ-инфекции.
Показатель заболеваемости по области за 2018 год составил — 53,6 на 100 тыс. населения. При этом показатель за 2018 год по РФ — 69,0.
Не выявлены ВИЧ-инфицированные в 2018 году в Маревском и Холмском районах области.
Высокая заболеваемость наблюдается в Батецком, Поддорском, Парфинском, Маловишерском, Хвойнинском, Валдайском, Чудовском, Солецком районах.
В Любытинском, Старорусском, Мошенском, Боровичском, Волотовском районах и в Великом Новгороде отмечена, наоборот, показатели заболеваемости низкие.
За 2018 год родилось 57 детей от ВИЧ-инфицированных матерей, из них трое – отказные.
С диагнозом ВИЧ-инфекция в 2018 году зарегистрировано 3 детей, у 1 ребенка на 31.12.2018 г. диагноз под вопросом.
Умерло за 12 месяцев 2018 года 117 человек, в стадии СПИДа – 33. Средний возраст умерших 38 лет.
За год диспансерное обследование прошли 97,6% из всех пациентов, состоявших на учете.
Всего на 2018 год было запланировано лечение 1250 человек. В 2018 году специфическую терапию получали 1203 человека.
В 2018 году на ВИЧ в области обследовано 140 556 человек, включая иностранных граждан (5 919 чел.), проведено 3 767 исследований для определения иммунного статуса и 4 236 исследований для определения вирусной нагрузки.
Также за 2018 год 137 571 человек обследовано на гепатиты В и С. Выявлено 206 человек, больных гепатитом В и 183 больных гепатитом С.
В целях профилактики, диагностики и лечения ВИЧ-инфекции в регионе ведётся активная работа. Это распространение листовок и других информационных материалов во всех организациях здравоохранения, размещение информации на стендах, аудио и видео-рекламы на остановках и в общественном транспорте.
Это конференции и образовательные программы для врачей по вопросам ВИЧ-инфекции. За 2018 год 426 медицинских работника, 3019 учащихся техникумов и школ, 539 представителя различных организаций, 47 волонтеров прошли обучение.
Всего 19 800 человек проконсультировано по вопросам ВИЧ.
Также подготовлен приказ министерства здравоохранения области № 845 –Д от 24.12.2018 г. « Об организации мед. освидетельствования на ВИЧ-инфекцию жителей области в 2019 году» и «Межведомственная программа по вопросам профилактики ВИЧ-инфекции в ключевых группах населения на территории Новгородской области 2019-2021 годы».
С целью оказания консультативно-методической помощи осуществлено 15 выездов в учреждения ФСИН. Обследовано на ВИЧ-инфекцию 1677 человек, находящихся в местах лишения свободы и выявлено 38 новых случаев ВИЧ-инфекции.
Стратегии исследования патогенности вируса Зика | Казачинская
2. Sikka V, Chattu V K., Popli R.K., Galwankar S.C., Kelkar D., Sawicki S.G., Stawicki S.P, Papadimos T. J. The Emergence of Zika Virus as a Global Health Security Threat: A Review and a Consensus Statement of the INDUSEM Joint Working Group (JWG). J. Glob. Infect. Dis. 2016, 8(1):3—15. DOI: 10.4103/0974-777X.176140.
3. Bearcroft W.G. Zika virus infection experimentally induced in a human volunteer. Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 1956; 50(5):442-8. PubMed PMID: 13380987.
4. Lanciotti R.S., Kosoy O.L., Laven J.J., Velez J.O., Lambert A.J., Johnson A.J., Stanfield S.M., Duffy M.R. Genetic and serologic properties of Zika virus associated with an epidemic, Yap State, Micronesia, 2007; Emerg. Infect. Dis. 2008; 14(8):1232—9. DOI: 10.3201/eid1408.080287.
5. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Топорков А.В., Викторов Д.В., Смелянский В.П., Жуков К.В., Бородай Н.В., Шпак И.М., Куличенко А.Н., Михеев ВН., Малеев В.В., Шипулин А.Г. Лихорадка Зика: состояние проблемы на современном этапе. Проблемы особо опасных инфекций. 2016; 1:5—12. DOI: 10.21055/0370-1069-2016-1-5-12.
6. Acosta-Reyes J., Navarro E., Herrera M.J., Goenaga E., Ospina M.L., Parra E., Mercado M., Chaparro P., Beltran M., Gunturiz M.L., Pardo L., Valencia C., Huertas S., Rodriguez J., Ruiz G., Valencia D., Haddad L.B., Tinker S.C., Moore C.A., Baquero H. Severe Neurologic Disorders in 2 Fetuses with Zika Virus Infection, Colombia. Emerg. Infect. Dis. 2017; 23(6):982-4. DOI: 10.3201/eid2306.161702.
7. Waggoner J.J., Pinsky B.A. Zika Virus: Diagnostics for an Emerging Pandemic Threat. J. Clin. Microbiol. 2016; 54(4):860-7. DOI: 10.1128/JCM.00279-16.
8. Nicastri E., Castilletti C., Balestra P., Galgani S., Ippolito G. Zika Virus Infection in the Central Nervous System and Female Genital Tract. Emerg. Infect. Dis. 2016; 22(12):2228-30. DOI: 10.3201/eid2212.161280.
9. Allard A., Althouse B.M., Hebert-Dufresne L., Scarpino S.V. The risk of sustained sexual transmission of Zika is underestimated. PLoS Pathog. 2017; 13(9):e1006633. DOI: 10.1371/journal.ppat.1006633.
10. Vorona G.A., Lanni S.M. Fetal Magnetic Resonance Imaging Evaluation of a 21-Week Fetus With Zika Virus Infection. Pediatr. Neurol. 2016; 65:98-9. DOI: 10.1016/j.pediatrneurol.2016.07.014.
11. Sanin-Blair J.E., Gutierrez-Marquez C., Herrera D.A Vossough A. Fetal Magnetic Resonance Imaging Findings in Prenatal Zika Virus Infection. Fetal. Diagn. Ther. 2017; 42(2):153-7. DOI: 10.1159/000454860.
12. Linden V.V., Linden H.V. Junior, Leal M.C., Rolim E.L. Filho, Linden A.V., Aragao M.F.V.V., Brainer-Lima A.M., Cruz D.D.C.S., Ventura L.O., Florencio T.L.T., Cordeiro M.T., Caudas S.D.S. Neto, Ramos R.C. Discordant clinical outcomes of congenital Zika virus infection in twin pregnancies. Arq. Neuropsiquiatr. 2017; 75(6):381-6. DOI: 10.1590/0004-282X20170066.
13. de Araujo T.V., Martelli C.T., de Souza W.V. Zika virus and microcephaly — Authors’ reply. Lancet. Infect. Dis. 2016; 16(12):1332. DOI: 10.1016/S1473-3099(16)30457-1.
14. Schwartzmann P.V., Ramalho L.N., Neder L., Vilar F.C., Ayub-Ferreira S.M., Romeiro M.F., Takayanagui O.M., Dos Santos A.C., Schmidt A., Figueiredo L.T., Arena R., Simoes M.V. Zika Virus Meningoencephalitis in an Immunocompromised Patient. Mayo Clin. Proc. 2017; 92(3):460-6. DOI: 10.10167j.mayocp.2016.12.019.
15. Wijdicks E.F., Klein C.J. Guillain-Barre Syndrome. Mayo Clin. Proc. 2017;92(3):467-479. DOI: 10.1016/j.mayocp.2016.12.002.
16. Edupuganti S., Natrajan M.S., Rouphael N., Lai L., Xu Y, Feldhammer M., Hill C., Patel S.M., Johnson S.J., Bower M., Gorchakov R., Berry R., Murray K.O., Mulligan M.J. Biphasic Zika Illness With Rash and Joint Pain. Open Forum Infect. Dis. 2017; 4(3):ofx133. DOI: 10.1093/ofid/ofx133.
17. Priyamvada L., Quicke K.M., Hudson W.H., Onlamoon N., Sewatanon J., Edupuganti S., Pattanapanyasat K., Chokephaibulkit K., Mulligan M.J., Wilson P.C., Ahmed R., Suthar M.S., Wrammert J. Human antibody responses after dengue virus infection are highly cross-reactive to Zika virus. Proc. Natl. Acad. Sci USA. 2016; 113(28):7852-7. DOI: 10.1073/pnas.1607931113.
18. Lum F.M., Couderc T., Chia B.S., Ong R.Y, Her Z., Chow A., Leo YS., Kam YW., Renia L., Lecuit M., Ng L.F.P. Antibody-mediated enhancement aggravates chikungunya virus infection and disease severity. Sci. Rep. 2018; 8(1):1860. DOI: 10.1038/s41598-018-20305-4.
19. Rastogi M., Sharma N., Singh S.K. Flavivirus NS1: a multifaceted enigmatic viral protein. Virol. J. 2016; 13:131. DOI: 10.1186/s12985-016-0590-7.
20. Chuang Y.C., Lin J., Lin YS., Wang S., Yeh T.M. Dengue Virus Nonstructural Protein 1-Induced Antibodies Cross-React with Human Plasminogen and Enhance Its Activation. J. Immunol. 2016; 196(3):1218-26. DOI: 10.4049/jimmunol.1500057.
21. Xia H., Luo H., Shan C., Muruato A.E., Nunes B.T.D., Medeiros D.B.A., Zou J., Xie X., Giraldo M.I., Vasconcelos P.F.C., Weaver S.C., Wang T., Rajsbaum R., Shi P.Y. An evolutionary NS1 mutation enhances Zika virus evasion of host interferon induction. Nat. Commun. 2018; 9(1):414. DOI: 10.1038/s41467-017-02816-2.
22. Esteves E., Rosa N., Correia M.J., Arrais J.P., Barros M. New Targets for Zika Virus Determined by Human-Viral Interactomic: A Bioinformatics Approach. Biomed Res. Int. 2017; 2017:1734151. DOI: 10.1155/2017/1734151.
23. Lin D., Li L., Xie T., Yin Q., Saksena N., Wu R., Li W., Dai G., Ma J., Zhou X., Chen X. Codon usage variation of Zika virus: the potential roles of NS2B and NS4A in its global pandemic. Virus Res. 2018; 247:71-83. DOI: 10.1016/j.virusres.2018.01.014.
24. Koma T., Veljkovic V, Anderson D.E., Wang L.F., Rossi S.L., Shan C., Shi P.Y’, Beasley D.W., Bukreyeva N., Smith J.N., Hallam S., Huang C., von Messling V, Paessler S. Zika virus infection elicits auto-antibodies to C1q. Sci. Rep. 2018; 8(1):1882. DOI: 10.1038/s41598-018-20185-8.
25. Sheridan M.A., Yunusov D., Balaraman V, Alexenko A.P, Yabe S., Verjovski-Almeida S., Schust D.J., Franz A.W., Sadovsky Y, Ezashi T., Roberts R.M. Vulnerability of primitive human placental trophoblast to Zika virus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2017; 114(9):E1587-E1596. DOI: 10.1073/pnas.1616097114.
26. Pagani I., Ghezzi S., Ulisse A., Rubio A., Turrini F., Garavaglia E., Candiani M., Castilletti C., Ippolito G., Poli G., Broccoli V, Panina-Bordignon P., Vicenzi E. Human Endometrial Stromal Cells Are Highly Permissive to Productive Infection by Zika Virus. Sci. Rep. 2017; 7:44286. DOI: 10.1038/srep44286.
27. Lanko K., Eggermont K., Patel A., Kaptein S., Delang L., Verfaillie C.M., Neyts J. Replication of the Zika virus in different iPSC-derived neuronal cells and implications to assess efficacy of antivirals. Antiviral Res. 2017; 145:82-6. DOI: 10.1016/j.antiviral.2017.07.010.
28. Oh Y., Zhang F., Wang Y, Lee E.M., Choi I.Y, Lim H., Mirakhori F., Li R., Huang L., Xu T., Wu H., Li C., Qin C.F., Wen Z., Wu Q.F., Tang H., Xu Z., Jin P., Song H., Ming G.L., Lee G. Zika virus directly infects peripheral neurons and induces cell death. Nat. Neurosci. 2017; 20(91:1209-12. DOI: 10.1038/nn.4612.
29. Cairns D.M., Chwalek K., Moore YE., Kelley M.R., Abbott R.D., Moss S., Kaplan D.L. Expandable and Rapidly Differentiating Human Induced Neural Stem Cell Lines for Multiple Tissue Engineering Applications. Stem Cell Reports. 2016; 7(3):557—570. DOI: 10.1016/j.stemcr.2016.07.017.
30. Chan J.F., Yip C.C., Tsang J.O., Tee K.M., Cai J.P., Chik K.K., Zhu Z., Chan C.C., Choi G.K., Sridhar S., Zhang A.J., Lu G., Chiu K., Lo A.C., Tsao S.W., Kok K.H., Jin D.Y, Chan K.H., Yuen K.Y Differential cell line susceptibility to the emerging Zika virus: implications for disease pathogenesis, non-vector-borne human transmission and animal reservoirs. Emerg. Microbes Infect. 2016; 5:e93. DOI: 10.1038/emi.2016.99.
31. Morrison T.E., Diamond M.S. Animal Models of Zika Virus Infection, Pathogenesis, and Immunity. J. Virol.2017; 91(8): e00009-17. DOI: 10.1128/JVI.00009-17.
32. Newman C.M., Dudley D.M., Aliota M.T., Weiler A.M., Barry G.L., Mohns M.S., Breitbach M.E., Stewart L.M., Buechler C.R., Graham M.E., Post J., Schultz-Darken N., Peterson E., Newton W., Mohr E.L., Capuano S. 3rd, O’Connor D.H., Friedrich T.C. Oropharyngeal mucosal transmission of Zika virus in rhesus ma-caques. Nat. Commun. 2017; 8(1):169. DOI: 10.1038/s41467-017-00246-8.
33. Silveira E.L.V., Rogers K.A., Gumber S., Amancha P., Xiao P., Woollard S.M., Byrareddy S.N., Teixeira M.M., Villinger F. Immune Cell Dynamics in Rhesus Macaques Infected with a Brazilian Strain of Zika Virus. J. Immunol. 2017; 199(3):1003—11. DOI: 10.4049/jimmunol.1700256.
34. Carroll T., Lo M., Lanteri M., Dutra J., Zarbock K., Silveira P., Rourke T., Ma Z.M., Fritts L., O’Connor S., Busch M., Miller C.J. Zika virus preferentially replicates in the female reproductive tract after vaginal inoculation of rhesus macaques. PLoS Pathog. 2017; 13(7):e1006537. DOI: 10.1371/journal.ppat.1006537.
35. Mohr E.L., Block L.N., Newman C.M., Stewart L.M., Koenig M., Semler M., Breitbach M.E., Teixeira L.B.C., Zeng X., Weiler A.M., Barry G.L., Thoong T.H., Wiepz G.J., Dudley D.M., Simmons H.A., Mejia A., Morgan T.K., Salamat M.S., Kohn S., Antony K.M., Aliota M.T., Mohns M.S., Hayes J.M., Schultz-Darken N., Schotzko M.L., Peterson E., Capuano S. 3rd, Osorio J.E., O’Connor S.L., Friedrich T.C., O’Connor D.H., Golos T.G. Ocular and uteroplacental pathology in a macaque pregnancy with con¬genital Zika virus infection. PLoS One. 2018; 13(1):e0190617. DOI: 10.1371/journal.pone.0190617.
36. Mavigner M., Raper J., Kovacs-Balint Z., Gumber S., O’Neal J.T., Bhaumik S.K, Zhang X., Habib J., Mattingly C., McDonald C.E., Avanzato V, Burke M.W., Magnani D.M., Bailey V.K., Watkins D.I., Vanderford T.H., Fair D., Earl E., Feczko E., Styner M., Jean S.M., Cohen J.K., Silvestri G., Johnson R.P., O’Connor D.H., Wrammert J., Suthar M.S., Sanchez M.M., Alvarado M.C., Chahroudi A. Postnatal Zika virus infection is associated with persistent abnormalities in brain structure, function, and behavior in infant macaques. Sci. Transl. Med. 2018; 10(435): eaao6975. DOI: 10.1126/scitranslmed.aao6975.
37. Darbellay J., Lai K., Babiuk S., Berhane Y, Ambagala A., Wheler C., Wilson D., Walker S., Potter A., Gilmour M., Safronetz D., Gerdts V, Karniychuk U. Neonatal pigs are susceptible to experimental Zika virus infection. Emerg. Microbes Infect. 2017; 6(2):e6. DOI: 10.1038/emi.2016.133.
38. Wichgers Schreur P. J., van Keulen L., Anjema D., Kant J., Kortekaas J. Microencephaly in fetal piglets following in utero in-oculation of Zika virus. Emerg. Microbes Infect. 2018; 7(1):42. DOI: 10.1038/s41426-018-0044-y.
39. Winkler C.W., Woods T.A., Rosenke R., Scott D.P., Best S.M., Peterson K.E. Sexual and Vertical Transmission of Zika Virus in anti-interferon receptor-treated Rag1-deficient mice. Sci. Rep. 2017; 7(1):7176. DOI: 10.1038/s41598-017-07099-7.
40. Zukor K., Wang H., Siddharthan V., Julander J.G., Morrey J.D. Zika virus-induced acute myelitis and motor deficits in adult in-terferon afi/y receptor knockout mice. J. Neurovirol. 2018; 24(3):273— 290. DOI: 10.1007/s13365-017-0595-z.
41. Rossi S.L., Tesh R.B., Azar S.R., Muruato A.E., Hanley K.A., Auguste A.J., Langsjoen R.M., Paessler S Vasilakis N., Weaver S.C. Characterization of a Novel Murine Model to Study Zika Virus. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2016; 94(6):1362-9. DOI: 10.4269/ajtmh.16-0111.
42. Dowall S.D., Graham V.A, Rayner E., Hunter L., Atkinson B., Pearson G., Dennis M., Hewson R. Lineage-dependent differences in the disease progression of Zika virus infection in type-I interferon receptor knockout (A129) mice. PLoS Negl. Trop. Dis. 2017; 11(7):e0005704. DOI: 10.1371/iournal.nntd.0005704.
43. Secundino N.F.C., Chaves B.A., Orfano A.S., Silveira K. R.D., Rodrigues N.B., Campolina T.B., Nacif-Pimenta R., Villegas L.E.M., Silva B.M., Lacerda M.V.G., Norris D.E., Pimenta P.F.P. Zika virus transmission to mouse ear by mosquito bite: a laboratory model that replicates the natural transmission process. Parasit. Vectors. 2017; 10(1):346. DOI: 10.1186/s13071-017-2286-2.
44. Uraki R., Hwang J., Jurado K.A., Householder S., Yockey L.J., Hastings A.K., Homer R.J., Iwasaki A., Fikrig E. Zika virus causes testicular atrophy. Sci. Adv. 2017; 3(2):e1602899. DOI: 10.1126/sciadv.1602899.
45. Sheng Z.Y, Gao N., Wang Z.Y., Cui X.Y, Zhou D.S., Fan D.Y, Chen H., Wang P.G., An J. Sertoli Cells Are Susceptible to ZIKV Infection in Mouse Testis. Front. Cell Infect. Microbiol. 2017; 7:272. DOI: 10.3389/fcimb.2017.00272.
46. Shi Y, Li S., Wu Q., Sun L., Zhang J., Pan N., Wang Q., Bi Y, An J., Lu X., Gao G.F., Wang X. Vertical Transmission of the Zika Virus Causes Neurological Disorders in Mouse Offspring. Sci. Rep. 2018; 8611:3541. DOI: 10.1038/s41598-018-21894-w.
47. Miller L.J., Nasar F., Schellhase C.W., Norris S.L., Kimmel A.E., Valdez S.M., Wollen-Roberts S.E., Shamblin J.D., Sprague T.R., Lugo-Roman L.A., Jarman R.G., Yoon I.K., Alera M.T., Bavari S., Pitt M.L.M., Haddow A.D. Zika Virus Infection in Syrian Golden Hamsters and Strain 13 Guinea Pigs. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2018; 98(3):864-7. DOI: 10.4269/ajtmh.17-0686.
48. Goodfellow F.T., Tesla B., Simchick G., Zhao Q., Hodge T., Brindley M.A, Stice S.L. Zika Virus Induced Mortality and Microcephaly in Chicken Embryos. Stem Cells Dev. 2016; 25(22):1691-7. DOI: 10.1089/scd.2016.0231.
49. Cairns D.M., Boorgu D.S.S.K., Levin M., Kaplan D.L. Niclosamide rescues microcephaly in a humanized in vivo model of Zika infection using human induced neural stem cells. Biol. Open. 2018; 7(1): bio031807. DOI: 10.1242/bio.031807.
50. Chen Q., Wu J., Ye Q., Ma F., Zhu Q., Wu Y, Shan C., Xie X., Li D., Zhan X., Li C., Li X.F., Qin X., Zhao T., Wu H., Shi P.Y., Man J., Qin C.F. Treatment of Human Glioblastoma with a Live Attenuated Zika Virus Vaccine Candidate. MBio. 2018; 9(5):e01683— 18. DOI: 10.1128/mBio.01683-18.
Инвазивная стрептококковая группы А инфекция у детей: обзор литературы и клинический случай синдрома токсического шока и осложненной внебольничной пневмонии у ребенка с пороком развития легкого | Мескина
1. Покровский ВИ, Брико НИ, Клейменов ДА. Распространенность и клинико-эпидемиологическая характеристика заболеваний, вызываемых стрептококками группы А в России. Терапевтический архив. 2009;81(11): 5–9.
2. Stevens DL, Bryant AE. Severe Group A Streptococcal Infections. In: Ferretti JJ, Stevens DL, Fischetti VA, editors. Streptococcus pyogenes: Basic Biology to Clinical Manifestations [Internet]. Oklahoma City (OK): University of Oklahoma Health Sciences Center; 2016. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/ NBK333425/ (Accessed 20 January 2018).
3. Краснова ЕИ. Стрептококковая инфекция. Клинико-диагностические и лечебно-профилактические аспекты. Новосибирск: Сибмедиздат НГМУ; 2015. 160 с.
4. Chang K, Frankovich J, Cooperstock M, Cunningham MW, Latimer ME, Murphy TK, Pasternack M, Thienemann M, Williams K, Walter J, Swedo SE; PANS Collaborative Consortium. Clinical evaluation of youth with pediatric acute-onset neuropsychiatric syndrome (PANS): recommendations from the 2013 PANS Consensus Conference. J Child Adolesc Psychopharmacol. 2015;25(1): 3–13. doi: 10.1089/cap.2014.0084.
5. Shaikh N, Leonard E, Martin JM. Prevalence of streptococcal pharyngitis and streptococcal carriage in children: a meta-analysis. Pediatrics. 2010;126(3):e557–64. doi: 10.1542/peds.20092648.
6. Otlu B, Karakurt C, Bayındır Y, Kayabaş Ü, Yakupoğulları Y, Gözükara Bağ H. Carriage of Streptococcus pyogenes in primary school children: M-protein types, pyrogenic toxin genes, and investigation of the clonal relationships between the isolates. Mikrobiyol Bul. 2015;49(3): 301–13. doi: 10.5578/mb.9311.
7. Centers for Disease Control and Prevention. 2015. Active Bacterial Core Surveillance Report, Emerging Infections Program Network, Group A Streptococcus, 2015 [Internet]. Available from: https://www.cdc.gov/abcs/reports-findings/survreports/gas15.html (Accessed 20 January 2018).
8. Ross A, Shoff HW. Toxic Shock Syndrome [Updated 2017 Oct 6]. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): Stat Pearls Publishing; 2017. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK459345/(Accessed 20 January 2018).
9. Efstratiou A, Lamagni T. Epidemiology of Streptococcus pyogenes. 2016 Feb 10 [Updated 2017 Apr 3]. In: Ferretti JJ, Stevens DL, Fischetti VA, editors. Streptococcus pyogenes: Basic Biology to Clinical Manifestations [Internet]. Oklahoma City (OK): University of Oklahoma Health Sciences Center; 2016. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/ NBK343616/ (Accessed 20 January 2018).
10. Loubinoux J, Plainvert C, Collobert G, Touak G, Bouvet A, Poyart C; CNR-Strep Network. Adult invasive and noninvasive infections due to Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis in France from 2006 to 2010. J Clin Microbiol. 2013;51(8): 2724–7. doi: 10.1128/JCM.0126213.
11. Oppegaard O, Mylvaganam H, Kittang BR. Beta-haemolytic group A, C and G streptococcal infections in Western Norway: a 15-year retrospective survey. Clin Microbiol Infect. 2015;21(2): 171–8. doi: 10.1016/j.cmi.2014.08.019.
12. Spaulding AR, Salgado-Pabón W, Kohler PL, Horswill AR, Leung DY, Schlievert PM. Staphylococcal and streptococcal superantigen exotoxins. Clin Microbiol Rev. 2013;26(3): 422–47. doi: 10.1128/CMR.00104-12.
13. Lamagni TL, Darenberg J, Luca-Harari B, Siljander T, Efstratiou A, Henriques-Normark B, Vuopio-Varkila J, Bouvet A, Creti R, Ekelund K, Koliou M, Reinert RR, Stathi A, Strakova L, Ungureanu V, Schalén C; Strep-EURO Study Group, Jasir A. Epidemiology of severe Streptococcus pyogenes disease in Europe. J Clin Microbiol. 2008;46(7): 2359–67. doi: 10.1128/JCM.0042208.
14. Darenberg J, Henriques-Normark B, Lepp T, Tegmark-Wisell K, Tegnell A, Widgren K. Increased incidence of invasive group A streptococcal infections in Sweden, January 2012 – February 2013. Euro Surveill. 2013;18(14): 20443. doi: 10.2807/1560-7917.ES2013.18.14.20443.
15. Imöhl M, Fitzner C, Perniciaro S, van der Linden M. Epidemiology and distribution of 10 superantigens among invasive Streptococcus pyogenes disease in Germany from 2009 to 2014. PLoS One. 2017;12(7):e0180757. doi: 10.1371/journal.pone.0180757.
16. Seale AC, Davies MR, Anampiu K, Morpeth SC, Nyongesa S, Mwarumba S, Smeesters PR, Efstratiou A, Karugutu R, Mturi N, Williams TN, Scott JA, Kariuki S, Dougan G, Berkley JA. Invasive Group A Streptococcus Infection among Children, Rural Kenya. Emerg Infect Dis. 2016;22(2): 224–32. doi: 10.3201/eid2202.151358.
17. Nasser W, Beres SB, Olsen RJ, Dean MA, Rice KA, Long SW, Kristinsson KG, Gottfredsson M, Vuopio J, Raisanen K, Caugant DA, Steinbakk M, Low DE, McGeer A, Darenberg J, Henriques-Normark B, Van Beneden CA, Hoffmann S, Musser JM. Evolutionary pathway to increased virulence and epidemic group A Streptococcus disease derived from 3,615 genome sequences. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(17):E1768– 76. doi: 10.1073/pnas.1403138111.
18. Zhu L, Olsen RJ, Nasser W, de la Riva Morales I, Musser JM. Trading capsule for increased cytotoxin production: contribution to virulence of a newly emerged clade of emm89 Streptococcus pyogenes. MBio. 2015;6(5):e01378–15. doi: 10.1128/mBio.01378-15.
19. Zhu L, Olsen RJ, Nasser W, Beres SB, Vuopio J, Kristinsson KG, Gottfredsson M, Porter AR, DeLeo FR, Musser JM. A molecular trigger for intercontinental epidemics of group A Streptococcus. J Clin Invest. 2015;125(9): 3545–59. doi: 10.1172/JCI82478.
20. Proft T, Fraser JD. Streptococcal Superantigens: Biological properties and potential role in disease. In: Ferretti JJ, Stevens DL, Fischetti VA, editors. Streptococcus pyogenes: Basic Biology to Clinical Manifestations [Internet]. Oklahoma City (OK): University of Oklahoma Health Sciences Center; 2016. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK333435/ (Accessed 20 January 2018).
21. Ramachandran G, Tulapurkar ME, Harris KM, Arad G, Shirvan A, Shemesh R, Detolla LJ, Benazzi C, Opal SM, Kaempfer R, Cross AS. A peptide antagonist of CD28 signaling attenuates toxic shock and necrotizing soft-tissue infection induced by Streptococcus pyogenes. J Infect Dis. 2013;207(12): 1869–77. doi: 10.1093/infdis/jit104.
22. Shaler CR, Choi J, Rudak PT, Memarnejadian A, Szabo PA, Tun-Abraham ME, Rossjohn J, Corbett AJ, McCluskey J, McCormick JK, Lantz O, Hernandez-Alejandro R, Haeryfar SMM. MAIT cells launch a rapid, robust and distinct hyperinflammatory response to bacterial superantigens and quickly acquire an anergic phenotype that impedes their cognate antimicrobial function: Defining a novel mechanism of superantigen-induced immunopathology and immunosuppression. PLoS Biol. 2017;15(6):e2001930. doi: 10.1371/journal.pbio.2001930.
23. Us D. Viral superantigens. Mikrobiyol Bul. 2016;50(3): 491–504. doi: 10.5578/mb.24250.
24. Streptococcal Toxic Shock Syndrome (STSS) (Streptococcus pyogenes) 2010 Case Definition CSTE Position Statement(s) Centers for Disease Control and Prevention. National Notifiable Diseases Surveillance System (NNDSS) [Internet]. Available from: https://wwwn.cdc.gov/nndss/conditions/streptococcal-toxic-shock-syndrome/case-definition/2010/(Accessed 27 January 2018).
25. Nuwayhid ZB, Aronoff DM, Mulla ZD. Blunt trauma as a risk factor for group A streptococcal necrotizing fasciitis. Ann Epidemiol. 2007;17(11): 878–81. doi: 10.1016/j.annepidem.2007.05.011.
26. Bryant AE, Bayer CR, Aldape MJ, Stevens DL. The roles of injury and nonsteroidal anti-inflammatory drugs in the development and outcomes of severe group A streptococcal soft tissue infections. Curr Opin Infect Dis. 2015;28(3): 231–9. doi: 10.1097/QCO.0000000000000160.
27. Kerr DL, Loraas EK, Links AC, Brogan TV, Schmale GA. Toxic shock in children with bone and joint infections: a review of seven years of patients admitted to one intensive care unit. J Child Orthop. 2017;11(5): 387–92. doi: 10.1302/1863-2548.11.170058.
28. Tapiainen T, Launonen S, Renko M, Saxen H, Salo E, Korppi M, Kainulainen L, Heiskanen-Kosma T, Lindholm L, Vuopio J, Huotari T, Rusanen J, Uhari M. Invasive Group A Streptococcal Infections in Children: A Nationwide Survey in Finland. Pediatr Infect Dis J. 2016;35(2): 123–8. doi: 10.1097/INF.0000000000000945.
29. Stone K, Tackley E, Weir S. BET 2: NSAIs and chickenpox. Emerg Med J. 2018;35(1): 66–8. doi: 10.1136/emermed-2017-207366.2.
30. Schlievert PM, Bohach GA. Staphylococcal and streptococcal superantigens: an update. In Kotb M, Fraser JD, editors. Superantigens: molecular basis for their role in human diseases. Washington: ASM Press; 2007. p. 21–36.
31. Agyeman PKA, Schlapbach LJ, Giannoni E, Stocker M, Posfay-Barbe KM, Heininger U, Schindler M, Korten I, Konetzny G, Niederer-Loher A, Kahlert CR, Donas A, Leone A, Hasters P, Relly C, Baer W, Kuehni CE, Aebi C, Berger C. Epidemiology of blood culture-proven bacterial sepsis in children in Switzerland: a population-based cohort study. Lancet Child Adolesc Health. 2017;1(2): 124–33. doi: 10.1016/S2352-4642(17)30010-X.
32. Lin JC, Spinella PC, Fitzgerald JC, Tucci M, Bush JL, Nadkarni VM, Thomas NJ, Weiss SL; Sepsis Prevalence, Outcomes, and Therapy Study Investigators. New or progressive multiple organ dysfunction syndrome in pediatric severe sepsis: a sepsis phenotype with higher morbidity and mortality. Pediatr Crit Care Med. 2017;18(1): 8–16. doi: 10.1097/PCC.0000000000000978.
33. Tilahun AY, Holz M, Wu TT, David CS, Rajagopalan G. Interferon gamma-dependent intestinal pathology contributes to the lethality in bacterial superantigen-induced toxic shock syndrome. PLoS One. 2011;6(2):e16764. doi: 10.1371/journal.pone.0016764.
34. Tilahun AY, Marietta EV, Wu TT, Patel R, David CS, Rajagopalan G. Human leukocyte antigen class II transgenic mouse model unmasks the significant extrahepatic pathology in toxic shock syndrome. Am J Pathol. 2011;178(6): 2760–73. doi: 10.1016/j.ajpath.2011.02.033.
35. Stevens DL, Shelly M, Stiller R, Villasenor-Sierra A, Bryant AE. Acute reversible cardiomyopathy in patients with streptococcal toxic shock syndrome. In: Proceedings of the XVII Lancefield International Symposium on Streptococci and Streptococcal Diseases. Porto Heli, Greece, June 2008. Porto Heli: FEMS; 2008. p. 179.
36. Li Z, Bryant AE, Hamilton SM, Bayer CR, Ma Y, Stevens DL. Do cardiomyocytes mount an immune response to Group A Streptococcus? Cytokine. 2011;54(3): 258–65. doi: 10.1016/j.cyto.2011.02.009.
37. Kotb M, Norrby-Teglund A, McGeer A, El-Sherbini H, Dorak MT, Khurshid A, Green K, Peeples J, Wade J, Thomson G, Schwartz B, Low DE. An immunogenetic and molecular basis for differences in outcomes of invasive group A streptococcal infections. Nat Med. 2002;8(12): 1398– 404. doi: 10.1038/nm800.
38. Stevens DL, Bisno AL, Chambers HF, Dellinger EP, Goldstein EJ, Gorbach SL, Hirschmann JV, Kaplan SL, Montoya JG, Wade JC. Practice guidelines for the diagnosis and management of skin and soft tissue infections: 2014 update by the infectious diseases society of America. Clin Infect Dis. 2014;59(2): 147–59. doi: 10.1093/cid/ciu296.
39. Rhodes A, Evans LE, Alhazzani W, Levy MM, Antonelli M, Ferrer R, Kumar A, Sevransky JE, Sprung CL, Nunnally ME, Rochwerg B, Rubenfeld GD, Angus DC, Annane D, Beale RJ, Bellinghan GJ, Bernard GR, Chiche JD, Coopersmith C, De Backer DP, French CJ, Fujishima S, Gerlach H, Hidalgo JL, Hollenberg SM, Jones AE, Karnad DR, Kleinpell RM, Koh Y, Lisboa TC, Machado FR, Marini JJ, Marshall JC, Mazuski JE, McIntyre LA, McLean AS, Mehta S, Moreno RP, Myburgh J, Navalesi P, Nishida O, Osborn TM, Perner A, Plunkett CM, Ranieri M, Schorr CA, Seckel MA, Seymour CW, Shieh L, Shukri KA, Simpson SQ, Singer M, Thompson BT, Townsend SR, Van der Poll T, Vincent JL, Wiersinga WJ, Zimmerman JL, Dellinger RP. Surviving Sepsis Campaign: International Guidelines for Management of Sepsis and Septic Shock: 2016. Intensive Care Med. 2017;43(3): 304–77. doi: 10.1007/s00134-0174683-6.
40. Kissoon N. Understanding fluid administration approaches in children with co-morbidities and septic shock. Crit Care. 2017;21(1): 204. doi: 10.1186/s13054-017-1741-y.
41. Davis AL, Carcillo JA, Aneja RK, Deymann AJ, Lin JC, Nguyen TC, Okhuysen-Cawley RS, Relvas MS, Rozenfeld RA, Skippen PW, Stojadinovic BJ, Williams EA, Yeh TS, Balamuth F, Brierley J, de Caen AR, Cheifetz IM, Choong K, Conway E Jr, Cornell T, Doctor A, Dugas MA, Feldman JD, Fitzgerald JC, Flori HR, Fortenberry JD, Graciano AL, Greenwald BM, Hall MW, Han YY, Hernan LJ, Irazuzta JE, Iselin E, van der Jagt EW, Jeffries HE, Kache S, Katyal C, Kissoon NT, Kon AA, Kutko MC, MacLaren G, Maul T, Mehta R, Odetola F, Parbuoni K, Paul R, Peters MJ, Ranjit S, Reuter-Rice KE, Schnitzler EJ, Scott HF, Torres A Jr, Weingarten-Abrams J, Weiss SL, Zimmerman JJ, Zuckerberg AL. American College of Critical Care Medicine Clinical Practice Parameters for Hemodynamic Support of Pediatric and Neonatal Septic Shock. Crit Care Med. 2017;45(6): 1061–93. doi: 10.1097/CCM.0000000000002425.
42. Workman JK, Ames SG, Reeder RW, Korgenski EK, Masotti SM, Bratton SL, Larsen GY. Treatment of Pediatric Septic Shock With the Surviving Sepsis Campaign Guidelines and PICU Patient Outcomes. Pediatr Crit Care Med. 2016;17(10):e451–8. doi: 10.1097/PCC.0000000000000906.
43. Zadroga R, Williams DN, Gottschall R, Hanson K, Nordberg V, Deike M, Kuskowski M, Carlson L, Nicolau DP, Sutherland C, Hansen GT. Comparison of 2 blood culture media shows significant differences in bacterial recovery for patients on antimicrobial therapy. Clin Infect Dis. 2013;56(6): 790–7. doi: 10.1093/cid/cis1021.
44. Cardoso T, Carneiro AH, Ribeiro O, Teixeira-Pinto A, Costa-Pereira A. Reducing mortality in severe sepsis with the implementation of a core 6-hour bundle: results from the Portuguese community-acquired sepsis study (SACiUCI study). Crit Care. 2010;14(3):R83. doi: 10.1186/cc9008.
45. Singer M, Deutschman CS, Seymour CW, Shankar-Hari M, Annane D, Bauer M, Bellomo R, Bernard GR, Chiche JD, Coopersmith CM, Hotchkiss RS, Levy MM, Marshall JC, Martin GS, Opal SM, Rubenfeld GD, van der Poll T, Vincent JL, Angus DC. The Third International Consensus Definitions for Sepsis and Septic Shock (Sepsis-3). JAMA. 2016;315(8): 801–10. doi: 10.1001/jama.2016.0287.
46. Discussion and Recommendations for the Application of Procalcitonin to the Evaluation and Management of Suspected Lower Respiratory Tract Infections and Sepsis Gaithersburg, Maryland FDA Executive Summary. Prepared for the November 10, 2016 meeting of the Microbiology Devices Panel of the Medical Devices Advisory Committee [Internet]. Available from: https://www.fda.gov/downloads/AdvisoryCommittees/CommitteesMeetingMaterials/MedicalDevices/MedicalDevicesAdvisoryCommittee/MicrobiologyDevicesPanel/UCM528156.pdf (Accessed 22 February 2018).
47. Российское респираторное общество. Межрегиональное педиатрическое респираторное общество. Федерация педиатров стран СНГ. Московское общество детских врачей. Внебольничная пневмония у детей. Клинические рекомендации. М.: Оригинал-макет; 2015. 64 с.
48. Tamayo E, Montes M, Vicente D, Pérez-Trallero E. Streptococcus pyogenes pneumonia in adults: clinical presentation and molecular characterization of isolates 2006–2015. PLoS One. 2016;11(3):e0152640. doi: 10.1371/journal.pone.0152640.
49. Herrera AL, Huber VC, Chaussee MS. The association between invasive group A streptococcal diseases and viral respiratory tract infections. Front Microbiol. 2016;7:342. doi: 10.3389/fmicb.2016.00342.
50. Erlichman I, Breuer O, Shoseyov D, Cohen-Cymberknoh M, Koplewitz B, Averbuch D, Erlichman M, Picard E, Kerem E. Complicated community acquired pneumonia in childhood: different types, clinical course, and outcome. Pediatr Pulmonol. 2017;52(2): 247–54. doi: 10.1002/ppul.23523.
51. Birch C, Gowardman J. Streptococcus pyogenes: a forgotten cause of severe community-acquired pneumonia. Anaesth Intensive Care. 2000;28(1): 87–90.
Консенсусная конференция WSES / SIS-E 2018: рекомендации по ведению инфекций кожи и мягких тканей | Всемирный журнал неотложной хирургии
Май AK. Инфекции кожи и мягких тканей. Surg Clin North Am. 2009; 89: 403–20.
PubMed Статья Google ученый
Устин Ю.С., Малангони Массачусетс. Некротические инфекции мягких тканей. Crit Care Med. 2011; 39: 2156–62.
PubMed Статья Google ученый
Guyatt G, Gutterman D, Baumann MH, Addrizzo-Harris D, Hylek EM, Phillips B, et al. Оценка силы рекомендаций и качества доказательств в клинических руководствах: отчет целевой группы Американского колледжа грудных врачей. Грудь. 2006; 129: 174–81.
PubMed Статья Google ученый
Merlino JI, Malangoni MA. Осложненные инфекции кожи и мягких тканей: диагностический подход и варианты эмпирического лечения.Cleve Clin J Med. 2007; 74 (Приложение 4): S21–8.
PubMed Статья Google ученый
Napolitano LM. Тяжелые инфекции мягких тканей. Заражение Dis Clin N Am. 2009; 23: 571–91.
Артикул Google ученый
Eron LJ, Lipsky BA, Low DE, Nathwani D, Tice AD, Volturo GA. Панель экспертов по лечению инфекций кожи и мягких тканей. Управление инфекциями кожи и мягких тканей: рекомендации экспертной группы по ключевым моментам принятия решений.J Antimicrob Chemother. 2003; 52 (Приложение 1): i3–17.
PubMed Статья CAS Google ученый
Мэй А.К., Стаффорд Р.Э., Балджер Е.М., Хеффернан Д., Гилламондеги О., Бочиккио Г., Иачемпати С.Р. Общество хирургической инфекции. Общество хирургической инфекции. Лечение осложненных инфекций кожи и мягких тканей. Хирургическая инфекция. 2009; 10: 467–99.
Артикул Google ученый
Стивенс Д.Л., Бисно А.Л., Чемберс Х.Ф., Деллинджер Е.П., Гольдштейн Е.Д., Горбач С.Л. и др. Практические рекомендации по диагностике и лечению инфекций кожи и мягких тканей: обновление 2014 г., подготовленное Американским обществом инфекционных болезней. Clin Infect Dis. 2014; 59: 147–59.
PubMed Статья Google ученый
Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США. Руководство для промышленности. Острые бактериальные инфекции кожи и кожных структур: разработка препаратов для лечения.https://www.fda.gov/downloads/Drugs/Guidances/ucm071185.pdf. По состоянию на 14 сентября 2018 г.
Sartelli M, Malangoni MA, May AK, Viale P, Kao LS, Catena F, et al. Рекомендации Всемирного общества неотложной хирургии (WSES) по лечению инфекций кожи и мягких тканей. Мир J Emerg Surg. 2014; 9: 57.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Аллегранзи Б., Зайед Б., Бишофф П., Кубилай Н.З., де Йонге С., де Фрис Ф. и др.Новые рекомендации ВОЗ по интраоперационным и послеоперационным мерам профилактики инфекций в области хирургического вмешательства: глобальная перспектива, основанная на фактических данных. Lancet Infect Dis. 2016; 16: e288–303.
PubMed Статья Google ученый
Аллегранзи Б., Бишофф П., де Йонге С., Кубилай Н.З., Зайед Б., Гомес С.М. и др. Новые рекомендации ВОЗ по предоперационным мерам профилактики инфекций в области хирургического вмешательства: глобальная перспектива, основанная на фактических данных.Lancet Infect Dis. 2016; 16: e276–87.
PubMed Статья Google ученый
Берриос-Торрес С.И., Умшайд Калифорния, Братцлер Д.В., Лис Б., Стоун ЕС, Кельц Р.Р. и др. Руководство центров по контролю и профилактике заболеваний по профилактике инфекций в области хирургического вмешательства, 2017. JAMA Surg. 2017; 152: 784–91.
PubMed Статья Google ученый
Хоран Т.К., Гейнс Р.П., Мартоне В.Дж., Джарвис В.Р., Эмори Т.Г.CDC определения инфекций внутрибольничного хирургического вмешательства, 1992: модификация CDC определений хирургических раневых инфекций. Инфекционный контроль Hosp Epidemiol. 1992; 13: 606–8.
CAS PubMed Статья Google ученый
Никс Б.А., Айелло Э.А., Ву К., Ницки-Джордж Д., Сиббальд Р.Г. Лечение острых ран: пересмотр подхода к оценке, ирригации и закрытию. Int J Emerg Med. 2010; 3: 399–407.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Овингтон Л. Бактериальные токсины и заживление ран. Обработка стомной раны. 2003; 49 (7А Дополнение): 8–12.
PubMed Google ученый
Sganga G, Tascini C, Sozio E, Carlini M, Chirletti P, Cortese F, et al. Сосредоточьтесь на профилактике, эпидемиологии и терапии метициллин-резистентных инфекций области хирургического вмешательства Staphylococcus aureus и позиционном документе о связанных факторах риска: взгляд группы итальянских хирургов.Мир J Emerg Surg. 2016; 11: 267.
Артикул Google ученый
Wheadle WG. Факторы риска инфицирования места хирургического вмешательства. Хирургическая инфекция. 2006; 7 (Приложение 1): S7–11.
Google ученый
Оуэнс П., МакХью С., Кларк-Молони М., Хили Д., Фицпатрик Ф., Маккормик П. и др. Совершенствование методов профилактики инфекций в области хирургического вмешательства посредством многостороннего образовательного вмешательства.Ир Мед Дж. 2015; 108: 78–81.
CAS PubMed Google ученый
Romani L, Koroivueta J, Steer AC, Kama M, Kaldor JM, Wand H, et al. Распространенность чесотки и импетиго и факторы риска на Фиджи: национальное исследование. PLoS Negl Trop Dis. 2015; 9: e0003452.
PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый
Bernard P, Jarlier V, Santerre-Henriksen A.Чувствительность к антибиотикам штаммов Staphylococcus aureus, вызывающих внебольничные кожные инфекции. Ann DermatolVenereol. 2008; 135: 13–9.
CAS Google ученый
Бангерт С., Леви М., Хеберт А.А. Бактериальная резистентность и тенденции лечения импетиго: обзор. Pediatr Dermatol. 2012; 29: 243–8.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Тонг С.Ю., Варрон Л., Чатфилд, доктор медицины, Биман М., Жиффард П.М. Постепенное увеличение числа связанных с сообществами метициллин-резистентных золотистых стафилококков среди коренного населения в северной Австралии с 1993 по 2012 год. Эпидемиол. Инфекция. 2015; 143: 1519–23.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Эрикссон Б., Йоруп-Ронстром С., Каркконен К., Сджоблом А.С., Холм С.Е. Рожа: клинико-бактериологический спектр и серологические аспекты.Clin Infect Dis. 1996; 23: 1091–8.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Эспозито С., Бассетти М., Борре С., Боуза Е., Драйден М., Фантони М. и др. Диагностика и лечение инфекций кожи и мягких тканей (SSTI): обзор литературы и консенсусное заявление от имени Итальянского общества инфекционных заболеваний и Международного общества химиотерапии. J Chemother. 2011; 23: 251–62.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Моррис нашей эры. Целлюлит и рожа. BMJ Clin Evid. 2008; 2008: 1708.
PubMed PubMed Central Google ученый
Гарау Дж., Остерманн Х., Медина Дж., Авила М., Макбрайд К., Блази Ф. и др. Текущее ведение пациентов, госпитализированных с осложненными инфекциями кожи и мягких тканей в Европе (2010-2011 гг.): Оценка моделей клинической практики и реальной эффективности антибиотиков из исследования REACH. Clin Microbiol Infect.2013; 19: E377–85.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Llera JL, Levy RC. Лечение кожного абсцесса: двойное слепое клиническое исследование. Ann Emerg Med. 1985; 14: 15–9.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Макфи Дж., Харви Дж. Лечение острых поверхностных абсцессов: проспективное клиническое испытание.Br J Surg. 1977; 64: 264–6.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Россолини Г.М., Стефани С. Этиология, резистентность и методы диагностики при инфекциях кожи и кожных структур. Infez Med. 2009. 17 (Приложение 4): 18–29.
PubMed PubMed Central Google ученый
Abcarian H. Аноректальная инфекция: абсцесс-свищ.Clin Colon Rectal Surg. 2011; 24: 14–21.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Бинсвангер, Айова, Краль А.Х., Блутенталь, Р.Н., Рыбольд Д.Д., Эдлин Б.Р. Высокая распространенность абсцессов и целлюлита среди местных потребителей инъекционных наркотиков в Сан-Франциско. Clin Infect Dis. 2000. 30: 579–81.
CAS PubMed Статья Google ученый
Lloyd-Smith E, Kerr T., Hogg RS, Li K, Montaner JS, Wood E. Распространенность и корреляты абсцессов среди когорты потребителей инъекционных наркотиков. HarmReduct J. 2005; 2: 24.
Google ученый
Поллини Р.А., Галлардо М., Хасан С., Минуто Дж., Лозада Р., Вера А. и др. Высокая распространенность абсцессов и самолечения среди потребителей инъекционных наркотиков в Тихуане, Мексика. Int J Infect Dis. 2010; 14 (Дополнение 3): e117–22.
PubMed Статья Google ученый
Khalil PN, Huber-Wagner S, Altheim S, Bürklein D, Siebeck M, Hallfeldt K, et al. Варианты диагностики и лечения абсцессов кожи и мягких тканей у потребителей инъекционных наркотиков с учетом естественного течения болезни и сопутствующих факторов риска. Eur J Med Res. 2008; 13: 415–24.
CAS PubMed Google ученый
Бретт М.М., Худ Дж., Брейзер Дж. С., Дюрден Б.И., Ханэ С.Дж.. Инфекции мягких тканей, вызываемые спорообразующими бактериями у потребителей инъекционных наркотиков в Соединенном Королевстве.Epidemiol Infect. 2005; 133: 575–82.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Спийкерман И.Дж., ван Амейден Э.Дж., Миентес Г.Х., Коутиньо Р.А., ван ден Хук А. Инфекция вируса иммунодефицита человека и другие факторы риска кожных абсцессов и эндокардита среди потребителей инъекционных наркотиков. J Clin Epidemiol. 1996; 49: 1149–54.
CAS PubMed Статья Google ученый
Гилкрист Дж., Сакс Дж. Дж., Уайт Д., Креснов М.Дж. Укусы собак: все еще проблема? Inj Prev. 2008. 14: 296–301.
CAS PubMed Статья Google ученый
Goldstein EJC. Укушенные раны и инфекции. Clin Infect Dis. 1992; 14: 633.
CAS PubMed Статья Google ученый
Weber DJ, Hansen AR. Инфекции в результате укусов животных.Заражение Dis Clin North Am. 1991; 5: 663.
CAS PubMed PubMed Central Google ученый
Abrahamian FM, Goldstein EJ. Микробиология инфекций ран после укусов животных. Clin Microbiol Rev.2011; 24: 231–46.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Медейрос И., Саконато Х. Антибиотикопрофилактика укусов млекопитающих. Кокрановская база данных Syst Rev.2001; 2: CD001738.
Google ученый
Oehler R, Velez AP, Mizrachi M, Lamarche J, Gompf S. Связанные с укусами и септические синдромы у кошек и собак. Lancet Infect Dis. 2009; 9: 439–47.
PubMed Статья Google ученый
Jaindl M, Grünauer J, Platzer P, Endler G, Thallinger C, Leitgeb J, Kovar FM. Лечение укушенных ран у детей — ретроспективный анализ в травматологическом центре I уровня.Травма, повреждение. 2012; 43: 2117–21.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Евгениу Э., Маркесон Д., Айер С., Армстронг А. Управление укусами животных в Соединенном Королевстве. Эпластика. 2013; 13: e27.
CAS PubMed PubMed Central Google ученый
Эспозито С., Пиччоли И., Семино М., Принципи Н. Инфекции, связанные с укусами собак и кошек, у детей.Eur J ClinMicrobiol Infect Dis. 2013; 32: 971–6.
CAS Статья Google ученый
Робертс Дж. А., Абдул-Азиз М. Х., Липман Дж., Мутон Дж. У., Винкс А. А., Фелтон Т. В. и др. Индивидуальная дозировка антибиотиков для пациентов в критическом состоянии: проблемы и возможные решения. Lancet Infect Dis. 2014; 14: 498–509.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Моэт Г.Дж., Джонс Р.Н., Биденбах Д.Д., Стилуэлл М.Г., Фриче Т.Р. Современные причины инфекций кожи и мягких тканей в Северной Америке, Латинской Америке и Европе: отчет программы SENTRY Antimicrobial Surveillance Programme (1998–2004 гг.). Диагностика Microbiol Infect Dis. 2007; 57: 7–13.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Натвани Д., Морган М., Мастертон Р. Г., Драйден М., Куксон Б. Д., Френч Дж. И др. Руководящие принципы британской практики по диагностике и лечению метициллин-резистентных инфекций Staphylococcus aureus (MRSA), присутствующих в сообществе.J Antimicrob Chemother. 2008. 61: 976–94.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Vandenesch F, Naimi T, Enright MC, Lina G, Nimmo GR, Heffernan H, et al. Внебольничный метициллин-устойчивый Staphylococcus aureus , несущий гены лейкоцидина Пантона-Валентайна: появление во всем мире. Emerg Infect Dis. 2003; 9: 978–84.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Малахова N, DeLeo FR. Мобильные генетические элементы Staphylococcus aureus. Cell Mol Life Sci. 2010. 67: 3057–71.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Макморран Е., Харч С., Атан Е., Лейн С., Тонг С., Кроуфорд Л. и др. Рост числа устойчивых к метициллину Staphylococcus aureus: в настоящее время основная причина инфекций кожи и мягких тканей в Центральной Австралии. Epidemiol Infect. 2017; 145: 2817–26.
CAS PubMed Статья Google ученый
Шумовски Д.Д., Коэн Д.Е., Каная Ф., Майер К.Х. Лечение и исходы инфекций метициллин-резистентным золотистым стафилококком в амбулаторной клинике. Антимикробные агенты Chemother. 2007; 51: 423–8.
CAS PubMed Статья Google ученый
Сенизал М.Дж., Скист Д., Любер С., Бедимо Р., Дэвис П., Фокс П. и др.Проспективное рандомизированное исследование эмпирической терапии триметопримсульфаметоксазолом или доксициклином в амбулаторных условиях при инфекциях кожи и мягких тканей в зоне высокой распространенности метициллин-резистентного золотистого стафилококка. Антимикробные агенты Chemother. 2007; 51: 2628–30.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Авад С.С., Эльхабаш С.И., Ли Л., Фэрроу Б., Бергер Д.Х. Рост числа инфекций кожи и мягких тканей, вызванных устойчивым к метициллину Staphylococcus aureus: пересмотр эмпирической антимикробной терапии.Am J Surg. 2007; 194: 606–10.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Моис-Бродер П.А., Сакулас Дж., Элиопулос Г.М., Шентаг Дж. Дж., Форрест А., Моллеринг Р.С. Младший. Полиморфизм группы регулятора вспомогательного гена у метициллин-резистентного золотистого стафилококка является прогностическим признаком неэффективности терапии ванкомицином. Clin Infect Dis. 2004; 38: 1700–5.
CAS PubMed Статья Google ученый
Falagas ME, Siempos II, Vardakas KZ. Линезолид в сравнении с гликопептидом или β-лактамом для лечения грамположительных бактериальных инфекций: метаанализ рандомизированных контролируемых исследований. Lancet Infect Dis. 2008; 8: 53–66.
CAS PubMed Статья Google ученый
Itani KM, Dryden MS, Bhattacharyya H, Kunkel MJ, Baruch AM, Weigelt JA. Доказано, что эффективность и безопасность линезолида по сравнению с ванкомицином для лечения осложненных инфекций кожи и мягких тканей обусловлены метициллин-резистентным золотистым стафилококком.Am J Surg. 2010; 199: 804–16.
CAS PubMed Статья Google ученый
Юэ Дж., Донг Б.Р., Ян М., Чен Х, Ву Т, Лю Г.Дж. Линезолид в сравнении с ванкомицином при инфекциях кожи и мягких тканей. Кокрановская база данных Syst Rev.2013; 7: CD008056.
Google ученый
Ситон, РА. Даптомицин: обоснование и роль в лечении инфекций кожи и мягких тканей.J Antimicrob Chemother. 2008; 62 (Дополнение 3): iii15–23.
CAS PubMed Google ученый
Bliziotis IA, Plessa E, Peppas G, Falagas ME. Даптомицин в сравнении с другими противомикробными средствами для лечения инфекций кожи и мягких тканей: метаанализ. Энн Фармакотер. 2010; 44: 97–106.
CAS PubMed Статья Google ученый
Кори Г.Р., Уилкокс М.Х., Талбот Г.Х., Тай Д., Фридланд Д., Бакулик Т., исследователи CANVAS 1.CANVAS 1: первое рандомизированное двойное слепое исследование III фазы по оценке цефтаролина фозамила для лечения пациентов со сложными инфекциями кожи и кожных структур. J Antimicrob Chemother. 2010; 65 (Suppl4): iv41–51.
CAS PubMed Google ученый
Wilcox MH, Corey GR, Talbot GH, Thye D, Friedland D, Baculik T, CANVAS 2 следователи. CANVAS 2: вторая фаза III, рандомизированное, двойное слепое исследование, оценивающее цефтаролин фозамил для лечения пациентов со сложными инфекциями кожи и кожных структур.J Antimicrob Chemother. 2010; 65 (Приложение 4): iv53–65.
CAS PubMed Google ученый
Кори Г.Р., Уилкокс М., Талбот Г.Х., Фридланд Х.Д., Бакулик Т., Уитхерелл Г.В. и др. Комплексный анализ CANVAS 1 и 2: многоцентровые рандомизированные двойные слепые исследования фазы 3 для оценки безопасности и эффективности эфаролина по сравнению с ванкомицином плюс азтреонам при осложненной инфекции кожи и кожных структур. Clin Infect Dis. 2010; 51: 641–50.
CAS PubMed Статья Google ученый
Чахин Е.Б., Сучер А.Дж., Кнутсен С.Д. Тедизолид: новый оксазолидиноновый антибиотик для лечения инфекций кожи и мягких тканей. Проконсультируйтесь с Pharm. 2015; 30: 386–94.
PubMed Статья Google ученый
МакКул Р., Гулд И.М., Илс Дж., Барата Т., Арбер М., Флитвуд К. и др. Систематический обзор и сетевой метаанализ тедизолида для лечения острых бактериальных инфекций кожи и кожных структур, вызванных MRSA.BMC Infect Dis. 2017; 17:39.
PubMed PubMed Central Статья CAS Google ученый
Bassetti M, Peghin M, Carnelutti A, Righi E. Роль далбаванцина при инфекциях кожи и мягких тканей. Curr Opin Infect Dis. 2018; 31: 141–7.
CAS PubMed Google ученый
Agarwal R, Bartsch SM, Kelly BJ, Prewitt M, Liu Y, Chen Y, Umscheid CA.Новые гликопептидные антибиотики для лечения сложных инфекций кожи и мягких тканей: систематический обзор, сетевой метаанализ и анализ затрат. Clin Microbiol Infect. 2018; 24: 361–8.
CAS PubMed Статья Google ученый
Бассетти М., Экманн С., Пегин М., Карнелутти А., Риги Э. Когда переходить на пероральное лечение и / или выписывать пациента с инфекциями кожи и мягких тканей. Curr Opin Infect Dis.2018; 31 (2): 163–9.
PubMed Google ученый
Howell GM, Rosengart MR. Некротические инфекции мягких тканей. Хирургическая инфекция. 2011; 12: 185–90.
Артикул Google ученый
Wong CH, Khin LW, Heng KS, Tan KC, Low CO. Оценка LRINEC (лабораторный индикатор риска некротического фасциита): инструмент для отличия некротического фасциита от других инфекций мягких тканей.Crit Care Med. 2004; 32: 1535.
PubMed Статья Google ученый
Бечар Дж., Сеперипур С., Хардвик Дж., Филоббос Г. Оценка лабораторного показателя риска некротизирующего фасциита (LRINEC) для оценки раннего некротизирующего фасциита: систематический обзор литературы. Ann R Coll Surg Engl. 2017; 99: 341–6.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Fernando SM, Tran A, Cheng W., Rochwerg B, Kyeremanteng K, Seely AJE, et al. Некротическая инфекция мягких тканей: диагностическая точность физического осмотра, визуализации и шкала LRINEC: систематический обзор и метаанализ. Ann Surg. 2018. [Epub перед печатью]
Марвик К., Брумхолл Дж., МакКоуэн С., Филлипс Дж., Гонсалес-Маккуайр С., Ахрас К. и др. Оценка степени тяжести инфекций кожи и мягких тканей: когортное исследование ведения и исходов для госпитализированных пациентов.J Antimicrob Chemother. 2011; 66: 387–97.
CAS PubMed Статья Google ученый
Сингер М., Дойчман К.С., Сеймур К.В., Шанкар-Хари М., Аннан Д., Бауэр М. и др. Третье международное согласованное определение сепсиса и септического шока (Сепсис-3). ДЖАМА. 2016; 315: 801–10.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Hakkarainen TW, Kopari NM, Pham TN, Evans HL. Некротические инфекции мягких тканей: обзор и современные концепции лечения, системы помощи и результаты. Curr Probl Surg. 2014; 51: 344–62.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Стивенс Д.Л., Брайант А.Е. Некротические инфекции мягких тканей. N Engl J Med. 2017; 377: 2253–65.
PubMed Статья Google ученый
Wong CH, Chang HC, Pasupathy S, Khin LW, Tan JL, Low CO. Некротический фасциит: клинические проявления, микробиология и детерминанты смертности. J Bone Joint Surg Am. 2003 август; 85-A (8): 1454–60.
PubMed Статья Google ученый
Sabbaj A, Jensen B, Browning MA, Ma OJ, Newgard CD. Инфекции мягких тканей и обращение в отделение неотложной помощи: прогнозирование необходимости госпитализации. Acad Emerg Med. 2009; 16: 1290–7.
PubMed Статья Google ученый
Lonergan S, Rodriguez RM, Schaulis M, Navaran P. Серия случаев пациентов с некротическим фасциитом, связанным с героином, связанным с черной дегтем. J Emerg Med. 2004; 26: 47–50.
PubMed Статья Google ученый
Монгеллуццо Дж., Ту Б., Граймс Б., Зие С., Фортман Дж., Нейлсон Дж., Родригес Р. М.. Корреляция результатов физикального обследования с лихорадкой у пациентов с инфекциями кожи и мягких тканей.West J Emerg Med. 2017; 18: 398–402.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Carratalà J, Rosón B, Fernández-Sabé N, Shaw E, del Rio O, Rivera A, Gudiol F. Факторы, связанные с осложнениями и смертностью у взрослых пациентов, госпитализированных по поводу инфекционного целлюлита. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2003; 22: 151–7.
PubMed Google ученый
Эль-Меньяр А., Асим М., Мудали И. Н., Меккодатил А., Латифи Р., Аль-Тани Х. Оценка лабораторных показателей риска некротического фасциита (LRINEC): диагностическая и потенциальная прогностическая роль. Scand J Trauma Resusc Emerg Med. 2017; 25: 28.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Corbin V, Vidal M, Beytout J, Laurichesse H, D’Incan M, Souteyrand P, Lesens O. Прогностическая ценность шкалы LRINEC (лабораторный индикатор риска некротического фасциита) при инфекциях мягких тканей: перспектива учиться в больнице Клермон-Ферранского университета.Ann Dermatol Venereol. 2010; 137: 5–11.
CAS PubMed Статья Google ученый
Citak M, Backhaus M, Tilkorn DJ, O’loughlin PF, Meindl R, Muhr G, Fehmer T. Некротический фасциит у пациентов с травмой спинного мозга: анализ 25 пациентов. Позвоночник (Phila Pa 1976). 2011; 36: E1225–9.
Артикул Google ученый
Swain RA, Hatcher JC, Azadian BS, Soni N, De Souza B.Пятилетний обзор некротизирующего фасциита в специализированном отделении. Ann R Coll Surg Engl. 2013; 95: 57–60.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Колак Э., Озлем Н., Кучук Г.О., Актимур Р., Кесмер С. Лабораторные индикаторы риска некротического фасциита и связи со смертностью. Turk J Emerg Med. 2016; 14: 15–9.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Бозкурт О., Сен В., Демир О., Эсен А. Оценка полезности различных систем оценки (FGSI, LRINEC и NLR) при лечении гангрены Фурнье. Int Urol Nephrol. 2015; 47: 243–8.
PubMed Статья Google ученый
Malghem J, Lecouvet FE, Omoumi P, Maldague BE, Vande Berg BC. Некротический фасциит: вклад и ограничения диагностической визуализации. Костный сустав позвоночника. 2013; 80: 146–54.
PubMed Статья Google ученый
Angoules AG, Kontakis G, Drakoulakis E, Vrentzos G, Granick MS, Giannoudis PV. Некротизирующий фасциит верхних и нижних конечностей: систематический обзор. Травма, повреждение. 2007; 38 (Приложение 5): S19–26.
PubMed PubMed Central Google ученый
Уолшоу К.Ф., Динс Х. Результаты компьютерной томографии при некротизирующем фасциите — отчет о четырех случаях. Clin Radiol. 1996; 51: 429–32.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Zacharias N, Velmahos GC, Salama A, Alam HB, de Moya M, King DR, Novelline RA. Диагностика некротических инфекций мягких тканей с помощью компьютерной томографии. Arch Surg. 2010; 145: 452–5.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Kim KT, Kim YJ, Won Lee J, Kim YJ, Park SW, Lim MK, Suh CH. Можно ли дифференцировать некротический инфекционный фасциит от ненекротического инфекционного фасциита с помощью МРТ? Радиология.2011; 259: 816–24.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Йен З.С., Ван Х.П., Ма Х.М., Чен СК, Чен ВДж. Ультрасонографический скрининг клинически подозреваемого некротического фасциита. Acad Emerg Med. 2002; 9: 1448–51.
PubMed Статья Google ученый
Majeski J, Majeski E. Некротический фасциит: повышение выживаемости с ранним распознаванием биопсией ткани и агрессивным хирургическим лечением.South Med J. 1997; 90: 1065–8.
CAS PubMed Статья Google ученый
Стаменкович И., Лев П.Д. Раннее распознавание потенциально смертельного некротического фасциита: использование биопсии с замороженными срезами. N Engl J Med. 1984; 310: 1689–93.
CAS PubMed Статья Google ученый
Анайя Д.А., Деллингер Е.П. Некротическая инфекция мягких тканей: диагностика и лечение.Clin Infect Dis. 2007; 44: 705–10.
CAS PubMed Статья Google ученый
Андреасен Т.Дж., Грин С.Д., Чайлдерс Б.Дж. Массивное инфекционное поражение мягких тканей: диагностика и лечение некротического фасциита и молниеносной пурпуры. Plast Reconstr Surg. 2001; 107: 1025–35.
CAS PubMed Статья Google ученый
Bilton BD, Zibari GB, McMillan RW, Aultman DF, Dunn G, McDonald JC.Агрессивное хирургическое лечение некротического фасциита способствует снижению смертности: ретроспективное исследование. Am Surg. 1998; 64: 397–400 обсуждение 400-1.
CAS PubMed Google ученый
Кобаяши Л., Константинидис А., Шакелфорд С., Чан Л.С., Талвинг П., Инаба К., Деметриадес Д. Некротические инфекции мягких тканей: отсроченное хирургическое лечение связано с увеличением количества хирургических операций и заболеваемостью. J Trauma.2011; 71: 1400–5.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Boyer A, Vargas F, Coste F, Saubusse E, Castaing Y, Gbikpi-Benissan G, et al. Влияние сроков хирургического лечения на смертность от некротических инфекций мягких тканей, требующих интенсивной терапии. Intensive Care Med. 2009; 35: 847–53.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Чао В.Н., Цай К.Ф., Чанг Х.Р., Чан К.С., Су Ч., Ли Ю.Т. и др. Влияние сроков операции на исход некротического фасциита, связанного с Vibrio vulnificus. Am J Surg. 2013; 206: 32–9.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Окойе О., Талвинг П., Лам Л., Смит Дж., Тейшейра П.Г., Инаба К. и др. Сроки повторной свадьбы после первоначального контроля источника влияют на выживаемость при некротической инфекции мягких тканей. Am Surg.2013; 79: 1081–5.
PubMed PubMed Central Google ученый
Soh CR, Pietrobon R, Freiberger JJ, Chew ST, Rajgor D, Gandhi M, et al. Гипербарическая оксигенотерапия при некротических инфекциях мягких тканей: исследование пациентов в общенациональной стационарной выборке в США. Intensive Care Med. 2012; 38: 1143–51.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Eskes A, Vermeulen H, Lucas C, Ubbink DT. Гипербарическая оксигенотерапия для лечения острых хирургических и травматических ран. Кокрановская база данных Syst Rev.2013; 12: CD008059.
Google ученый
Даренберг Дж., Ихендян Н., Шелин Дж., Ауфвербер Э., Хайдл С., Фоллин П. и др. Внутривенная терапия иммуноглобулином G при синдроме токсического стрептококкового шока: европейское рандомизированное двойное слепое плацебо-контролируемое исследование. Clin Infect Dis. 2003; 37: 333–40.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Линнер А., Даренберг Дж., Шелин Дж., Энрикес-Нормарк Б., Норрби-Теглунд А. Клиническая эффективность полиспецифической внутривенной иммуноглобулиновой терапии у пациентов с синдромом стрептококкового токсического шока: сравнительное обсервационное исследование. Clin Infect Dis. 2014; 59: 851–7.
PubMed Статья CAS Google ученый
Шах С.С., зал М, Шривастава Р., Субрамона А, Левин Ю.Е. Внутривенный иммуноглобулин у детей с синдромом токсического стрептококкового шока. Clin Infect Dis. 2009; 49: 1369–76.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Кадри С.С., Свихарт Б.Дж., Бонн С.Л., Хоманн С.Ф., Хеннесси Л.В., Лурас П. и др. Влияние внутривенного иммуноглобулина на выживаемость при некротическом фасциите с вазопрессор-зависимым шоком: согласованный по шкале предрасположенности анализ, проведенный в 130 больницах США.Clin Infect Dis. 2017; 64: 877–85.
PubMed PubMed Central Google ученый
Hua C, Bosc R, Sbidian E, De Prost N, Hughes C., Jabre P, et al. Вмешательства при некротических инфекциях мягких тканей у взрослых. Кокрановская база данных Syst Rev.2018; 5: CD011680.
PubMed Google ученый
Деллинджер Р.П., Леви М.М., Родос А., Аннан Д., Герлах Х., Опал С.М. и др.Комитет по руководящим принципам кампании выживших при сепсисе, включая педиатрическую подгруппу. Кампания по выживанию после сепсиса: международные рекомендации по ведению тяжелого сепсиса и септического шока: 2012 г. Crit Care Med. 2013; 41: 580–637.
PubMed Статья Google ученый
Смитс Л., Боус А., Хейманс О. Некротический фасциит: клинический случай и обзор литературы. Acta Chir Belg. 2007; 107: 29–36.
CAS PubMed Статья Google ученый
Angus DC, van der Poll T. Тяжелый сепсис и септический шок. N Engl J Med. 2013; 369: 840–51.
CAS PubMed Статья Google ученый
Арад Г., Леви Р., Наси И., Хиллман Д., Ротфогель З., Бараш Ю. и др. Связывание суперантигенных токсинов с интерфейсом гомодимера CD28 необходимо для индукции генов цитокинов, которые опосредуют летальный шок. PLoS Biol. 2011; 9: e1001149.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Балджер Э.М., Майер Р.В., Сперри Дж., Джоши М., Генри С., Мур Ф.А. и др. Новый препарат для лечения некротических инфекций мягких тканей: рандомизированное клиническое испытание. JAMA Surg. 2014; 149: 528–36.
PubMed Статья CAS Google ученый
Tabah A, Cotta MO, Garnacho-Montero J, Schouten J, Roberts JA, Lipman J, et al. Систематический обзор определений, детерминант и клинических результатов деэскалации противомикробных препаратов в отделении интенсивной терапии.Clin Infect Dis. 2016; 62: 1009–17.
PubMed Статья Google ученый
Койл Э.А., Ча Р., Рыбак М.Дж. Влияние линезолида, пенициллина и клиндамицина, по отдельности и в комбинации, на высвобождение стрептококкового пирогенного экзотоксина. Антимикробные агенты Chemother. 2003; 47: 1752–5.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Стивенс Д.Л., Ма И, Салми Д. Б., МакИнду Е., Уоллес Р. Дж., Брайант А. Е.. Влияние антибиотиков на экспрессию генов экзотоксинов, связанных с вирулентностью, в метициллин-чувствительном и метициллин-резистентном Staphylococcus aureus. J Infect Dis. 2007; 195: 202–11.
CAS PubMed Статья Google ученый
Карапетис Дж. Р., Джейкоби П., Карвилл К., Энг С. Дж., Кертис Н., Эндрюс Р. Эффективность клиндамицина и внутривенного иммуноглобулина и риск заболевания при контакте с инвазивной группой стрептококковых инфекций.Clin Infect Dis. 2014; 59: 358–65.
CAS PubMed Статья Google ученый
Вествуд М., Рамаекерс Б., Уайтинг П., Томини Ф., Джур М., Армстронг Н. и др. Тестирование на прокальцитонин для руководства антибактериальной терапией при лечении сепсиса в отделениях интенсивной терапии и при подозрении на бактериальную инфекцию в отделениях неотложной помощи: систематический обзор и анализ экономической эффективности. Оценка медицинских технологий. 2015; 19: v – xxv 1–236.
PubMed PubMed Central Google ученый
Friederichs J, Hutter M, Hierholzer C, Novotny A, Friess H, Bühren V, Hungerer S. Прокальцитониновый коэффициент как предиктор успешного хирургического лечения тяжелых некротических инфекций мягких тканей. Am J Surg. 2013; 206: 368–73.
CAS PubMed Статья Google ученый
Ghnnam WM. Гангрена Фурнье в Мансуре, Египет: обзор 74 случаев.J Postgrad Med. 2008; 54: 106–9.
CAS PubMed Статья Google ученый
Ynar H, Taviloglu K, Ertekin C, Guloglu R, Zorba U, Cabioglu N, Baspinar I. Гангрена Фурнье: факторы риска и стратегии управления. Мир J Surg. 2006; 30: 1750–4.
Артикул Google ученый
Morua AG, Lopez JA, Garcia JD, Montelongo RM, Guerra LS.Гангрена Фурнье: наш 5-летний опыт, библиографический обзор и оценка индекса тяжести гангрены Фурнье. Arch Esp Urol. 2009; 62: 532–40.
PubMed Google ученый
МакКлауд Дж. М., Дукас Х., Скотт А. Д., Джеймсон Дж. С.. Отсроченное проявление опасного для жизни сепсиса промежности после геморроидэктомии скобками: отчет о клиническом случае. Ann R Coll Surg Engl. 2007; 89: 301–2.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Yeniyol CO, Suelozgen T, Arslan M, Ayder AR. Гангрена Фурнье: опыт с 25 пациентами и использование индекса тяжести гангрены Фурнье. Урология. 2004. 64: 218–22.
PubMed Статья Google ученый
Tuncel A, Aydin O, Tekdogan U, Nalcacioglu V, Capar Y, Atan A. Гангрена Фурнье: трехлетний опыт с 20 пациентами и обоснованность индекса тяжести гангрены по шкале Фурнье. Eur Urol. 2006; 50: 838–43.
PubMed Статья Google ученый
Корман Дж., Муди Дж., Аронсон В. Гангрена Фурнье в условиях современной хирургии: повышение выживаемости при агрессивном лечении. BJU Int. 1999; 84: 85–8.
CAS PubMed Статья Google ученый
Гелбард РБ, Феррада П., Йе Д.Д., Уильямс Б., Лоор М., Йон Дж. И др. Оптимальное время первичной обработки раны при некротической инфекции мягких тканей: практическое руководство Восточной ассоциации хирургии травм.J Trauma Acute Care Surg. 2018; 85: 208–14.
PubMed Статья Google ученый
Bronder CS, Cowey A, Hill J. Задержка образования стомы при гангрене Фурнье. Цвет Dis. 2004; 6: 518–20.
CAS Статья Google ученый
Малликарджуна М.Н., Виджаякумар А., Патил В.С., Шивсвами Б.С. Гангрена Фурнье: современные практики. ISRN Surg. 2012; 2012: 942437.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Estrada O, Martinez I, Del Bas M, Salvans S, Hidalgo LA. Ректальное отведение без колостомы при гангрене Фурнье. Tech Coloproctol. 2009; 13: 157–9.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Orgill DP, Manders EK, Sumpio BE, Lee RC, Attinger CE, Gurtner GC, Ehrlich HP.Механизмы действия вакуумного закрытия: узнать больше. Операция. 2009. 146: 40–51.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Huang WS, Hsieh SC, Hsieh CS, Schoung JY, Huang T. Использование ушивания ран с помощью вакуума для лечения ран конечностей у пациентов, страдающих острым некротическим фасциитом. Азиатский J Surg. 2006; 29: 135–9.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Мулла З.Д., Гиббс С.Г., Аронофф Д.М. Корреляты продолжительности пребывания, стоимости лечения и смертности среди пациентов, госпитализированных по поводу некротического фасциита. Epidemiol Infect. 2006; 3: 1–9.
Google ученый
Emohare O, Kowal-Vern A, Wiley D, Latenser BA. Использование вакуумного закрытия при кальцифилаксии. J Ожоговое лечение Rehabil. 2004; 25: 161–4.
PubMed Статья Google ученый
Фицморис М., Лоусон Д., Фридман Х. Новый подход к применению вакуумного закрывающего устройства в сложной анатомии. J Plast Reconstr Aesthet Surg. 2006; 59: 1249–50.
PubMed Статья Google ученый
Hofmann P, Friess P, Findeisen M, Tomcik P. Отчет о клиническом случае успешной терапии некротического фасциита с использованием устройства вакуумного закрытия. Zentralbl Chir. 2006; 131 (приложение 1): S72–4.
PubMed Статья Google ученый
de Geus HR, van der Klooster JM. Закрытие с помощью вакуума при лечении больших дефектов кожи, вызванных некротическим фасциитом. Intensive Care Med. 2005; 31: 601.
PubMed Статья Google ученый
Oczenski W, Waldenberger F, Nehrer G, Kneifel W., Swoboda H, Schwarz S, Fitzgerald RD. Закрытие с помощью вакуума для лечения некротического фасциита шейки матки и средостения.J Cardiothorac Vasc Anesth. 2004; 18: 336–8.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Розебум А.Л., Стеенворде П., Хартгринк Х.Х., Джукема Г.Н. Некротизирующий фасциит ноги после простого перелома таза: описание случая и обзор литературы. J Уход за раной. 2006; 15: 117–20.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Nouraei SA, Hodgson EL, Malata CM. Некротизирующий фасциит шейно-лицевой области: лечение расслоением шеи и местным отрицательным давлением. J Уход за раной. 2003; 12: 147–9.
CAS PubMed Статья Google ученый
Oetting P, Rau B, Schlag PM. Абдоминальный вакуумный аппарат с открытым животом. Chirurg. 2006; 77: 586 588–93.
CAS PubMed Статья Google ученый
Ubbink DT, Westerbos SJ, Nelson EA, Vermeulen H. Систематический обзор местной терапии отрицательным давлением для острых и хронических ран. Br J Surg. 2008; 95: 685–92.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Ubbink DT, Westerbos SJ, Evans D, Land L, Vermeulen H. Местное отрицательное давление для лечения хронических ран. Кокрановская база данных Syst Rev.2008; 3: CD001898.
Google ученый
Пайнеманн Ф., Зауэрланд С. Терапия ран отрицательным давлением: систематический обзор рандомизированных контролируемых исследований. Dtsch Arztebl Int. 2011; 108: 381–9.
PubMed PubMed Central Google ученый
Кобб В.С., Карбонелл А.М., Калбоу К.Л., Джонс Ю., Локей Дж. С.. Риск инфицирования открытого размещения внутрибрюшинной композитной сетки. Am Surg. 2009; 75: 762–7 обсуждение 767–8.
PubMed Google ученый
Cevasco M, Itani KM. Пластика вентральной грыжи синтетической, композитной и биологической сеткой: характеристики, показания и профиль инфекции. Хирургическая инфекция. 2012; 13: 209–15.
Артикул Google ученый
Bachman S, Ramshaw B. Протезный материал для пластики вентральной грыжи: как выбрать? Surg Clin North Am. 2013; 2008: 101–12.
Google ученый
Rosen MJ, Krpata DM, Ermlich B, Blatnik JA. 5-летний клинический опыт одноэтапного ремонта инфицированных и загрязненных дефектов брюшной стенки с использованием биологической сетки. Ann Surg. 2013; 257: 991–6.
PubMed Статья Google ученый
Латифи Р. Практические подходы к радикальной реконструкции сложных дефектов брюшной стенки. Мир J Surg. 2016; 40: 836–48.
PubMed Статья Google ученый
Маврос М.Н., Атанасиу С., Алексиу В.Г., Мицикостас П.К., Пеппас Г., Фалагас М.Э. Факторы риска инфекций, связанных с сеткой, после операции по пластике грыжи: метаанализ когортных исследований. Мир J Surg. 2011; 35: 2389–98.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Bueno-Lledó J, Torregrosa-Gallud A, Sala-Hernandez A, Carbonell-Tatay F, Pastor PG, Diana SB, Hernández JI. Предикторы инфицирования и эксплантации сетки после герниопластики брюшной стенки.Am J Surg. 2017; 213: 50–7.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Costerton JW, Montanaro L, Arciola CR. Биопленка при инфекциях имплантата: ее образование и регулирование. Int J Artif Organs. 2005; 28: 1062–8.
CAS PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Pérez-Köhler B, Bayon Y, Bellón JM. Сеточная инфекция и герниопластика: обзор.Хирургическая инфекция. 2016; 17: 124–37.
Артикул Google ученый
Катхью С., Нистико Л., Мелтон-Крефт Р., Ласко Л.А., Стодли П. Прямая демонстрация бактериальных биопленок на протезной сетке после вентральной герниоррафии. Хирургическая инфекция. 2015; 16: 45–53.
Артикул Google ученый
Патон Б.Л., Новицкий Ю.В., Зери М., Синг Р.Ф., Керчер К.В., Хенифорд Б.Т. Лечение инфекций сеток на основе политетрафторэтилена.Хирургическая инфекция (Larchmt). 2007; 8: 337–41.
Артикул Google ученый
Монтгомери А., Каллиновски Ф., Кекерлинг Ф. Доказательства замены инфицированной синтетической сетки биологической сеткой при герниопластике брюшной стенки. Фронт Сург. 2016; 2: 67.
PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Шубинец В., Карни М.Дж., Колен Д.Л., Мирзабейги М.Н., Вайсслер Дж.М., Ланни М.А. и др.Ведение инфицированной сетки после герниопластики брюшной грыжи: систематический обзор и опыт одного учреждения. Ann Plast Surg. 2018; 80: 145–53.
CAS PubMed Google ученый
Atema JJ, de Vries FE, Boermeester MA. Систематический обзор и метаанализ восстановления потенциально загрязненных и загрязненных дефектов брюшной стенки. Am J Surg. 2016; 212: 982–95 e1.
PubMed Статья PubMed Central Google ученый
Atema JJ, Furnée EJ, Maeda Y, Warusavitarne J, Tanis PJ, Bemelman WA и др. Большой комплексный ремонт брюшной стенки на загрязненных полях с использованием несшитой биологической сетки: двойной институциональный опыт. Мир J Surg. 2017; 41: 1993–9.
CAS PubMed PubMed Central Статья Google ученый
Глобальное бремя рака, связанное с инфекциями, в 2018 году: анализ заболеваемости во всем мире
Фон: Инфекционные патогены — сильные и поддающиеся изменению причины рака.Целью этого исследования было улучшение оценок глобального и регионального бремени рака, связанного с инфекцией, для информирования о приоритетных направлениях исследований и содействия усилиям по профилактике.
Методы: Мы использовали базу данных GLOBOCAN 2018 о заболеваемости и смертности от рака и оценили относимые фракции и глобальную заболеваемость для конкретных анатомических участков, субсайтов или гистологических подтипов, которые, как известно, связаны с десятью инфекционными патогенами, классифицируемыми как канцерогены человека.Мы рассчитали абсолютные числа и стандартизованные по возрасту коэффициенты заболеваемости (ASIR) раком, обусловленным инфекцией, на уровне страны. Оценки были стратифицированы по полу, возрастным группам и странам и агрегированы по географическим регионам и группам доходов Всемирного банка.
Выводы: Мы обнаружили, что в 2018 году во всем мире было диагностировано примерно 2,2 миллиона случаев рака, связанных с инфекцией, что соответствует ASIR, обусловленному инфекцией, равным 25,0 случаев на 100 000 человеко-лет.Основными причинами были Helicobacter pylori (810 000 случаев, ASIR 8,7 случаев на 100 000 человеко-лет), вирус папилломы человека (690 000, 8,0), вирус гепатита B (360 000, 4,1) и вирус гепатита C ( 160 000, 1,7). Связанный с инфекцией ASIR был самым высоким в Восточной Азии (37,9 случаев на 100 000 человеко-лет) и в Африке к югу от Сахары (33,1), и самым низким в Северной Европе (13,6) и Западной Азии (13,8). . На Китай приходилась треть случаев рака в мире, связанных с инфекцией, вызванной высоким ASIR инфекции H. pylori (15,6) и вирусом гепатита B (11,7).Бремя рака, связанное с вирусом папилломы человека, продемонстрировало наиболее четкую взаимосвязь с уровнем доходов страны (от ASIR, равного 6,9 случаев на 100 000 человеко-лет в странах с высоким уровнем доходов до 16,1 в странах с низким уровнем доходов).
Интерпретация: Заболеваемость раком, связанная с инфекцией, в дополнение к абсолютному количеству случаев позволяет проводить точный географический анализ и идентифицировать группы населения с высоким бременем рака, связанного с инфекциями.Когда профилактика рака в основном рассматривается в контексте неинфекционных заболеваний, существует острая потребность в ресурсах, направляемых на программы профилактики рака, нацеленные на инфекции, особенно в группах высокого риска. Такие вмешательства могут заметно снизить растущее бремя рака и связанную с ним смертность.
Финансирование: Международное агентство по изучению рака.
Международное совещание по консенсусу 2018 года по скелетно-мышечной инфекции: приоритеты исследований из вопросов Генеральной Ассамблеи — Schwarz — 2019 — Journal of Orthopaedic Research
Скелетно-мышечные инфекции (MSKI) остаются разрушительным осложнением ортопедической хирургии, большинство из которых вызвано Staphylococcus aureus , 1, а в некоторых регионах более 50% случаев связаны с устойчивыми к метициллину штаммами S. aureus (MRSA).2 Тщательные интервенционные исследования (например, результаты Проекта улучшения хирургической помощи3) продемонстрировали, что уровень инфицирования при плановой хирургии не может быть снижен ниже 1-2% 4, а частота неудач ревизионных операций достигает 33% 5. Согласно прогнозам, к 2020 году затраты на лечение имплант-ассоциированной инфекции в США превысят 1,62 миллиарда долларов6.
Основная проблема в управлении MSKI заключается в том, что большинство так называемых стандартов оказания помощи было установлено без доказательств Уровня 1, и поскольку они очень эффективны для наиболее распространенных ортопедических процедур (Таблица 1), бизнес-модель, которая установление научных доказательств их рентабельности не разработано.Однако, поскольку современные реформы здравоохранения требуют устранения затрат, не основанных на фактических данных, для защиты систем от финансового краха, консенсусные конференции, проводимые в соответствии с методом Дельфи11, превратились в важный инструмент, с помощью которого идейные лидеры обсуждают все существующие знания для достижения «общего согласия». »В ответ на клинические вопросы. Важно отметить, что для ответа на этот вопрос также достигается консенсус относительно существующего уровня доказательств, который можно использовать для определения приоритетов финансирования исследований.Именно с учетом этих целей в 2013 году было завершено Международное совещание по консенсусу (ICM), посвященное инфекции области хирургического вмешательства (SSI) и перипротезной инфекции суставов (PJI). по вопросам консенсуса передовой практики для управления SSI / PJI,> 300 экспертов из различных дисциплин выступили в качестве делегатов из 52 стран, представляющих> 160 медицинских и> 100 медицинских обществ, которые пришли на ICM для обсуждения и голосования.Эти делегаты были разделены на 15 тематических рабочих групп и просмотрели> 3500 различных публикаций, чтобы ответить на 207 согласованных вопросов. Примечательно, что устойчивый консенсус (≥75%) был достигнут по 195 из 207 предложенных рекомендаций (94%), и только четыре рекомендации не получили согласия 66 %.12 Следует отметить, что только один из этих вопросов ICM 2013 года: «Что такое нехирургические стратегии лечения дренирующей раны после тотального эндопротезирования сустава (TJA)? », были исследованы для получения достаточных доказательств для получения 89% согласия в ICM 2018.Остальные остаются важными исследовательскими приоритетами и обсуждаются ниже.
Таблица 1. Значение MSKI с точки зрения заболеваемости, текущих и прогнозируемых, а также финансовых затрат в долларах США| Специальность | Текущая заболеваемость (%) | Прогноз заболеваемости на 2030 год (%) | Вероятность успеха исправления (%) | Годовые затраты |
|---|---|---|---|---|
| Травма | 1–30 | 1–15 | 80–95 | 61 000–150 972 долл. США на один инфицированный случай |
| Онкология | 10–15 | 10–12 | 50–70 | 20 000–30 000 долларов США за инфекцию.Приблизительно 2 миллиона долларов в год |
| Бедра | 0,2–1,5 | 0,3–1,4 | 80–95 | 25 000–40 000 долларов США за заражение |
| Колени | 0.4–1,5 | 0,5–1,6 | 80–95 | 20 000–25 000 долларов США за заражение |
| Плечо | 0,8–2 | 1,5–7 | 90–95 | 17000 долларов США за заражение |
| Колено | 2–11 | 2–11 | 70–90 | 46338–57 601 долл. США |
| Голеностопный сустав | 2–20 | 0.7–3,5 | 80–95 | 19 650 долларов США за заражение |
| Педиатрия | 0,1–20 | 0,1–20 | Около 100 | 27000 долларов США за заражение |
| Позвоночник | 0.1–19 | 0,1–12 | 70–90 | 50 000–65 000 долларов США за заражение |
| Спорт | 0,1–3 | 0,1–3 | Около 100 | 18 000–26 000 долларов на один инфицированный случай |
- ICM, Международная конференция по консенсусу; МСКИ, мышечно-скелетные инфекции; RW, исследовательская рабочая группа.
- * 2018 консенсус ICM RW по текущей и прогнозируемой заболеваемости инфекциями и затратам на пациента по всем узким ортопедическим специальностям. Эти оценки, составленные на основе информации, были получены из: (i) недавних рецензируемых публикаций, (ii) анализа национальных административных данных за 2015 год с использованием сети HCUPNet (https://hcupnet.ahrq.gov/#setup) и (iii) ) Экспертиза РАО.
Самая спорная тема 1-го МКМ касалась ожирения как независимого изменяемого фактора риска ИОХВ / ППИ.Несмотря на то, что, по всей видимости, достигнуто сильное консенсусное согласие, социальные, политические и экономические последствия установления верхнего предела порога индекса массы тела (ИМТ) для плановой хирургии вызвали сильные споры между делегатами до того, что вопрос был снят без официального разрешения. голосование. Примечательно, что последующее рецензируемое исследование высокого уровня было опубликовано 13–16, которое способствовало «единодушному» согласию по рекомендациям ICM 2018 года, основанным на «убедительных» и «консенсусных» доказательствах рисков (вопрос об ИМТ).Другими важными результатами ICM 2013 года были: (i) научно обоснованное определение PJI17 для тазобедренного и коленного суставов, которое было принято Центром по контролю за заболеваниями (CDC), и (ii) несколько высокоэффективных публикаций, по определению более 1000 загрузок.12, 18-20
Основываясь на этом успехе, 2-е собрание ICM было запланировано с учетом трех различных аспектов. Во-первых, в него вошли делегаты по многим специальностям ортопедии, включая артропластику бедра и колена, стопу и голеностоп, онкологию, педиатрию, плечо, локоть, позвоночник, спорт и травмы.Была также рабочая группа по биопленкам, которой были поставлены вопросы консенсуса по фундаментальной и переводческой науке. Делегаты в этих 10 рабочих группах отвечали за заполнение согласованных вопросов своей специализации, а вместе с Генеральной Ассамблеей (ГА) эти специалисты разделили вопросы ICM 2018 года на 11 рабочих групп для голосования. Во-вторых, использовался модифицированный метод Дельфи, в котором отдельные делегаты оценивали имеющуюся литературу, извлекали доказательства для текущей практики и определили области, требующие дальнейших исследований.Также был определен уровень доказательности каждой «рекомендации». Насколько нам известно, не было пропущено ни одной опубликованной работы, связанной с ортопедическими инфекциями. И, в-третьих, во встрече приняли участие представители государственных организаций, отрасли, плательщиков и бизнес-администрации. Хотя этим участникам не разрешили голосовать в процессе, их присутствие было сочтено важным при разработке дорожной карты для разработки, финансирования, поддержки и утверждения технологий, связанных с MSKI в будущем.
Были опубликованы полные сведения о методах Delphi и временные рамки 13 конкретных шагов, использованных для завершения ICM 2018.21 В ходе этого двухлетнего процесса был получен окончательный набор из 652 согласованных вопросов, которые были обсуждены и проголосованы 658 из из 869 делегатов из 92 стран, которые лично присутствовали на встрече в Филадельфии, штат Пенсильвания, 25–27 июля 2018 г. Все согласованные вопросы, ответы на голосование и дополнительная информация о ICM 2018 доступны в Интернете (https: // icmphilly.com) или в приложении для iOS и Android (ICMPHILLY).
Размышления о 1-м ICM выявили три конкретных возможности, которые были упущены, и ICM 2018 г. и Общество ортопедических исследований (ORS) намерены рассмотреть их в этой заказной статье о консенсусе. Первый — это обобщенная интерпретация 164 согласованных вопросов и рекомендаций ГА, по которым не удалось достичь твердого согласия в отношении того, что по этому вопросу существует передовая практика, основанная на фактических данных. Это резюме предназначено для ознакомления широкой аудитории с разногласиями и основными неудовлетворенными потребностями в области MSKI.Второй — определить клиническую и экономическую значимость проблем путем предоставления согласованных данных о заболеваемости MSKI и затратах на пациента для каждой из ортопедических специализаций. Наконец, мы стремимся установить текущие исследовательские приоритеты для: (i) мультидисциплинарных исследовательских групп, желающих решить эти проблемы, и (ii) частных фондов, государственных агентств и коммерческих механизмов финансирования, которым необходимо предоставить медицинскому сообществу ресурсы. необходимо установить передовой опыт с научными данными.
Методология
После публикации согласованных вопросов ICM GA 2018 ( n = 164) с их рекомендациями, результатами голосования и обоснованиями (https://icmphilly.com/document/icm-2018-general-document/) 21 a Исследовательская рабочая группа (RW), состоящая из 26 делегатов (авторов этой статьи о консенсусе, которые активно участвовали в ICM), была собрана для интерпретации этой информации и определения приоритетов исследований.Вместо того, чтобы рассматривать каждый из 164 вопросов по отдельности, были использованы четыре объективных критерия для определения подмножества вопросов ГА, которые имеют высокий приоритет для будущих исследований: (i) вопросы и рекомендации, по которым не удалось получить консенсусное голосование «согласен»> 85% всех делегатов ICM, которые голосовали по вопросам ГА на собрании ICM ( n = 35), (ii) вопросы, которые были определены как «исследовательские предостережения» перед ICM ( n = 6), (iii) вопросы, содержащие «Неизвестные» рекомендации ( n = 10), и (iv) вопросы с рекомендациями, в которых говорится о необходимости дальнейшего исследования ( n = 3).Затем RW проголосовал «Согласен (высокий приоритет)» или «Не согласен (высокий приоритет)» по каждому из выбранных 54 вопросов, которые удовлетворяли хотя бы одному критерию. Для включения в эту статью требовалось как минимум 70% согласия с тем, что вопрос имеет высокий приоритет для будущих исследований, и RW организовал эти вопросы по тематическим категориям для обсуждения и письменного обзора.
RW подчеркивает, что консенсус был достигнут без неоправданной убедительной силы или выразительности, принуждения, некомпетентности в понимании альтернативных действий или раздражения в процессе обсуждения.Обсуждение происходило на контролируемом открытом форуме, на котором все делегаты имели возможность изучить формулировки вопросов и рекомендаций, изучить имеющиеся доказательства и высказать свое мнение до проведения голосования.
РЕЗУЛЬТАТЫ
Консенсус ICM RW 2018 оценил текущую и прогнозируемую заболеваемость инфекциями и затраты на пациента для всех ортопедических специальностей (таблица 1). Эти оценки были составлены на основе информации, полученной из: (i) рецензируемых публикаций с 2005 по 2018 г., (ii) анализа национальных административных данных за 2015 г. с использованием сети HCUPNet (https: // hcupnet.ahrq.gov/#setup) и (iii) экспертиза RW, представляют собой наиболее точную информацию на сегодняшний день. Таким образом, мы настоятельно рекомендуем их цитировать из этой статьи, которая была подготовлена с большой тщательностью, вместо прогнозов или устаревшей информации, цитируемой в предыдущих статьях.
Тридцать восемь вопросов (23% всех вопросов GA) получили необходимое> 70% голосов согласия со стороны RW и выделены ниже в шести тематических категориях: острая и хроническая инфекция, иммунитет хозяина, антибиотики, диагностика, исследовательские оговорки и модифицируемые факторы.
Разработка функционального определения «острой» и «хронической» инфекции костей и имплантатов
Вопрос ICM 2013 г. «Каково определение позднего PJI?» и его рекомендация «Поздний PJI может быть определен как PJI, который развивается в разное время после процедуры индексной артропластики. Поздний PJI возникает после первоначально успешной процедуры индексации без клинических или рентгенологических признаков PJI. Факторы риска для позднего PJI аналогичны тем, которые описаны для PJI в целом », которые достигли согласия только 56% (нет консенсуса).Таким образом, в отсутствие исследований для решения этой важной проблемы неудивительно, что четыре связанных вопроса в ICM 2018 также не получили широкого консенсуса. Первый из них (Вопрос 1) оказался наиболее противоречивым на ICM 2018, поскольку сильные разногласия делегатов, похожие на вопрос о пороговом значении ИМТ на ICM 2013 года, остановили голосование. Однако вместо того, чтобы избежать проблемы, ГА попыталось достичь широкого консенсуса, дважды пересмотрев рекомендацию в режиме реального времени, что привело к вопросу «Следует ли нам установить конкретный временной предел между хронической и острой инфекцией?», Который получил только 60% соглашение.В основе этого противоречия лежат убедительные фундаментальные научные и доклинические данные о том, что PJI представляет собой континуум, ведущий к биопленке, которую нельзя искоренить только системными противомикробными препаратами22. потеря того, как лечить серьезные осложнения без простых решений.
Время традиционно было критерием, используемым для различия между острой и хронической костной инфекцией и инфекцией, связанной с имплантатом, исходя из прежних представлений о том, что однажды эти инфекции неизлечимы.23 Соображения по ведению хронической инфекции также различаются, и ожидается, что лечение только противомикробными препаратами будет недостаточным.24 Хирургическое вмешательство при острой инфекции обычно включает обширную хирургическую обработку раны и ирригацию.25 Признано, что хронические инфекции требуют серьезного хирургического вмешательства (удаление имплантата, связанное с этим). остеомиелит и дисваскулярная ткань), расширенный курс парентеральных антимикробных препаратов и часто местное введение высоких доз антимикробных препаратов. Обозначение времени было лучшим предположением о том, когда биология перешла от излечимого к неизлечимому, с выделенной или «определенной» яркой линией в разное время (2, 4, 6, 8, 12 недель и даже 6 месяцев или диапазоны). например, 6–12 недель), основываясь на анекдотическом опыте или на ограниченном количестве пациентов.26 В то время как континуум от инокуляции до установленной инфекции, связанной с биопленкой, и инфекции, связанной с имплантатом, зависит от времени и обычно прогрессирует до полностью установившейся устойчивой инфекции в течение недель или нескольких месяцев, существуют значительные различия, основанные на факторах хозяина и микроорганизма. Таким образом, известно, что для острых и хронических инфекций существует широкий диапазон наблюдений и предполагаемые временные пороги. К сожалению, это множество переменных затрудняет эффективное лечение отдельных пациентов.Это также создает серьезные проблемы для создания клинических протоколов и дизайна исследований для совместных исследований. Также из активной и страстной дискуссии на ICM 2018 стало ясно, что пришло время удовлетворить потребность в научно и клинически функциональных определениях для: «острой или хронической» инфекции (Вопрос 1), «колонизация имплантатом или имплантат». сопутствующая инфекция »(вопрос 2) и« стойкий дренаж раны »(вопрос 3). Эти новые определения должны включать наше текущее понимание того, что лечение инфекций, связанных с костями и имплантатами, неразрывно связано с биологией биопленок, инфекцией остеобластов27 и остеоцитов 28 и вторжением бактерий в остеоцитарно-канальцевую сеть.29, 30 Таким образом, задача определения протоколов лечения зависит от определения биологических показателей, например, когда клетки-персистеры становятся недоступными для фагоцитов, и когда уровни (и продолжительность) антимикробного действия, необходимые для уничтожения клеток-персистеров, не достижимы системно (минимальная концентрация уничтожения биопленки [MBEC]), как это обсуждается Рабочей группой по биопленке22. Исследования, направленные на выяснение специфических для пациента факторов (например, воспалительного артрита и иммунодефицитного состояния), которые влияют на пороговые значения сывороточных и синовиальных маркеров при остром и хроническом MSKI (Вопрос 4), также будут преобразить уход за пациентами.Наконец, хотя эти вопросы были заданы специально для PJI, этой рабочей группе ясно, что обновление определений, применимых к управлению всеми MSKI, на основе фундаментальных научных и клинических исследований конкретных показателей и биологических процессов, является высшим приоритетом исследования. от ICM 2018.
Иммунитет хозяина, иммунотерапия и иммунопрофилактика и прекращение иммуносупрессивной терапии
Науку MSKI можно разделить на четыре отдельные дисциплины: микробиология / противомикробные препараты, биоматериалы / имплантаты, хирургия / клиническая помощь и иммунология / иммунитет хозяина.Из них наши знания об иммунитете хозяина являются наиболее ограниченными, и это единственная дисциплина, которая не внесла значительного вклада в воздействие на пациентов с MSKI. Это очень разочаровывает, учитывая, что вакцины являются наиболее рентабельным вмешательством в медицине, и что эффективная иммунизация против основных патогенов устранит подавляющее большинство MSKI. Это огорчение также нашло отражение в голосовании на ICM 2018, в котором только 62% делегатов GA согласились с тем, что иммунотерапия и иммунопрофилактика могут использоваться для предотвращения образования биопленок и инфекций, связанных с имплантатами (Вопрос 5).Несмотря на оптимистическое обоснование, написанное в ответ на этот вопрос, в котором цитируются: (i) доклинические данные, (ii) успешные вакцины человека против других бактериальных патогенов (например, Bordetella pertussis, Clostridium tetanii, Corynebacterium diphtheriae , Haemophilus influenzae тип b, Neisseria meningiditis , Streptococcus pneumoniae ) и (iii) конкретный пример вакцины S. pneumoniae (Prevnar ® , Wyeth Pharmaceuticals Inc.и Pneumovax ® , Merck & Co., Inc.), которые одобрены Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) для профилактики менингита у реципиентов кохлеарных имплантатов, 31 этот скептицизм в отношении иммунотерапии и иммунопрофилактики для MSKI уместен. провал всех клинических испытаний на сегодняшний день, в которых оценивалась иммунизация против S. aureus. 32
Примером затрат на исследования (время и деньги), необходимых для оказания значительного клинического воздействия в этой области, являются недавние достижения в иммунотерапии рака, за которые Нобелевская премия по физиологии и медицине 2018 г. была присуждена докторам.Джеймсу Эллисону и Тасуку Хондзё за их плодотворные открытия ингибиторов иммунных контрольных точек (ICI) .33 Что касается времени, Краммел и Эллисон открыли цитотоксический T-лимфоцит-ассоциированный белок 4 (CTLA-4) в 1995 году, 34 и ипилимумаб (анти-CTLA). -4, Yervoy ® , Bristol-Myers Squibb Company), первый препарат любого типа, улучшающий выживаемость пациентов с метастатической меланомой, был одобрен FDA в 2011 году.35 Лаборатория доктора Хонджо обнаружила белок 1 запрограммированной гибели клеток в 1992 году, 36 и ингибиторы анти-PD-1 пембролизумаб (Keytruda ® , Merck & Co., Inc.) и ниволумаб (Opdivo ® , Bristol-Myers Squibb Company) были одобрены FDA в 2017 году.
Существуют также серьезные проблемы, связанные с расходами на финансовые исследования, которые должны быть решены как государственными, так и частными финансовыми агентствами, если подобные медицинские прорывы должны произойти для MSKI. Например, бюджет Национального института здравоохранения (NIH) отдает предпочтение исследованиям рака по сравнению с исследованиями артрита в 25 раз (6,275 млрд долларов против 0,253 млрд долларов в год), несмотря на то, что заболеваемость артритом среди населения США в 2,6 раза выше (22.9% против 8,7%; https://report.nih.gov/categorical_spending.aspx). В случае разработки коммерческих лекарств фармацевтические компании могут получить прибыль от своих инвестиций (12 лет и 1 млрд долларов в среднем от подтверждения концепции in vivo через клинические испытания фазы 337), установив очень высокие цены на свои патентованные биопрепараты, одобренные Управлением по контролю за продуктами и лекарствами. (стоимость одной инъекции Ервоя, Кейтруды или Опдиво составляет 30 000 долларов США, а полный курс лечения — 120 000 долларов США38). Напротив, стандартные затраты на лечение противомикробных препаратов относительно невелики (в среднем> 2 долларов за дозу, а общие затраты на лечение составляют 3850 долларов для линезолида и 5 189 долларов для ванкомицина39).Следовательно, бизнес-инновации также имеют решающее значение для трансформирующей иммунотерапии для MSKI.
Мы также обнаружили прагматичные исследования и образовательные возможности, заслуживающие внимания. Первый — это лучшее понимание стратегий усиления иммунной системы, которые можно использовать для снижения риска MSKI (вопрос 6). Другие относятся к ведению пациентов, принимающих препараты, модифицирующие хронические иммуномодулирующие заболевания (например, метотрексат или препараты против фактора некроза опухоли) (Вопрос 7).С учетом: (i) всеобъемлющих рекомендаций ICM 2018 (пять различных алгоритмов в зависимости от основного заболевания и хронической терапии), (ii) отсутствия возможностей непрерывного медицинского образования под руководством экспертов для надлежащего распространения этой новой информации и (iii) вышеупомянутой рентабельности В отношении этих лекарств кажется логичным, что фармацевтические компании должны более активно участвовать в работе с экспертами, чтобы официально внедрить эти передовые методы.
Использование антибиотиков для MSKI
Антибиотики были одним из величайших достижений медицины 20-го века и теперь являются неотъемлемой частью ортопедической хирургии.Примечательно, что на ICM GA 2018 было рассмотрено девятнадцать конкретных вопросов об использовании противомикробных препаратов для «профилактики» ( n = 13) и «лечения» ( n = 6), и был достигнут широкий консенсус в отношении того, что только четыре требуют дополнительных исследований.
Вопрос 8 касается роли заряженных антибиотиками носителей (сульфат кальция / фосфат кальция (CaS / CaP)) в лечении SSI и, в частности, PJI, при котором местные методы лечения, не одобренные FDA, стали стандартом лечения лечить костные инфекции, поскольку эту идею отстаивали Buchholz et al.в Endo Klinik в 1984 году. 40 С тех пор в РП были включены различные антибиотики (например, гентамицин, цефалотин, амоксициллин, тобрамицин, тетрациклин, ванкомицин и стрептомицин). Однако, несмотря на ряд исследований и оценок, показывающих положительные результаты, и несмотря на то, что уже существует несколько коммерческих цементов для CaP с противомикробным покрытием, насколько нам известно, на рынке не было представлено ни одного коммерческого покрытия для CaP, высвобождающего антибиотики. Кроме того, в настоящее время нет исследований с высоким уровнем доказательств, подтверждающих, что их использование влияет на исход хирургического лечения пациентов с PJI.Таким образом, существует консенсус в отношении того, что, хотя спейсеры, содержащие антибиотики, кажутся безопасными, необходимы проспективные исследования для определения: (i) идеальных температур, необходимых для включения антибиотиков в конкретные носители, (ii) идеального (ых) антибиотика (ов) и их дозы, (iii) ) идеальная пористость имплантата, которая обеспечивает большую нагрузку антибиотиком при сохранении свойств биоматериала, (iv) использование стабилизаторов для достижения длительного высвобождения в устойчивой концентрации без побочных эффектов, и (v) влияние носителей, содержащих антибиотики, на частоту повторных ревизий, в проспективные научные исследования.
Также критически важно понимать, что появление устойчивых к противомикробным препаратам организмов (УПП) становится препятствием для получения новых разрешений регулирующих органов на имплантаты, высвобождающие антибиотики, особенно в США. Неоправданное использование антибиотиков не только может повлиять на микробиоту в организме, но также может привести к образованию штаммов с множественной лекарственной устойчивостью. Примеры этого — появление Mycobacterium tuberculosis , 41 устойчивых к ванкомицину S.aureus , 42 и штаммы Enterobacteriaceae, продуцирующие карбапенемазу, устойчивые почти ко всем доступным антибиотикам. Таким образом, существует широкий консенсус в отношении того, что разумное профилактическое и терапевтическое использование противомикробных препаратов в клинической практике имеет решающее значение для сдерживания роста AMR. Одним из примеров непроверенной профилактики, которая потребует исследований для установления рисков и выгод, является так называемая профилактика «пикси-пылью» (порошок ванкомицина) для предотвращения SSI.43
Вопросы 9 и 10 относятся к оптимальным комбинациям антибиотиков для периоперационной профилактики и оптимальному выбору и продолжительности антибактериальной терапии при полимикробной ИОХВ / ППИ, соответственно.К сожалению, эти вопросы являются подвижными целями, основанными на вариабельности штаммов и коренной популяции пациентов, и передовой мировой практики не существует. Недавний метаанализ рандомизированных клинических испытаний не смог продемонстрировать различия в частоте инфицирования при выборе одного антибиотика по сравнению с другим при тотальном эндопротезировании тазобедренного и коленного суставов.44 В Северной Америке цефалоспорины с широким спектром антибактериальной активности в отношении грамположительных и грамотрицательных бактерии используются как профилактика первой линии.45 Однако в Соединенном Королевстве наиболее часто используемая профилактика первой линии — это комбинация флуклоксациллина и гентамицина, 46 которая предназначена для снижения заболеваемости колитом, ассоциированным с Clostridium difficile, , предположительно вызванным высоким использованием цефалоспоринов.
Гликопептиды (ванкомицин) предназначены для пациентов, которые являются носителями MRSA или имеют анафилактическую реакцию на пенициллин. Однако они охватывают только грамположительные бактерии, поэтому их часто комбинируют с аминогликозидами (гентамицином).Решение об использовании одного или двух препаратов для профилактики должно зависеть от местной эпидемиологии и уровней резистентности, отвечающих конкретным потребностям.47 Точно так же гликопептидная профилактика привела к значительному снижению относительного риска ИОХВ, вызванных MRSA.48 Однако сочетание антибиотиков, таких как ванкомицин и цефазолин. сопутствует более высокому риску острого повреждения почек. Следовательно, следует избегать рутинного добавления гликопептидов для профилактики.49 ICM 2018 также установил твердый консенсус в отношении того, что профилактику следует рассматривать как развивающийся вопрос, требующий междисциплинарного (микробиология, общественное здравоохранение, ортопедия, инфекционные заболевания и фармацевтика) подхода. и должны корректироваться с учетом эпидемиологических факторов и факторов пациента.50
Комбинированные антибиотики для лечения полимикробных инфекций — очень сложная тема, которая была специально рассмотрена Рабочей группой ICM Biofilm 2018.22 К сожалению, существует минимальное количество литературы относительно оптимального выбора и продолжительности терапии антибиотиками у пациентов с полимикробным ППИ и диабетом. язва стопы, где она наиболее распространена. Однако существует консенсус в отношении того, что необходимы многоцентровые исследования для установления: (i) факторов риска полимикробного ППИ, (ii) распространенных ассоциированных организмов, (iii) методов определения MBEC для полимикробных биопленочных бактерий и (iv) наличия хронического подавления перорально антибиотики эффективны в этих случаях и как долго?
Вопрос 11 относится к антимикробной терапии Cutibacterium acnes (ранее Propionibacterium acnes ).Эта область наполнена важными направлениями исследований, в том числе почему инфекции C. acnes распространены в верхних конечностях, но чрезвычайно редки в других местах. Существует не только недостаток проспективных контролируемых исследований, но и часто возникают проблемы с определением значимости культивированных C. acnes из ортопедических образцов, поскольку это обычная кожная опухоль. Эпиднадзорные исследования показывают, что C. acnes остается восприимчивым ко многим антибиотикам, широко используемым для лечения MSKI, включая β-лактамы, с различными профилями устойчивости к макролидам, клиндамицину, тетрациклинам и триметоприм-сульфаметоксазолу.Однако эти данные о чувствительности не представляют и не коррелируют с MBEC, которую сложно установить в рутинных диагностических лабораториях22. Нет никаких рандомизированных контрольных испытаний или официально проводимых сравнительных исследований конкретных комбинаций антибиотиков для лечения C. acnes PJI. Публикации запутываются трудностями и вариациями в определениях инфекции, вероятно, смешивая настоящие инфекции с зараженными случаями. β-Лактамы являются привлекательным выбором с точки зрения защиты от микробов, и они обычно используются и рекомендуются в рекомендациях Общества инфекционных болезней Америки.Однако необходимы проспективные клинические исследования для определения оптимальной антимикробной терапии для C. acnes PJI.
Диагностика MSKI
Правильный диагноз MSKI является центральным звеном между профилактикой и лечением. Таким образом, получение исчерпывающей информации своевременно для принятия решения о лечении имеет решающее значение. К сожалению, это часто невозможно из-за проблем с обнаружением микроорганизмов с помощью культуры и полимеразной цепной реакции (ПЦР) и зависимости от системных маркеров инфекции, которые могут быть смешаны с сопутствующим воспалением или повышенными исходными уровнями этих маркеров другой этиологии ( е.g., аутоиммунитет, инфекция в дистальном отделе, заболевание почек или послеоперационное состояние), приводящие к ложноположительным результатам.51-54 И наоборот, пациенты с ослабленной иммунной системой (вирус иммунодефицита человека, нейтропения вследствие гематологической дисфункции или химиотерапии) ) или инфекция низковирулентным организмом (например, C. acnes , Coagulase-negative Staphylococci ) склонны к ложноотрицательным результатам.51-55 Поскольку основные клинические решения, включая удаление протеза, сращение сустава и ампутацию, зависят от Точная и своевременная диагностика MSKI, позволяющая избежать чрезмерного, недостаточного или отсроченного лечения, ICM GA рассмотрела и проголосовала по 26 конкретным вопросам и рекомендациям, относящимся к этой проблеме.Среди них был широкий консенсус RW о том, что шести областям следует уделить особое внимание в будущих исследованиях. Кроме того, рабочая группа плечевого отдела ICM 2018 определила диагностический вопрос как самый главный приоритет для своих исследований.
Вопрос 12 касается того, какие сывороточные тесты имеют наилучшую диагностическую точность для PJI, и повышает ли их точность комбинация любого количества тестов. В рекомендации особо отмечается, что «необходима дальнейшая работа для определения оптимальной комбинации [серологических тестов].Следует также отметить, что в настоящее время диагноз PJI не может быть основан исключительно на серологических тестах ». Важно отметить, что серологические тесты в настоящее время рекомендуются в качестве скрининга первой линии на ППИ и являются частью диагностических критериев, предложенных ICM 2013 г., Обществом по лечению костно-мышечных инфекций (MSIS) и Американской академией хирургов-ортопедов (AAOS) 17, 56, 57 Некоторые из наиболее новых серологических тестов включают интерлейкин 6, прокальцитонин, ɑ-дефенсин и D-димер. Однако необходимы дальнейшие исследования для определения пороговых значений, поскольку текущие стандарты основаны на ретроспективных данных и включают длинный список исключений, основанный на сопутствующих сопутствующих заболеваниях, этиологическом организме, хирургической травме в раннем послеоперационном периоде и предшествующем использовании антибиотиков.58
Исследования также необходимы для проверки новых сывороточных маркеров, включая: растворимые рецепторы для конечных продуктов гликирования, вещества, реагирующие с тиобарбитуровой кислотой, липополисахарид-связывающие белки, Toll-подобный рецептор 2, растворимые рецепторы активатора плазминогена урокиназного типа, пресепсин (также известный как sCD14 -ST) и молекула межклеточной адгезии 1. Хотя эти маркеры показали себя многообещающими, необходимы дальнейшие исследования для оценки их роли в диагностике PJI и в определении наиболее безопасного времени для реимплантации.
Остальные приоритетные вопросы исследования «Секции диагностики» от ICM GA 2018 касаются проблемы улучшения, интерпретации и определения передовых методов получения микробиологических данных. Идентификация микроорганизма в микробиологической культуре имеет решающее значение как для диагностики, так и для лечения SSI и PJI.17, 56, 57 Две положительные культуры из одного и того же сустава, идентифицирующие один и тот же организм по ткани или жидкости, остаются одним из основных критериев диагностики. PJI.Это квалифицируется как «основной» критерий в определениях PJI для тазобедренного и коленного суставов в 2013 и 2018 гг.17, 57 Однако у 7–35% пациентов невозможно выделить какие-либо организмы, несмотря на соответствие другим критериям инфекции, которые определяют «культуру». -отрицательные »пациенты с PJI.59 Вопрос 13 спрашивает:« Какие методы можно использовать для увеличения диагностической эффективности микробиологических культур при SSI / PJI? » Несмотря на то, что в литературе нет ясности об идеальном количестве образцов, которые необходимо взять60, ГА пришел к выводу, что четырех должно быть достаточно, в то время как рабочая группа плечевой секции выбрала пять из-за дополнительных проблем при культивировании C.acnes, , который также имеет высокий уровень положительности посева на плечах без предварительной хирургической операции, и даже на «стерильные» марлевые губки и «стерильные» мазки для посева.61 Также необходимы исследования для определения: идеальной культуральной среды, условий культивирования и местонахождение и тип жидкости или ткани, из которой следует отбирать пробы 60, 61
Одно неожиданное голосование на ICM GA в 2018 г. было связано с ответом на вопрос 14, в котором рассматривается вопрос о том, следует ли отказываться от приема антибиотиков в периоперационном периоде до получения интраоперационного аспирата и / или образцов ткани для посева при подозрении на инфицирование ревизионных случаев TJA.Поскольку установленные клинические алгоритмы, основанные на степени подозрения на ППИ и результатах предоперационных посевов, подтверждаются убедительными доказательствами из обширных ретроспективных данных и проспективных клинических испытаний, приведенных в обосновании, неясно, почему 16% делегатов не согласились. с этими рекомендациями. После проверки RW подтверждает, что это не открытый вопрос и что этот вопрос требует дальнейшего обучения.
Вопрос 15 касается того, существует ли метод обнаружения сидячих микроорганизмов, которые привели к инфекции после ортопедической процедуры.Мертвые организмы представляют собой неподвижные колонии организмов, прикрепленные к протезному имплантату или поверхности хозяина и покрытые поперечно-сшитой внеклеточной матрицей гликокаликса с образованием биопленки. К сожалению, культуры могут быть ненадежными при обнаружении бактерий в биопленках, поэтому были предложены альтернативные методы подтверждения присутствия организмов в PJI.22 Биомаркеры синовиальной жидкости, такие как лейкоцитарная эстераза, прокальцитонин и-дефенсин, показали высокую чувствительность и Специфика диагностики PJI тазобедренного и коленного суставов.22, 62 Однако эти биомаркеры только идентифицируют наличие или отсутствие инфекции и не определяют конкретный возбудитель болезни или его чувствительность к антибиотикам. Некоторые диагностические методы, которые могут улучшить способность обнаруживать организмы, которые сложно выделить или культивировать и потенциально предоставить информацию о генах устойчивости к антибиотикам, включают ПЦР, секвенирование следующего поколения и ультразвуковую обработку протезов.63, 64 Хотя некоторые предварительные данные существуют по всем из них. Эти методы вызывают озабоченность в связи с тем, что повышенная чувствительность может быть достигнута за счет более высокого уровня ложноположительных результатов, и в этой области необходимы целенаправленные исследования.
Поскольку обработка ультразвуком протезов была включена в некоторые клинические программы, вопрос 16 касался того, как управлять расходящимися результатами между интраоперационными культурами тканей и культурами ультразвуковой обработки протезов. Речь идет о преимуществах обработки ультразвуком в виде превосходной чувствительности и повышенной изоляции патогенов при прекращении антибактериальной терапии в течение 2 недель после операции, чему противодействует ее потенциальная возможность заражения и ложноположительные результаты посева.65, 66 Поскольку опубликованные исследования сообщают о пороговых значениях от 1 до 50 колониеобразующих единиц, важным приоритетом исследований в этой области является определение того, что определяет положительную культуру, полученную с помощью обработки ультразвуком и встряхивания, по отдельности или в комбинации67
Для решения диагностических проблем, связанных с привередливыми организмами, которые требуют длительных инкубаций культур, связанных с более высоким уровнем ложноположительных результатов и контаминацией, в вопросе 17 оценивалось оптимальное время для обработки культуры образцов ткани и синовиального аспирата, а также продолжительность обычных посевов. инкубированы до того, как они будут признаны отрицательными? Рекомендация оставляет место для интерпретации.Он также рекомендует, чтобы при отрицательных результатах предоперационных посевов и высоком клиническом подозрении на PJI (отрицательные посевы PJI) посевы сохранялись от 14 до 21 дня. Кроме того, неясна распространенность форм или вариантов малых колоний при PJI. Эти организмы могут присутствовать в областях рядом с протезом с низкой концентрацией антибиотика, диффундирующего из цемента. Следовательно, Стандарты микробиологических исследований Великобритании рекомендуют исследовать чашки с культурой с помощью микроскопа для планшетов для обнаружения небольших форм колоний стафилококков.Рабочая группа плечевой секции также пришла к выводу, что 14 дней культивирования — это наиболее часто упоминаемый инкубационный период, в основном для выделения медленнорастущих C. acnes . Конечно, культуры грибов и микобактерий часто хранятся в течение гораздо более продолжительных периодов времени, но некоторые авторы рекомендуют минимальный срок хранения 21 день, а в исследованиях, оценивающих хранение бактериальных культур до 28 дней.68 Ясно, что существует большое расхождение между 5 и 21 днями, и необходимы дальнейшие исследования для определения оптимальной продолжительности культивирования.
Как указано выше, PJI плеча ассоциирован с уникальным набором патогенов по сравнению с другими MSKI. Таким образом, члены секции плечевого сустава RW нашли свою узкую специализацию по плечу «Каковы диагностические критерии PJI плеча?» быть наиболее важной задачей для ICM 2018. Как показали Hsu et al.69 и ICM 2018, сообщество исследователей плечевого сустава использовало несопоставимые определения PJI, что, вероятно, привело к различным и непоследовательным выводам. Принятие единообразного определения PJI для нижней конечности позволило успешно отточить исследовательские усилия в этой области 17, что привело к появлению сотен публикаций, оценивающих профилактику, диагностику и лечение PJI на основе одних и тех же согласованных диагностических критериев.Эта задача становится еще более актуальной в отношении артропластики плеча из-за уникальной микробиологии, зачастую с низкой вирулентностью ( C. acnes ) и неоднозначности, представленной высоким процентом положительных результатов интраоперационных культур в ревизионных случаях, которые в остальном кажутся асептическими70. , не существует коммерчески доступных предоперационных или интраоперационных тестов, которые могли бы надежно обнаружить наличие инфекции в плечевых протезах.55
Исходные критерии MSIS прошли несколько итераций, так как определение консенсуса было уточнено путем тестирования и дальнейших исследований.Определение PJI плеча ничем не отличается, и мы полностью ожидаем, что по мере того, как исследователи начнут принимать это определение, критерии и веса могут измениться по мере развития наших знаний и понимания оценки и управления PJI плеча. Таким образом, наивысшим приоритетом рабочей группы плечевой секции являются исследования, направленные на тестирование и уточнение ICM для PJI: определение, категоризация и система оценки для PJI плеча. Это могло бы включать исследования, оценивающие диагностические веса, рассмотрение новых диагностических тестов для добавления в систему оценок, уточнение категории «вероятно заражение» и, в конечном итоге, достижение идеального алгоритма для заказа диагностических тестов.
Предостережения исследований
В процессе создания вопросов ГА для ICM 2018 возникло несколько очевидных исследовательских вопросов, которые были включены в голосование как «Предостережения исследований». Эти вопросы относятся к: (i) микробиомам суставов (Вопрос 18), (ii) эволюции микроорганизмов, вызывающих SSI / PJI (Вопрос 19), (iii) подходам к упрощению утверждения регулирующими органами новых противоинфекционных технологий (Вопрос 20), (iv) появляющиеся доклинические методологии (Вопрос 21) и достоверные животные модели PJI (Вопрос 22), и (v) опасения по поводу использования совместных реестров или административных баз данных для проведения исследований инфекций (Вопрос 23).Поскольку эти вопросы были проголосованы на ICM 2018, и RW соглашается, что они являются приоритетными вопросами исследования.
Модифицируемые факторы
Одно из больших обещаний стандартизированных электронных медицинских карт (EHR) — это способность проводить исследования в области искусственного интеллекта и машинного обучения, которые могут преобразовать большие данные здравоохранения в практические знания.71 Важно отметить, что этот технологический прогресс синергетичен с глобальным переходом к ортопедии поколения миллениалов. исследовательская деятельность хирургов, которая теперь в первую очередь связана с проектами по обеспечению качества и исследованиями клинических результатов, а не с мокрыми лабораторными исследованиями.Таким образом, RW считает, что для будущих ординаторов-ортопедов и коллег-исследователей существуют реальные возможности ответить на давние вопросы о передовой практике, которые окажут большое влияние на MSKI. Прекрасными примерами этого являются три постоянных вопроса, которые пациенты и клиницисты задают относительно взаимодействия между стоматологическими проблемами и PJI (вопрос 24, вопрос 25, вопрос 26), на которые можно эффективно ответить только с помощью больших данных исследований здоровья населения.
Исследования в области науки о данных также необходимы, когда огромное количество литературы не может ответить на практические вопросы.Примеры этого из ICM 2018 включают вопросы о: дефиците витамина D (вопрос 27), маркерах для оценки гликемического контроля (вопрос 28), связи между потреблением опиоидов и SSI / PJI (вопрос 29), серию вопросов о подготовке кожи (вопрос 30, Вопрос 31 и Вопрос 32), а также статус колонизации персонала операционной (Вопрос 33).
Наконец, RW определила несколько вопросов, касающихся интраоперационных факторов, которые требуют исследования для установления передовой практики.Поскольку эти исследования не всегда могут быть адаптированы к рандомизированным контролируемым испытаниям, исследование результатов с использованием больших данных — лучший путь вперед. Эти вопросы касаются: утилизации крови (вопрос 34), оптимальных решений для ирригации (вопрос 35), роли вакуумных послеоперационных повязок (вопрос 36), оптимальных хирургических повязок (вопрос 37) и оптимальной профилактики венозной тромбоэмболии (вопрос 38). .
Поскольку затраты, связанные с этим исследованием результатов больших данных, в основном являются административными, самой большой проблемой будет организация необходимых межведомственных структур и ресурсов для доступа и анализа миллионов электронных медицинских записей.Хотя программа NIH Clinical-Translational Science Award (CTSA) предназначена для облегчения такого рода межведомственных исследований во всех областях медицины, вполне вероятно, что для достижения значительного успеха необходимы узкоспециализированные сети, финансируемые частными фондами и промышленностью. Поскольку целевыми исследователями являются стажеры (ординаторы-ортопеды и стипендиаты), специализированным обществам, участвовавшим в ICM 2018, и Фонду ортопедических исследований и образования (OREF), возможно, было бы целесообразно направить финансирование исследований специально для ответа на эти вопросы о передовой практике.
ВЫВОДЫ
До ICM 2013 года не было прецедента для сотен международных лидеров мнений в SSI / PJI, чтобы завершить трудоемкий процесс Delphi, чтобы получить важные вопросы, выполнить строгую стипендию для обоснованных рекомендаций и встретиться лично для завершения голосования. Однако после ICM 2018 стало ясно, что клинические, экономические и политические проблемы MSKI настолько велики, что можно ожидать консенсусных конференций такого размера и масштаба до тех пор, пока не будут доступны экономически эффективные меры по ведению пациентов с MSKI.Более того, трансформирующие результаты ICM 2013 года, включая первое клиническое определение пороговых значений PJI и BMI, повышают ожидания относительно аналогичных высокоэффективных результатов ICM 2018, включая определение PJI плеча и заменяющие клинические рекомендации для острой и хронической инфекции, которые меньше внимания уделяется срокам. RW также считает, что ICM 2018 определила приоритеты исследований, которые должны быть признаны государственными, частными и коммерческими финансовыми организациями, которые несут фидуциарную ответственность за решение этих огромных проблем, которые угрожают жизни людей и устойчивости наших систем здравоохранения.Важнейшая поддержка этого исследования включает в себя грантовое финансирование, нововведения в процессах утверждения регулирующими органами, жизнеспособные бизнес-модели для лечебных противомикробных препаратов и межведомственные системы, которые сделают перспективные исследования здоровья населения EMR на основе больших данных.
ВКЛАД АВТОРОВ
Все авторы участвовали в сборе данных (определение вопросов исследования и голосование по их приоритету), внесли свой вклад в написание, а также прочитали и одобрили окончательную представленную рукопись.
БЛАГОДАРНОСТИ
Авторы благодарят Эмбер Блейк, Алексуса Купера и Элли Мартин за их помощь с административными задачами и подготовкой рукописи.
границ | Изменения микробиома, вызванные респираторной вирусной инфекцией, и вторичная бактериальная пневмония
Введение
Грипп и бактериальная пневмония являются ведущими причинами заболеваемости и смертности от инфекционных заболеваний во всем мире.Грипп и другие респираторные вирусные инфекции предрасполагают пациентов к вторичным бактериальным суперинфекции, которые часто связаны с более тяжелым клиническим течением. По оценкам, пандемия так называемого «испанского гриппа» вируса гриппа h2N1 с 1918 по 1919 год привела к более чем 50 миллионам смертей, многие из которых были вызваны бактериальной суперинфекцией, что привело к вторичной пневмонии (1–7). Даже в эпоху антибиотиков более половины пациентов с тяжелыми инфекциями во время пандемий h3N2 1957 г. и h4N2 1968 г. имели бактериальные осложнения (8–10).Сопутствующая бактериальная инфекция также была обнаружена примерно в 30% случаев пандемии h2N1 2009 г. с высоким уровнем смертности, несмотря на прием соответствующих антибиотиков (11–18). Таким образом, очевидно, что необходимо лучшее понимание патогенеза вторичной бактериальной пневмонии после вирусных инфекций, чтобы добиться терапевтических успехов в лечении этого разрушительного осложнения.
Механизмы поствирусной бактериальной инфекции сложны и включают многофакторные процессы, опосредованные взаимодействиями между вирусами, бактериями и иммунной системой хозяина.Патогенез суперинфекции приписывают прямому повреждению слизистой / эпителия вирусом гриппа, увеличению бактериальной колонизации верхних и нижних дыхательных путей (URT и LRT, соответственно) и нарушению регуляции иммунных ответов, что все приводит к повышенной восприимчивости к вторичные бактериальные инфекции. Однако новые данные свидетельствуют о том, что наши микробные сообщества, проживающие на поверхности наших слизистых оболочек, вероятно, формируют строгость наших иммунных ответов и формируют экологические отношения между хозяином и патогенами.За последние 10 лет большой интерес был сосредоточен на изучении того, как микробные сообщества, населяющие наши тела — которые некоторые считают отдельной «системой органов», учитывая абсолютный физический размер, количество генов и метаболическую активность, — регулируют баланс между здоровье и подверженность заболеваниям, в том числе инфекциям. Это повышает вероятность того, что нарушение нормального микробного сообщества острой вирусной инфекцией может способствовать развитию поствирусной бактериальной пневмонии.
Недавняя разработка методов микробной идентификации, не зависящих от культуры, позволила изучить микробные сообщества на поверхности слизистой оболочки человеческого тела, называемые «микробиотой». Микробные сообщества млекопитающих-хозяев разнообразны и состоят из бактерий, вирусов, архей, паразитов и грибов. Проект микробиома человека (HMP) и другие аналогичные крупномасштабные проекты по секвенированию во всем мире охарактеризовали отдельные микробные сообщества, которые адаптировались к уникальным экологическим нишам в нашем организме, таким как кишечник, кожа, дыхательные пути, мочеполовые пути и полость рта.В частности, было показано, что микробиом кишечника играет неотъемлемую роль в формировании иммунной системы, начиная с раннего возраста, с постоянным влиянием на природу и устойчивость иммунных ответов на протяжении всей жизни. В дыхательных путях также находятся отдельные сообщества микробов с множеством дискретных экологических ниш (например, носовая полость, ротоглотка, верхние дыхательные пути), которые различаются по температуре, pH, напряжению кислорода, выработке слизи и другим факторам.
Воздействие вирусных инфекций на кишечник и респираторный микробиом недавно было изучено.Неожиданно было обнаружено, что инфекция гриппа приводит к значительным изменениям в микробиоме кишечника, несмотря на отсутствие выявляемых вирионов в желудочно-кишечном тракте. Для сравнения, влияние вирусной инфекции на респираторный микробиом кажется относительно скромным, но обнаружимым. Хотя влияние этих изменений на риск вторичной бактериальной пневмонии не изучено, потенциальные механизмы, с помощью которых эти изменения могут модулировать восприимчивость к вторичным бактериальным инфекциям, включают изменения в природе и величине иммунного ответа в организме хозяина (влияние микробиома на хозяина). и облегчение роста патогенов в отсутствие нормальных комменсалов (межмикробные эффекты).В этой статье мы рассмотрим текущее понимание того, как изменения в микробиоме после вирусной инфекции могут изменить иммунные ответы хозяина и повысить восприимчивость к вторичным бактериальным инфекциям. Хотя термин «микробиом» охватывает все микробные сообщества, в настоящее время мало исследований о том, как микобиом (микробиом грибов) и виром (вирусный микробиом) влияют на защиту хозяина от респираторных инфекций и наоборот; Таким образом, этот обзор будет сосредоточен на литературе по бактериальному микробиому.
Микробиом кишечника и респираторные инфекции
Из ниш в организме наиболее интенсивно изучено кишечное микробное сообщество, на сегодняшний день было опубликовано более 20 000 публикаций. В то время как виром и микобиом (грибы) также анализируются, большая часть литературы сосредоточена на бактериальном компоненте микробиома, и, таким образом, большая часть нашего понимания связи микробиома кишечника с иммунитетом хозяина и патогенезом хронических заболеваний приходит в основном из исследований бактериального сообщества.В период здоровья бактериальное сообщество кишечника человека разнообразно: каждый человек является носителем более 100 триллионов бактерий, состоящих из более чем 150 различных видов. В микробиоте желудочно-кишечного тракта преобладают Firmicutes (например, Lactobacillus, Bacillus и Clostridium ) и Bacteroidetes (например, Bacteroides ) с более низким содержанием Proteobacteria (например, Escherichia ) и Actino98bacterium (например, Escherichia ) и Actino98bacterium ) (19, 20). Мыши, живущие в дикой природе, обладают более разнообразным микробиомом со значительным обилием Proteobacteria, а также Firmicutes и Bacteroidetes (21).Микробиом кишечника, помимо своих метаболических функций в организме хозяина, играет важную роль в развитии, обучении и запуске иммунной системы. У мышей без зародышей (GF) (у которых отсутствует микробиота) заметно недоразвитые лимфоидные ткани, ассоциированные с кишечником, уменьшенное количество и меньшие размеры пейеровских бляшек и брыжеечных лимфатических узлов, а также дефекты продукции антител по сравнению с мышами, свободными от специфических патогенов (SPF). Неудивительно, что стерильные животные проявляют повышенную восприимчивость ко многим типам инфекций, включая вирусы, бактерии и паразиты (22, –27).Однако по сравнению со свободноживущими мышами или лабораторными животными, подвергшимися воздействию кишечной флоры диких мышей, животные с SPF имеют более ограниченное микробное сообщество, а также более восприимчивы к воспалительным заболеваниям с пониженным иммунным репертуаром, включая дефицит в ответах памяти (21, 28). , 29).
Хотя подробное обсуждение здорового микробиома кишечника и его влияния на иммунитет хозяина выходит за рамки этого обзора, мы выделим несколько важных аспектов того, как микробиом кишечного бактериального сообщества поддерживает здоровую иммунную среду хозяина.Во-первых, бактериальные метаболиты, вырабатываемые кишечными комменсалами, способствуют поддержанию целостности эпителия, развитию регуляторных Т-клеток и относительно противовоспалительному иммунному состоянию. В частности, короткоцепочечные жирные кислоты (SCFA), такие как ацетат, пропионат и бутират, являются продуктами ферментации пищевых волокон и углеводов толстыми кишечными бактериями (30). Помимо того, что они являются основным источником энергии для эпителиальных клеток кишечника, SCFAs способствуют развитию наивных Т-лимфоцитов CD4 + в регуляторные Т-клетки (31, 32), индуцируют «толерогенные» дендритные клетки в слизистой оболочке кишечника (33) и ограничить аутоиммичность (34, 35).В то же время микробные метаболиты являются неотъемлемой частью стимулирования иммунных ответов в кишечнике против патогенов, включая индукцию секреции IL-18 (36) и дефенсинов (37, 38). Таким образом, продукты метаболизма микробиома являются неотъемлемой частью соответствующей регуляции целостности слизистого барьера и иммунного гомеостаза. Кроме того, было показано, что определенные члены бактериального сообщества способствуют правильному созреванию и развитию иммунной системы. Хотя эта область все еще находится в стадии интенсивных исследований, одним из ярких примеров является открытие, что сегментированные нитчатые бактерии являются критическими промоторами выработки IgA слизистой оболочки кишечника (39, 40) и индукции клеток Th27 (41, 42).
Дисбактериоз или дисбаланс в нормальном составе микробиома связан с множеством хронических заболеваний, многие из которых характеризуются хроническим воспалением или аномальным метаболизмом, включая воспалительные заболевания кишечника, сердечно-сосудистые заболевания и диабет. Таким образом, поддержание соответствующего уровня разнообразия и состава кишечного микробного сообщества имеет решающее значение для укрепления здоровья и иммунного гомеостаза. Во время здоровья состав микробиома регулируется рядом селективных давлений, уникальных для каждой анатомической ниши, включая температуру, доступность питательных веществ, pH, напряжение кислорода и местную иммунную среду.Кратковременные нарушения в микросреде кишечника, вызванные болезнью, использованием антибиотиков или диетическими изменениями (например, голоданием), могут изменить микробиом кишечника и впоследствии привести к временным изменениям иммунных ответов. Таким образом, исследование того, изменяют ли грипп и другие респираторные вирусы микробиом желудочно-кишечного тракта, может иметь механистические последствия для опосредованного вирусами подавления антибактериальных иммунных ответов.
Влияние острой респираторной вирусной инфекции на микробиом кишечника
Хотя на состав микробиома желудочно-кишечного тракта в значительной степени влияет режим питания, респираторные вирусные инфекции также могут вносить свой вклад, наряду с другими индукторами стресса, такими как воздействие антибиотиков широкого спектра действия и хроническое воспаление.Используя животные модели легочных инфекций, вызываемых гриппом и респираторно-синцитиальным вирусом (РСВ), несколько групп показали, что микробиом кишечника явно подвержен влиянию респираторных вирусных инфекций, несмотря на отсутствие обнаруживаемого респираторного вируса в кишечнике (43–47). На мышиной модели инфекции гриппа исследователи обнаружили, что, хотя общее количество бактерий в кишечнике не уменьшилось, наблюдалось снижение количества сегментированных нитчатых бактерий (SFB) и Lactobacillus / Lactococcus , что сопровождалось увеличением количества бактерий. Энтеробактерии .Интересно, что хотя ранее было показано, что SFB индуцирует клетки Th27 (41, 48), у инфицированных гриппом мышей были повышены уровни IL-17A и количество клеток Th27 в тонком и толстом кишечнике, что, по-видимому, способствовало повреждению кишечника (43). . В этом исследовании лечение антибиотиками до заражения гриппом уменьшало степень повреждения кишечника, но не повреждения легких, что позволяет предположить, что дисбактериоз кишечника способствует локальному, но не системному воспалению. Другие группы аналогичным образом сообщили об увеличении протеобактерий (типом которого являются Enterobacteriaceae ) (44, 45), уменьшении количества Firmicutes (включая SFB, Lactobacillus и Lactococcus видов) и увеличении количества бактерий Bacteroidetes (47) после заражения вирусом. гриппа или RSV, но не после введения живой аттенуированной вакцины против гриппа (LAIV), что указывает на то, что для этих изменений требуется живая вирусная инфекция (47).Увеличение протеобактерий, по-видимому, опосредовано интерферонами I типа (ИФН) (18), которые не только истощают анаэробные бактерии, но и повышают восприимчивость к вторичному колиту Salmonella . Однако ограничение калорийности также приводит к увеличению относительного количества Proteobacteria и увеличению соотношения Bacteroidetes к Firmicutes, что повышает вероятность того, что снижение перорального приема во время гриппа может способствовать изменениям в микробиоме (45, 47, 49, 50). Также было показано, что инфекция гриппа изменяет состав кишечной микробиоты за счет IFN типа II, продуцируемого Т-клетками легкого, рекрутируемыми в кишечник (43).Таким образом, изменения микробиома кишечника, по-видимому, являются результатом не прямых вирусных эффектов, а системных воспалительных сигналов, которые проходят из легких и вызывают местные воспалительные реакции в кишечнике (рис. 1).
Рисунок 1 . Изменения в микробиоме кишечника мышей в условиях гриппа. Во время острой респираторной вирусной инфекции могут наблюдаться изменения в бактериальном составе микробиома кишечника, несмотря на отсутствие обнаруживаемого вируса в желудочно-кишечном отделе.Это говорит о том, что системные иммунные сигналы, физиологические изменения (например, потеря веса) и другие до сих пор неизвестные факторы нарушают нормальную экологию кишечника, тем самым приводя к дисбактериозу. Однако большинство этих исследований было проведено на лабораторных животных, содержащихся в условиях SPF. Остается определить, демонстрируют ли пациенты-люди и млекопитающие-хозяева с более разнообразной исходной микробиотой кишечника (то есть мыши в дикой природе) аналогичные качественные или количественные изменения.
Влияние микробиома кишечника на иммунные ответы хозяина
Взаимодействие между инфекциями дыхательных путей и микробиомом кишечника является двунаправленным.В то время как респираторные вирусные инфекции могут изменять микробиом кишечника, микробиом кишечника также формирует адаптивные иммунные ответы против респираторных патогенов. Мыши, предварительно обработанные коктейлем антибиотиков, показали повышенную заболеваемость и смертность во время гриппа (51, 52). Тяжесть инфекции была связана со снижением скорости миграции дендритных клеток и количества местных Т-клеток. Мыши, получившие 4-недельный пероральный курс антибиотиков широкого спектра действия до того, как респираторная вирусная инфекция вызвала ослабленный ответ антител против PR8, были неспособны индуцировать опосредованный Т-клетками CD4 + ответ IFN-γ на антиген PR8 и имели меньшее количество вирусов гриппа. специфические CD8 + Т-клетки (51, 52).У этих мышей также были более высокие титры вируса в легких (51). Свободные от зародышей мыши и мыши, леченные антибиотиками, также демонстрируют нарушенный ответ антител на вакцинацию против сезонного гриппа, который восстанавливается пероральным введением флагеллированной E. coli E.coli , демонстрируя зависимость от TLR5-опосредованного восприятия микробиоты хозяина (53).
Микробиом кишечника также важен для запуска врожденного иммунного ответа против легочных инфекций. Во время вирусных инфекций степень реакции макрофагов на респираторные вирусы зависит от присутствия кишечных микробов.Макрофаги животных, получавших антибиотики, демонстрировали дефектные ответы на IFN типа I и II и снижали способность ограничивать репликацию вирусов, что позволяет предположить, что кишечная микробиота обеспечивает иммунную стимуляцию, которая устанавливает «порог активации» для врожденных противовирусных иммунных ответов (52). Сравнение мышей C57BL / 6 из лаборатории Джексона (у которых отсутствует SFB в стуле) и Taconic Biosciences (которые являются SFB-положительными) показало, что животные с дефицитом SFB имеют повышенную бактериальную нагрузку в легких и более тяжелую пневмонию при заражении устойчивым к метициллину Staphylococcus aureus (MRSA) (54), что было связано со снижением опосредованных IL-17 ответов в легких.Другое исследование, в котором использовалось лечение антибиотиками широкого спектра действия с последующим интраназальным введением S. pneumoniae мышам, продемонстрировало, что истощение микробиома приводит к снижению выживаемости, увеличению бактериальной нагрузки в легких и увеличению системного распространения бактерий (55). Животные, предварительно обработанные антибиотиками, демонстрировали измененные профили цитокинов в легких по сравнению с необработанными контрольными животными после заражения S. pneumoniae , включая значительно сниженные уровни TNF-α через 6 и 24 часа после заражения.Кроме того, в группе истощенных микробиотой альвеолярные макрофаги и нейтрофилы крови проявляли сниженную фагоцитарную активность и сниженную продукцию воспалительных цитокинов после ex vivo стимуляции лигандами Toll-подобного рецептора (TLR), такими как липотейхоевая кислота (LTA) (55). Эти эффекты могут быть частично опосредованы снижением чувствительности Nod1 к мезо-DAP (диаминопимелиновой кислоте) -содержащему пептидогликану, обнаруженному в микробиоте кишечника, что, как ранее было показано, важно для прайминга врожденных иммунных ответов на S.pneumoniae (56). Таким образом, вызванные антибиотиками нарушения нормального микробного сообщества кишечника изменяют множество аспектов нормальной защиты хозяина от острых респираторных патогенов (рис. 2).
Рисунок 2 . Влияние предварительной обработки антибиотиками на иммунный ответ на грипп, Streptococcus pneumoniae, и липотейхоевую кислоту (LTA). Влияние микробиома кишечника на иммунные ответы на респираторные патогены исследовали путем введения пероральных антибиотиков для изменения флоры кишечника с последующей острой инфекцией и анализа иммунных ответов хозяина по сравнению с животными, не получавшими предварительно антибиотики.Множественные аспекты врожденного и адаптивного иммунного ответа изменяются у животных, леченных антибиотиками, включая снижение продукции антител, снижение фагоцитарной активности и снижение продукции воспалительных цитокинов клетками врожденного иммунитета (например, альвеолярными и перитонеальными макрофагами) после ex vivo стимуляции лигандами TLR .
Кишечный микробиом: терапевтические возможности при острых респираторных инфекциях
В совокупности вышеперечисленные исследования предполагают, что модуляция микробиома желудочно-кишечного тракта играет важную роль в острых респираторных инфекциях, но неясно, как именно управлять микробиомом, чтобы стимулировать соответствующие иммунные реакции во время острых респираторных инфекций.В настоящее время клинические исследования показали, что, хотя пробиотики не влияют на частоту инфекций дыхательных путей, они снижают тяжесть симптомов и продолжительность заболевания (57, 58). Выявление того, какие члены кишечного микробного сообщества необходимы для правильного иммунного прайминга, является сложной задачей, но необходимо для направления дальнейших терапий на основе микробиома. Clostridium orbiscindens , член кишечного микробиома человека, вырабатывает дезаминотирозин (DAT) в результате метаболизма флавоноидов и аминокислот.У мышей, получавших антибиотики, наблюдалось заметное снижение уровней DAT в кале и сыворотке, что было связано с ослабленным ответом IFN типа I на инфекцию гриппа и повышенной смертностью (59). Таким образом, идентификация микробиоты, продуцирующей DAT, может служить средством примирования ответов IFN типа I против вирусных инфекций. Другая группа продемонстрировала, что пероральное введение Lactobacillus plantarum усиливает ответ IFN типа I и снижает титры вируса в легких на мышиной модели инфекции гриппа (60).Известно, что другие штаммы Lactobacillus усиливают продукцию TNF-α и IFN-γ назальными лимфоцитами при инфицировании гриппом (61). Пероральный прием пробиотического коктейля, содержащего Lactobacillus , восстановил иммунный ответ и усилил активацию сигнальных путей, связанных с распознаванием вируса с одноцепочечной РНК (62). Альтернативный подход к введению пробиотиков — изменить местную метаболическую среду для регулирования иммунных ответов. Недавний отчет продемонстрировал, что у животных, получавших диету с высоким содержанием клетчатки, увеличивалось образование SCFAs, что приводило к усилению противовирусных Т-клеточных иммунных ответов CD8 + и ослаблению опосредованного нейтрофилами поражения легких во время гриппа, что приводило к повышению выживаемости (63).Таким образом, одна из стратегий снижения частоты поствирусных бактериальных инфекций — это ограничение тяжести первичной вирусной инфекции.
Однако активация противовирусных иммунных ответов, включая IFN типа I и типа II, была связана с повышенной восприимчивостью к вторичной бактериальной пневмонии (64, 65). Таким образом, другой стратегией является усиление иммунного ответа против обычных бактериальных причин пневмонии. Одна группа повторно колонизировала мышей, обработанных антибиотиками или свободных от микробов, группами культивируемых комменсальных бактерий и обнаружила, что введение Lactobacillus reuteri, Enterococcus faecalis, Lactobacillus crispatus и Clostridium orbiscindens , которые являются сильными стимуляторами NOD2 (i .например, цитозольный рецептор мурамилдипептида, который находится в клеточных стенках некоторых бактерий), способен защищать от бактериальной пневмонии за счет увеличения продукции GM-CSF (66). Связаны ли вызванные вирусом изменения в микробиоме кишечника с иммунными дефектами, которые способствуют вторичной бактериальной пневмонии, или же можно восстановить нарушенную антибактериальную защиту, наблюдаемую у инфицированных вирусом хозяев, путем увеличения определенных компонентов микробиома, — это важные области, требующие исследования.
Микробиом дыхательных путей
Микробиом дыхательных путей также был исследован в контексте вирусных инфекций.Его роль в развитии вторичной бактериальной пневмонии после гриппа и других ОРВИ неясна. Дыхательные пути — основное место постоянного контакта с экзогенными микробами. Как и в случае с кишечником, иммунитет на границе слизистой оболочки дыхательных путей представляет собой постоянный баланс толерантности к комменсальным и неинвазивным микробам и активации иммунной системы против патогенов. URT и LRT имеют схожий состав микробного сообщества, хотя плотность микробов намного выше у здоровых хозяев.Известно, что на состав микробиома дыхательных путей влияют несколько факторов, включая анамнез инфекции, возраст, генетику и структурное заболевание легких.
URT — это взаимосвязанная система, состоящая из передних ноздрей, носовой полости, носоглотки, пазух, евстахиевой трубы, полости среднего уха, ротовой полости, ротоглотки и гортани, каждая из которых служит отдельными нишами со своими собственными микробными сообществами. У здоровых взрослых бактерии, присутствующие в полости носа, обычно связаны с кожей, в основном это представители актинобактерий (например, актинобактерии).g., Corynebacterium spp., Propionibacterium spp.), за которыми следуют Firmicutes (например, Staphylococcus spp.) и Proteobacteria (67–69). Ротоглотка содержит представителей Firmicutes, Proteobacteria и Bacteroidetes, включая Streptococcus, Neisseria, Haemophilus и Lachnospira spp. (68, 70, 71). Клоны кожи и полости рта представлены в носоглотке — например, Streptococcus, Staphylococcus, Corynebacterium и Prevotella (70, 72, 73).Ограниченное количество патогенов, включая Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitides и Haemophilus influenzae , являются комменсальными бактериями URT.
У здоровых людей богатство микробного сообщества (то есть общее количество бактериальных таксонов) ниже в LRT, чем в URT (70, 74–76). Вопреки догме о том, что нормальные здоровые легкие представляют собой стерильную среду, отдельный и несколько динамичный микробиом легких может быть идентифицирован с помощью технологии секвенирования, при этом микроаспирация служит основным путем иммиграции микробов из URT в LRT (76, 77).Основными типами здоровых легких являются Bacteroidetes и Firmicutes, к которым в основном относятся Prevotella, Veillonella и Streptococcus (78–80). У лиц с хроническими заболеваниями дыхательных путей (например, муковисцидозом, ХОБЛ) увеличиваются популяции бактерий в легких (77) и различия в относительной численности определенных видов (81). Нарушение очистки дыхательных путей из-за внутренних или внешних факторов приводит к размножению видов бактерий, которые могут использовать эту возможность роста (82).В настоящее время изучается, как респираторная вирусная инфекция влияет на разнообразие микробных сообществ и влияет ли вирусный дисбиоз на иммунные функции. Тем не менее, бактериальная колонизация URT обычно рассматривается как первый шаг в развитии инвазивных бактериальных инфекций (83, 84), включая вторичные бактериальные инфекции после респираторно-вирусной инфекции. Обилие бактерий, видовое разнообразие и факторы, формирующие иммунный ответ на последующие инфекции, более подробно обсуждаются ниже.
Исследования микробиома ВДП во время респираторной вирусной инфекции
Респираторные вирусы попадают в организм человека через ВДП и являются наиболее распространенным типом острых инфекций дыхательных путей. Одним из возможных механизмов, с помощью которого грипп и другие вирусные инфекции могут предрасполагать инфицированных хозяев к вторичной бактериальной пневмонии, является изменение микробного состава верхних дыхательных путей, стимулирование усиленного роста патогенов и облегчение последующего попадания больших бактериальных масс в LRT (85 ).В этом разделе мы рассмотрим недавнюю литературу о том, как острые респираторные вирусные инфекции изменили микробиом ВДП.
Поперечные исследования
Учитывая влияние вирусов на усиление прикрепления бактерий к эпителию (86–88), возможно, неудивительно, что многочисленные исследования на людях, а также на животных моделях показали, что вирусные инфекции связаны с повышенной колонизацией потенциально патогенными бактериями. (известные как «патобионты»). Сравнительный анализ с использованием количественной ПЦР для выявления специфических бактерий у взрослых пациентов с гриппом А или без него показал, что Staphylococcus aureus, S.pneumoniae и H. influenzae присутствовали у 12, 24 и 32% инфицированных пациентов, соответственно, по сравнению с 5, 11 и 10% неинфицированных пациентов (89). В экспериментальных моделях in vitro вирусные инфекции увеличивают скорость колонизации различных бактерий в URT (90–95), включая S. pneumoniae и H. influenzae (86–88). У детей грипп связан с 15-кратным увеличением титра носоглотки S. pneumoniae (96).Модели на животных аналогичным образом подтвердили, что вирусная инфекция, особенно грипп, увеличивает скорость бактериальной колонизации в URT, повышая риск вторичных бактериальных инфекций (97–99). Более высокая плотность колонизации пневмококков была связана с коинфекцией респираторного вируса и инвазивной пневмококковой пневмонией с поправкой на возраст и пол (85). Другое исследование случай-контроль, сравнивающее носоглоточные бактерии с пневмонией и без нее, также обнаружило связь между назофарингеальной нагрузкой в S.pneumoniae , но не H. influenza и M. catarrhalis , а также сочетанная вирусная инфекция и пневмония (96). Кроме того, вирусные инфекции потенциально могут усилить передачу бактерий. В исследовании мышей, колонизированных S. pneumoniae , а затем инфицированных вирусом гриппа A через 3 дня, передача S. pneumoniae произошла только тогда, когда все мыши были инфицированы гриппом и были заблокированы нейтрализующим грипп антителом (95). . Однако, хотя определенные бактерии могут получить конкурентное преимущество во время вирусных инфекций, это не всегда распространяется на все бактериальные таксоны.Недавнее исследование субъектов с респираторными вирусными инфекциями и без них продемонстрировало более низкие общие показатели считывания бактерий из носоглоточных образцов у инфицированных вирусом субъектов по сравнению с неинфицированным контролем (100).
Связь между острыми вирусными инфекциями и бактериальной колонизацией является двунаправленной. Бактериальное носительство или их лиганды могут увеличивать или уменьшать степень вирусной инфекционности, тем самым положительно или отрицательно влияя на последующий иммунный ответ хозяина на вирусную инфекцию.Репликация вируса в дыхательных путях может быть усилена воздействием S. pneumoniae (101). Пациенты с S. pneumoniae с большей вероятностью испытают последующие эпизоды острых респираторных заболеваний, чем пациенты без колонизации (102). Кроме того, бактерии, присутствующие в дыхательных путях, могут модулировать реакцию хозяина на вирусную инфекцию. Наличие носоглоточного комменсала защищало мышей от индуцированной RSV гиперреактивности дыхательных путей. RSV-инфицированные мыши, подвергшиеся опосредованному антибиотиками истощению Streptococcus viridans в носоглотке, продемонстрировали увеличение количества воспалительных лимфоцитов и гиперреактивность дыхательных путей, а также снижение количества регуляторных Т-клеток и продукцию трансформирующего фактора роста β (103).Другие показали, что колонизация URT S. aureus резко снизила вызванное гриппом острое повреждение легких и смертность у мышей за счет привлечения кластера дифференцировки (CD) CC-хемокинового рецептора 2 типа + (CD) 11b + подмножества моноцитов для легкие и индуцируя фенотип макрофагов M2 (104).
С доступностью секвенирования 16S рРНК следующего поколения, исследования на основе микробиома попытались выявить глобальные закономерности изменений в бактериальном сообществе каждой анатомической ниши во время вирусных инфекций, такие как изменения в разнообразии.Разнообразие можно оценить с помощью множества индексов, таких как общее количество уникальных видов микробиома (т. Е. Богатство) или других показателей, которые учитывают как богатство, так и равномерность относительной численности членов сообщества (например, индекс Шеннона). ). Результаты анализа микробиома не продемонстрировали устойчивых изменений в разнообразии при сравнении инфицированных вирусом субъектов со здоровыми людьми из контрольной группы. Это неудивительно, учитывая вариабельность отобранных субъектов, различия в типе и тяжести вирусных инфекций, тип и время сбора образцов, а также методологию анализа.В некоторых исследованиях выяснилось, что увеличение бактериального разнообразия связано с тяжестью гриппа. Французское исследование детей, госпитализированных с гриппом в больницу, выявило повышенное разнообразие носоглоточной микрофлоры с увеличением степени тяжести гриппа (105). Дети с тяжелым гриппом показали снижение относительной численности S. aureus и повышение численности Prevotella, Streptobacillus, Porphyromonas, Granulicatella, Veillonella, Fusobacterium и Haemophilus .Недавнее китайское исследование с участием пациентов с птичьим гриппом H7N9 продемонстрировало значительно увеличенное разнообразие микробиома ротоглотки у пациентов, инфицированных H7N9, по сравнению со здоровым контролем, особенно у пациентов с H7N9 с вторичной бактериальной пневмонией (106). Напротив, французское исследование образцов из носоглотки и южнокорейское исследование образцов ротоглотки от пациентов с острыми респираторными вирусными инфекциями продемонстрировали снижение показателей разнообразия во время вирусных инфекций по сравнению со здоровым контролем (71, 100).Оба исследования включали субъектов от младенцев до взрослых старше 80 лет, что ограничивает выводы о возрастных эффектах. Лонгитюдные исследования, проведенные на здоровых добровольцах, которые подверглись экспериментальной инокуляции риновирусом, также не продемонстрировали значительных изменений в разнообразии микробиома URT, в то время как введение вакцины LAIV здоровым взрослым привело к увеличению показателей разнообразия после заражения вирусом (73, 107). Таким образом, в отличие от других заболеваний, при которых снижение разнообразия считается вредным для хозяина, влияние вирусных инфекций на разнообразие per se варьирует и в настоящее время не считается хорошим индикатором риска осложнений, включая вторичные бактериальные пневмонии.
Исследования секвенирования микробиома также позволяют исследователям выявлять изменения в численности одновременно нескольких таксонов бактерий, помимо того, что можно культивировать по отдельности. Это позволяет исследователям определить, какие группы бактерий изменяются в унисон во время вирусной инфекции, а какие существуют в конкуренции друг с другом. Эта информация может иметь значение для разработки пробиотической терапии (как обсуждается ниже). Недавнее исследование во Франции, основанное на метагеномике, показало обогащение S.aureus, S. pneumoniae, H. influenzae, Moraxella catarrhalis и Klebsiella pneumoniae в образцах носоглотки субъектов с подтвержденными респираторными вирусными инфекциями по сравнению со здоровыми людьми из контрольной группы (100). Изучение микробиома ротоглотки пациентов с пневмонией с пандемической вирусной инфекцией гриппа A h2N1 2009 года и без него показало, что Firmicutes (включая Staphylococcus и Streptococcus spp.) И Proteobacteria (в основном Pseudomonas amygdali, P.fluorescens, Pseudomonas sp. UK4, Acinetobacter baumanii и A. junii ) — были значительно обогащены у больных гриппом (108). Другое исследование пациентов с пандемической инфекцией гриппа h2N1 2009 года показало, что преобладающими типами верхних дыхательных путей (носовые и носоглоточные образцы) у пациентов с пандемическим h2N1 были Actinobacteria, Firmicutes и Proteobacteria, хотя нормальный контроль не был включен; однако авторы предположили, что грипп связан с размножением протеобактерий (109), которых, как правило, меньше у здоровых хозяев.Эти данные подтверждаются другой группой, которая обнаружила, что Moraxella и Enterobacter spp. (которые классифицируются как Proteobacteria) были наиболее широко представленными бактериями в образцах носоглотки, полученных от пациентов с пандемическим гриппом h2N1 (110). Однако эти исследования продемонстрировали значительную вариабельность между предметами, подчеркнув необходимость проведения продольных исследований для расшифровки изменений, произошедших после вирусной инфекции.
Исследователи также стремились определить, постоянно ли связаны определенные вирусы с обогащением определенных бактериальных таксонов.В носоглотке у детей аборигенов и неаборигенов в Австралии были обнаружены положительные ассоциации между hRV и носительством S. pneumoniae , H. influenza и Moraxella catarrhalis , а также между аденовирусом и M. catarrhalis (111 ). Другое исследование, изучающее наличие 20 респираторных вирусов с помощью панели ПЦР и распространенность бактериального носительства в носоглотке у детей, обнаружило сильную положительную связь между S.aureus и вирус гриппа (112). Более того, колонизация S. pneumoniae была положительно связана с присутствием hRV и энтеровирусов; H. influenzae был положительно связан с hRV и RSV; и M. catarrhalis Колонизация была положительно связана с коронавирусами и аденовирусами. Исследование на основе секвенирования 16s рРНК, проведенное у младенцев с острыми респираторными инфекциями RSV или hRV, показало, что у младенцев с RSV было значительно более высокое содержание Staphylococcus spp.по сравнению с младенцами, инфицированными вирусом иммунодефицита человека (113). Анализ бактериального содержимого URT 57 здоровых бессимптомных людей и 59 пациентов с вирусом гриппа, парагриппа, hRV, RSV, коронавирусом, аденовирусом или метапневмовирусом с помощью пиросеквенирования, не зависящего от культуры, выявил шесть различных бактериальных профилей, т. Е. Streptococcus + Prevotella + Veillonella, Streptococcus + Haemophilus + Neisseria, Streptococcus, Moraxella, Haemophilus и Klebsiella .Эти профили, однако, не были связаны с типом вируса, а были связаны с возрастом субъектов (71).
Учитывая, что многие исследования на людях носят поперечный характер, остается неясным, могут ли поствирусные бактериальные пневмонии быть результатом вирусных инфекций, усиливающих колонизацию или приобретение бактерий, колонизирующими бактериями, влияющими на восприимчивость хозяина к респираторным вирусным инфекциям, или сочетанием того и другого. . Еще одним осложняющим фактором, особенно в перекрестных исследованиях микробиома во время вирусных инфекций, является то, что группы плохо контролируются, а количество выборок относительно невелико, учитывая количество переменных, которые могут повлиять на микробиом дыхательных путей, таких как возраст, пол, гигиена полости рта и привычки ковыряться в носу, статус занятости по медицинским показаниям, статус курения, употребление лекарств, контакт с маленькими детьми и т. д.Другими смешивающими факторами являются основной тип вирусной инфекции, время отбора проб после начала инфекции, тяжесть инфекции и сопутствующее применение противомикробных препаратов. Это может лежать в основе очень изменчивых и иногда противоречивых наблюдений в исследованиях микробиома у пациентов с вирусными инфекциями.
Продольные исследования
Было проведено несколько клинических исследований, сравнивающих исходные микробиомы до и после инфицирования у здоровых людей с острыми вирусными инфекциями из-за сложности отбора проб до заражения.Тем не менее, относительно немного доступных исследований дает представление о динамике и стабильности моделей колонизации бактерий с течением времени, а также о том, изменяют ли эти модели и каким образом нарушения, вызванные острыми вирусными инфекциями. У здоровых детей основными типами носоглоточной микробиоты являются Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria и Fusobacteria, с Moraxella, Haemophilus, Streptococcus, Flavobacteria, Dolosigranulum, Corynebacterium generansis и generaza.Изменения в разнообразии микробиома носоглотки наблюдались в разные сезоны, с преобладанием Proteobacteria и Fusobacteria осенью-зимой и Bacteroidetes и Firmicutes весной; эти различия не зависели от недавних антибиотиков и вирусной коинфекции (114). Однако другой анализ двух промываний носоглотки, собранных через 5,5–6,5 месяцев у 40 детей и подростков с астмой, не показал значительных различий в разнообразии носоглоточного микробиома по сезонам, хотя средняя относительная численность Haemophilus, Moraxella, Staphylococcus и Corynebacterium различалась. значительно между летними и осенними выборками и между возрастными группами.Более того, у 87,5% пациентов операционные таксономические единицы (OTU) у пациентов значительно различались между временными точками (115). Исследование частоты и сезонных колебаний бактериальной и вирусной нагрузки у бессимптомных медицинских работников в зимние и летние месяцы показало, что из 100 испытуемых, обследованных в течение зимы, 34 были колонизированы как минимум одним видом бактерий, а 11 дали положительный результат как минимум на один вирус. Наиболее часто обнаруживаемыми патогенами были метициллинрезистентные Staphylococcus aureus (MRSA), M.catarrhalis и коронавирус. Напротив, из 100 испытуемых, прошедших тестирование в течение лета, у 37 была по крайней мере одна бактерия (в основном MRSA и K. pneumoniae ), а у четырех был положительный результат на один вирус (116).
Несколько крупномасштабных надзорных исследований, в основном педиатрических, изучали естественные временные закономерности бактериальной колонизации во время вирусных инфекций. Одно клиническое исследование оценило наличие и плотность S. pneumoniae, H. influenzae и M.catarrhalis в носоглотке у детей во время инфекции URT и в здоровом состоянии, и сообщил, что доля детей, колонизированных этими бактериями, была выше во время инфекции, чем во время бессимптомных контрольных визитов. Средняя плотность всех видов бактерий была значительно выше при каждом посещении, когда был обнаружен вирус. Интересно, что процент колонизированных детей и плотность бактерий также были выше при бессимптомных посещениях, при которых был обнаружен вирус, чем при тех, при которых вирус не был обнаружен (117).Другое исследование 31 семьи с маленькими детьми с использованием продольного взятия мазков из носа показало, что риновирусная инфекция была связана с увеличением заражения S. pneumoniae в общине, а также с увеличением передачи S. pneumoniae внутри семьи (118).
Другие группы исследовали эффекты экспериментальной инокуляции hRV в URT (ноздри) (рис. 3). В этих исследованиях не сообщалось о значительных изменениях общего числа считываний или основных типов (например,g., Actinobacteria, Firmicutes и Proteobacteria) с течением времени в образцах из носоглотки (73) или мазках из зева (119). В ротоглоточном компартменте риновирусная инфекция была связана с сильной тенденцией к временному увеличению относительной численности H. parainfluenzae, Neisseria subflava и слабой тенденцией к увеличению S. aureus (119). К 60 дню численность этих бактерий вернулась к исходному уровню. Взятие пробы из носоглотки показало совершенно противоположные результаты с уменьшением относительной численности Haemophilus и Neisseria spp., но увеличение нормального носового комменсала, Propionibacterium , у субъектов, перенесших инфекцию hRV (73). Никаких различий в Staphylococcus не наблюдалось. Однако количество субъектов в обоих исследованиях было небольшим, что ограничивало возможность обнаружения изменений с течением времени.
Рисунок 3 . Изменения микробиома верхних дыхательных путей человека после заражения вирусом. Учитывая, что бактериальная пневмония часто возникает в результате аспирации бактериальных патогенов, потенциальный механизм, с помощью которого вирусные инфекции могут увеличивать риск вторичных бактериальных инфекций, заключается в усилении колонизации верхних дыхательных путей бактериальными патогенами.Было показано, что у людей живая аттенуированная вакцина против гриппа (LAIV) и риновирус человека (hRV) разрушают местное бактериальное сообщество-хозяин с увеличением относительной численности потенциальных патогенов (или патобионтов), таких как виды стафилококков и Neisseria. Здесь выделены основные изменения в микробиоме верхних дыхательных путей.
Было показано, что состав микробиоты носоглотки изменяется при вакцинации против гриппа (рис. 3). Введение живой аттенуированной противогриппозной вакцины (LAIV), которая вводится через нос, здоровым детям увеличивало плотность носовой колонизации на S.pneumoniae у субъектов, у которых была эта бактерия во время вакцинации, и временно увеличивало скорость колонизации H. influenza (120). У здоровых взрослых добровольцев было продемонстрировано, что интраназальное введение LAIV вызывало увеличение разнообразия носоглоточного микробиома, а также относительное количество Staphylococcus и Bacteroides (107). Эти изменения не наблюдались у субъектов, получавших назальный спрей с физиологическим раствором. В модели на мышах плотность бактерий в носоглотке после введения LAIV была увеличена в 100000 раз по сравнению с не инфицированными гриппом хозяевами, а продолжительность носительства составила S.pneumoniae или S. aureus также увеличилась в 2–5 раз (121). Однако системная вакцинация также может изменить микробиом ВДП. Продольное исследование здоровых субъектов обнаружило значительную связь между присутствием Lactobacillus helveticus, Prevotella melaninogenica, Streptococcus infantis, Veillonella dispar и Bacteroides ovatus и гриппозависимым ответом антител IgA к h2 и h4 (122). Таким образом, примечательно, что относительно мягкий вирусный стимул, такой как вакцина против гриппа, может привести к обнаруживаемым изменениям в микробиоме URT.
Хотя данные все еще являются предварительными, исследования на животных показали, что активация противовирусного иммунитета способствует изменениям в микробиоме URT и облегчает колонизацию потенциальными патогенами, такими как S. aureus . В модели мышей с носовой колонизацией S. aureus отсутствие рецептора IFN типа I было связано со снижением устойчивости бактерий (107). IFN типа III, который также индуцируется при инфекциях гриппа, привел к изменениям в микробиоме носа, включая увеличение числа культивируемых бактерий.Повышенная устойчивость S. aureus в верхних дыхательных путях, а также повышенный риск S. aureus пневмонии наблюдались у инфицированных гриппом мышей дикого типа по сравнению с мышами, лишенными рецептора IFN типа III (123). Однако в настоящее время неясно, в какой степени вызванные вирусами изменения микробиома URT изменяют последующие иммунные ответы против вторичных бактериальных инфекций.
Исследования микробиома LRT во время респираторной вирусной инфекции
По сравнению с исследованиями микробиома URT, исследования микробиома LRT после вирусных инфекций относительно немногочисленны из-за сложности получения незагрязненных образцов из легких.Удобные пробы, такие как мокрота, страдают от загрязнения полости рта, но бронхоскопические пробы инвазивны, и их получение на регулярной основе дорого. Более того, неясно, является ли микробное бремя легких за пределами пациентов с хроническим заболеванием легких (например, ХОБЛ) достаточным, чтобы оказывать сильное влияние на иммунные реакции и риск вторичной бактериальной инфекции во время вирусной инфекции. Данные модели инфекции гриппа на мышах, по-видимому, указывают на то, что инфекция гриппа оказывает лишь умеренное влияние на количество бактерий, разнообразие и состав микробиома легких (46).У субъектов с хронической обструктивной болезнью легких (ХОБЛ) после инфицирования ВЧР, но не у здоровых людей, наблюдалось увеличение бактериальной нагрузки и рост бактерий, присутствующих на исходном уровне, особенно H. influenzae (124). Исследователи заметили, что рост бактерий, по-видимому, возник из существующего сообщества. S. pneumoniae , введенные интраназально мышам, предварительно инфицированным вирусом гриппа, сначала колонизировали нос, а через несколько дней — трахею и легкие с гнойным воспалением.Однако у незараженных животных этого эффекта не наблюдалось. Это предполагает, что пневмококковая инфекция может последовательно развиваться от URT к LRT у субъектов, инфицированных вирусом гриппа (97). Таким образом, возможно, что у некоторых людей с инфекцией гриппа могут развиться изменения в микробиоме легких в результате изменений микробных сообществ URT.
Респираторные вирусы не только изменяют бактериальное сообщество в URT, но также способствуют бактериальной колонизации LRT с помощью различных механизмов, которые ухудшают бактериальный клиренс.Во-первых, увеличивается выработка слизи в дыхательных путях, чтобы облегчить выведение вируса во время инфекций. Однако чрезмерное выделение слизи может привести к обструкции дыхательных путей из-за нарушения мукоцилиарного клиренса (125). Во-вторых, вирусные инфекции могут также снижать частоту биений ресничек и количество ресничных клеток, нарушать скоординированное движение ресничек и препятствовать восстановлению респираторных эпителиальных клеток, что в дальнейшем приводит к снижению мукоцилиарного клиренса (126, 127). В-третьих, респираторные вирусные инфекции нарушают врожденный иммунный ответ против бактерий (128–130).Врожденные иммунные клетки, включая макрофаги и нейтрофилы, рекрутируются в легкие цитокинами и хемокинами для фагоцитоза и бактерицидной активности. Перенесенные вирусные инфекции нарушают регуляцию как альвеолярных макрофагов (64, 131–136), так и нейтрофилов (65, 128, 129), тем самым подавляя бактерицидную активность. Таким образом, при нарушении множества аспектов защиты легочного хозяина не было бы ничего удивительного, если бы у подгруппы инфицированных гриппом пациентов развилась вторичная бактериальная пневмония в результате невозможности удалить аспирированных патобионтов из URT.
Межмикробные взаимодействия и вторичные поствирусные инфекции
Помимо того, что мы можем определить, что присутствует во время состояния здоровья, крупномасштабный анализ микробиома на основе секвенирования также выявил, кто не присутствует во время болезни. Давно признано, что у бактерий развились механизмы, которые обеспечивают конкурентные преимущества, позволяя им выживать в неблагоприятной окружающей среде хозяина. Однако межвидовая конкуренция также поддерживает гомеостаз микробного сообщества либо за счет их способности захватывать пугающие ресурсы (например,ж., железо) или целенаправленное уничтожение других бактерий (например, бактериоцинов), предотвращая доминирование одного микроба в сообществе. Таким образом, возможно, что иммунный ответ, вызванный острыми вирусными инфекциями, изменениями эпителиальной поверхности хозяина, вызванными вирусом, или самим вирусом может привести к устранению комменсала хозяина, который отвечает за сдерживание патобионтов. Например, было показано, что изобилие S. epidermidis и Propionibacterium acnes в ноздрях отрицательно связано с S.каретка aureus (67). Понимание этих взаимодействий может открыть новые возможности для терапевтических вмешательств, направленных на снижение колонизации патогенными бактериями во время эпидемий или пандемий гриппа.
Одной из групп комменсалов, которая была исследована на предмет их роли в подавлении носительства S. aureus и S. pneumoniae , является Corynebacterium spp. В раннем исследовании, проведенном в Японии, сообщалось об эффектах введения штамма Corynebacterium в ноздри здоровых взрослых работников больниц, которые были постоянными носителями S.aureus с успешной эрадикацией у 71% пациентов (137). Механизм оказался бактериоцин-независимым. Для сравнения, имплантация S. epidermidis не дала эффекта. Неизвестно, экспрессировал ли используемый штамм S. epidermidis сериновую протеазу Esp, которая ингибирует образование биопленок S. aureus и носовую колонизацию (138). Последующие исследования другой группы показали, что C. pseudodiphtheriticum ингибирует S.aureus , тогда как C. accolens и S. aureus , по-видимому, поддерживали рост друг друга (139). Напротив, другие исследователи отметили, что Corynebacterium spp. были обогащены у детей, которые не были инфицированы пневмококком через нос, и продемонстрировали, что C. accolens подавляют рост S. pneumoniae in vitro путем экспрессии липазы, которая высвобождает триацилглицерины на поверхности кожи, которые ингибируют рост пневмококков.Таким образом, кропотливая идентификация и механистическое исследование межвидовой конкуренции между комменсалами может привести к новому пониманию того, как вирусные инфекции могут предоставлять конкурентное преимущество патобионтам и как использовать естественные стратегии, используемые комменсалами, для восстановления гомеостаза в микробной нише хозяина. Интересно, что недавнее доклиническое исследование с использованием мышиной модели RSV и суперинфекции S. pneumoniae использовало назальное праймирование штаммом C. pseudodiphtheriticum для усиления защиты хозяина от вирусной инфекции, что увеличивало устранение вторичного бактериального заражения и уменьшало повреждение легких. меры (140).
Наконец, прямое воздействие инфицирующего вируса на бактерии, составляющие микробиом, может способствовать переходу от патобионта к патогену. Метагеномный анализ показал, что ph2N1-ассоциированные микробиоты дыхательных путей были обогащены генами, связанными с подвижностью клеток, регуляцией транскрипции, метаболизмом и ответом на хемотаксис, по сравнению с теми же бактериями у неинфицированных пациентов (108). Эти данные предполагают, что инфекция гриппа нарушает респираторный микробиом, приводя к выработке вторичных метаболитов, включая иммуномодулирующие молекулы.Было также обнаружено, что вирусы нарушают образование бактериальной биопленки и разрушают существующую биопленку (141–144). Было показано, что грипп влияет на транскриптом S. pneumoniae с точки зрения подавления экспрессии генов, связанных с состоянием колонизатора, и активацией бактериоцинов (142). Таким образом, прямое воздействие вирусов на паттерны бактериальной транскрипции может быть механизмом, с помощью которого колонизирующие бактерии приобретают инвазивный потенциал, что приводит к бактериальным суперинфекциям.
Будущие направления
Есть несколько областей, которые должны быть рассмотрены в будущих исследованиях респираторного микробиома. Во-первых, необходимо стандартизировать протоколы, используемые для анализа респираторного микробиома, включая методы отбора проб, обработки и биоинформатики. Например, мокрота может быть подходящим материалом для исследования респираторных заболеваний, поскольку она содержит компоненты LRT и может быть легко получена. Однако для получения более надежной информации о LRT требуются инвазивные образцы, такие как BAL или защищенная кисточка для образцов, или биопсия бронхов / легких.Во-вторых, большинство исследований ограничено экспериментами, проводимыми на моделях животных. Даже в исследованиях на людях большинство анализов проводилось на небольшом количестве пациентов и описывало бактериальные сообщества в URT. Роль микробных сообществ за пределами легких, включая кишечник, носовые пазухи и кожу, следует рассматривать в контексте заболеваний дыхательных путей. В-третьих, большинство исследований микробиома были сосредоточены на бактериальном компоненте и не включали грибы и вирусы. Роль вирусов, включая огромное количество фагов, заражающих бактерии, и грибов в респираторных заболеваниях невозможно изучить с помощью анализа гена 16S рРНК, а исследования, описывающие состав и роль респираторного вирома, отсутствуют из-за сложности всестороннего анализа. на вирусы.В-четвертых, недостаточно изучать микробные сообщества на основе видового состава; функциональная характеристика посредством анализа транскриптома и протеасомы необходима для понимания механистической роли микробиома в исходах инфекции. Наконец, манипуляции с микробиомом слизистой оболочки с помощью вакцин, антибиотиков и пробиотиков в нишах желудочно-кишечного тракта и дыхательных путей представляют собой новые подходы к профилактике, лечению и лечению острых и хронических заболеваний легких. Однако, учитывая, что терапия антибиотиками может повлиять на комменсальные бактерии и ускорить появление устойчивых к лекарствам бактерий, необходимы дополнительные исследования долгосрочных эффектов этой терапии.Следует разработать модели на животных для изучения влияния микробиомов URT и LRT на иммунный ответ на респираторные вирусные инфекции; только тогда можно будет рассмотреть клиническое применение стратегий модуляции микробиома.
Заключение
Респираторные вирусные инфекции могут инициировать каскад иммунных ответов хозяина, которые изменяют условия роста микробов в URT, LRT и кишечнике (дополнительная таблица 1). Активация индуцированных гриппом путей противовирусного интерферона может привести к неадекватным ответам врожденных иммунных клеток во время защиты хозяина от вторичных бактериальных инфекций, что приводит к пролиферации потенциально патогенных видов бактерий.Сопутствующие изменения в микробиоме кишечника, вызванные исходной вирусной инфекцией, также могут изменить примирование иммунных клеток против вторичного бактериального заражения, хотя на сегодняшний день это не изучено. Хотя картина неполная, недавняя литература по микробиомам дает дополнительную информацию о патогенезе дисрегулируемых иммунных ответов после острых вирусных инфекций, которые могут способствовать развитию вторичных бактериальных пневмоний (рис. 4). Уточнение различий и динамики респираторной микробиоты у здоровых субъектов и хронических заболеваний легких во время острых респираторных вирусных инфекций может пролить свет на патогенез вирусно-бактериальных взаимодействий и обеспечить основу для разработки новых подходов к профилактике, лечению или ведению острых респираторных инфекций и обострений. хронических заболеваний легких.
Рисунок 4 . Модель вирусной восприимчивости к вторичным инфекциям.
Вклад авторов
SH и JD написали рукопись в соавторстве. SH, JD и MP разработали рисунки и таблицу. KC и MP отредактировали и предоставили критические исправления рукописи. Все авторы утверждают окончательную версию и соглашаются нести ответственность за содержание рукописи.
Заявление о конфликте интересов
Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.
Благодарности
JD поддерживается исследовательским грантом Национального института здравоохранения (грант № R01HL108949). Мнения, выраженные в этой статье, принадлежат авторам и не обязательно отражают позицию или политику Министерства по делам ветеранов или правительства США. Благодарим Кэт Мейер за помощь с цифрами.
Дополнительные материалы
Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https: // www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2018.02640/full#supplementary-material
Список литературы
1. Brundage JF. Взаимодействие между гриппом и бактериальными респираторными патогенами: последствия для готовности к пандемии. Ланцет Инфекция Дис . (2006) 6: 303–12. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (06) 70466-2
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
6. Morens DM, Taubenberger JK, Fauci AS. Преобладающая роль бактериальной пневмонии как причины смерти при пандемическом гриппе: последствия для готовности к пандемическому гриппу. Дж. Заразить Дис . (2008) 198: 962–70. DOI: 10.1086 / 5
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
8. Бисно А.Л., Гриффин Дж.П., Ван Эппс К.А., Ниелл Н.Б., Райтел М.В. Пневмония и гонконгский грипп: проспективное исследование эпидемии 1968-1969 гг. Am J Med Sci . (1971) 261: 251–63.
PubMed Аннотация | Google Scholar
9. Херс Дж. Ф., Мазурел Н., Малдер Дж. Бактериология и гистопатология дыхательных путей и легких при фатальном азиатском гриппе. Ланцет (1958) 2: 1141–3.
PubMed Аннотация | Google Scholar
11. Силлонис С., Эвиг С., Менендес Р., Феррер М., Полверино Е., Рейес С. и др. Бактериальная коинфекция с инфекцией h2N1 у пациентов, поступивших с внебольничной пневмонией. J Заразить . (2012) 65: 223–30. DOI: 10.1016 / j.jinf.2012.04.009
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
12. Гилл Дж. Р., Шенг З. М., Эли С.Ф., Гвине Д.Г., Бисли М.Б., Су Дж. И др.Легочные патологические находки фатальных вирусных инфекций пандемического гриппа A / h2N1 2009 г. Арч Патол Лаборатория Мед . (2010) 134: 235–43. DOI: 10.1043 / 1543-2165-134.2.235
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
13. Джайн С., Камимото Л., Брамли А.М., Шмитц А.М., Бенуа С.Р., Луи Дж. И др. Госпитализированные пациенты с гриппом h2N1 2009 г. в США, апрель-июнь 2009 г. N Engl J Med . (2009) 361: 1935–44. DOI: 10.1056 / NEJMoa0
5
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
14.Кумар А., Зарычанский Р., Пинто Р., Кук Д. Д., Маршалл Дж., Лакруа Дж. И др. Критически больные пациенты с инфекцией гриппа A (h2N1) 2009 г. в Канаде. JAMA (2009) 302: 1872–9. DOI: 10.1001 / jama.2009.1496
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
15. Martín-Loeches I, Sanchez-Corral A, Diaz E, Granada RM, Zaragoza R, Villavicencio C, et al. Внебольничная респираторная коинфекция у тяжелобольных пациентов с пандемическим вирусом гриппа A (h2N1) 2009 г. Сундук (2011) 139: 555–62. DOI: 10.1378 / Chess.10-1396
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
16. Паласиос Г., Хорниг М., Цистерна Д., Савджи Н., Буссетти А.В., Капур В. и др. Коинфекция Streptococcus pneumoniae коррелирует с тяжестью пандемического гриппа h2N1. PLoS ONE (2009) 4: e8540. DOI: 10.1371 / journal.pone.0008540
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
17. Шие В. Дж., Блау Д. М., Денисон А. М., Делеон-Карнес М., Адем П., Бхатнагар Дж. И др.Пандемия гриппа A (h2N1) 2009 г .: патология и патогенез 100 смертельных случаев в США. Ам Дж. Патол . (2010) 177: 166–75. DOI: 10.2353 / ajpath.2010.100115
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
18. Домингес-Черит Г., Лапинский С.Е., Масиас А.Е., Пинто Р., Эспиноза-Перес Л., де ла Торре А. и др. Критические пациенты с гриппом A (h2N1) 2009 г. в Мексике. JAMA (2009) 302: 1880–7. DOI: 10.1001 / jama.2009.1536
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
20.Консорциум проекта «Микробиом человека». Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека. Nature (2012) 486: 207–14. DOI: 10.1038 / nature11234
CrossRef Полный текст | Google Scholar
21. Россхарт С.П., Вассалло Б.Г., Анджелетти Д., Хатчинсон Д.С., Морган А.П., Такеда К. и др. Микробиота кишечника диких мышей улучшает физическую форму хозяина и повышает сопротивляемость болезням. Cell (2017) 171: 1015–28.e13. DOI: 10.1016 / j.cell.2017.09.016
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
22.Beaman BL, Gershwin ME, Scates SS, Ohsugi Y. Иммунобиология стерильных мышей, инфицированных Nocardia asteroides. Infect Immun (1980) 29: 733–43.
PubMed Аннотация | Google Scholar
23. Инагаки Х., Судзуки Т., Номото К., Йошикай Ю. Повышенная восприимчивость к первичной инфекции Listeria monocytogenes у стерильных мышей может быть связана с отсутствием накопления L-селектина + CD44 + Т-клеток в очагах воспаления. Заражение иммунной . (1996) 64: 3280–7.
PubMed Аннотация | Google Scholar
24.Oliveira MR, Tafuri WL, Afonso LCC, Oliveira MAP, Nicoli JR, Vieira EC и др. Свободные от зародышей мыши продуцируют высокие уровни гамма-интерферона в ответ на инфекцию Leishmania major, но не заживляют поражения. Паразитология (2005) 131: 477–88. DOI: 10.1017 / S0031182005008073
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
25. Осборн Л.С., Монтичелли Л.А., Ницца Т.Дж., Сазерленд Т.Э., Сиракуза М.К., Хепворт М.Р. и др. Коинфекция. Коинфекция вирус-гельминт показывает независимый от микробиоты механизм иммуномодуляции. Наука (2014) 345: 578–82. DOI: 10.1126 / science.1256942
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
26. Спличал И., Рычлик И., Грегорова Д., Себкова А., Требичавский И., Спличалова А. и др. Восприимчивость стерильных свиней к заражению мутантами протеазы Salmonella enterica серовара Typhimurium. Иммунобиология (2007) 212: 577–82. DOI: 10.1016 / j.imbio.2007.05.001
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
27.Танака К., Савамура С., Сато Т., Кобаяши К., Нода С. Роль местной микробиоты в поддержании вирус-специфичных Т-клеток памяти CD8 в легких мышей, инфицированных цитомегаловирусом мыши. Дж. Иммунол . (2007) 178: 5209–16. DOI: 10.4049 / jimmunol.178.8.5209
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
28. Риз Т.А., Би К., Камбал А., Филали-Моухим А., Беура Л.К., Бюргер М.С. и др. Последовательное инфицирование обычными патогенами способствует экспрессии иммунных генов человека и изменению ответа на вакцину. Клеточный микроб-хозяин (2016) 19: 713–9. DOI: 10.1016 / j.chom.2016.04.003
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
29. Беура Л.К., Гамильтон С.Е., Би К., Шенкель Дж.М., Одумаде О.А., Кейси К.А. и др. Нормализация окружающей среды воспроизводит иммунные черты взрослого человека у лабораторных мышей. Nature (2016) 532: 512–6. DOI: 10.1038 / природа17655
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
30. Каммингс Дж. Х. Ферментация в толстой кишке человека: данные и значение для здоровья. Ланцет (1983) 1: 1206–9.
PubMed Аннотация | Google Scholar
31. Смит П.М., Ховитт М.Р., Паников Н., Мишо М., Галлини К.А., Бохлули-Й.М. и др. Микробные метаболиты, короткоцепочечные жирные кислоты, регулируют гомеостаз Treg-клеток толстой кишки. Наука (2013) 341: 569–73. DOI: 10.1126 / science.1241165
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
32. Арпайя Н., Кэмпбелл С., Фан Х, Дикий С., ван дер Викен Дж., ДеРоос П. и др.Метаболиты, продуцируемые комменсальными бактериями, способствуют образованию периферических регуляторных Т-клеток. Nature (2013) 504: 451–5. DOI: 10.1038 / nature12726
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
33. Goverse G, Molenaar R, Macia L, Tan J, Erkelens MN, Konijn T, et al. Полученные с пищей короткоцепочечные жирные кислоты стимулируют эпителиальные клетки кишечника, индуцируя толерогенные дендритные клетки слизистой оболочки. Дж. Иммунол . (2017) 198: 2172–81. DOI: 10.4049 / jimmunol.1600165
CrossRef Полный текст | Google Scholar
34. Мариньо Э., Ричардс Дж. Л., Маклеод К. Х., Стэнли Д., Яп Ю. А., Найт Дж. И др. Метаболиты кишечных микробов ограничивают частоту аутоиммунных Т-клеток и защищают от диабета 1 типа. Нат Иммунол . (2017) 18: 552–562. DOI: 10.1038 / ni.3713
CrossRef Полный текст | Google Scholar
35. Haase S, Haghikia A, Wilck N, Müller DN, Linker RA. Влияние метаболитов микробиома на иммунную регуляцию и аутоиммунитет. Иммунология (2018) 154: 230–8. DOI: 10.1111 / imm.12933
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
36. Калина Ю., Кояма Н., Хосода Т., Нюрнбергер Н., Сато К., Хельцер Д. и др. Повышенная продукция IL-18 в эпителии кишечника, обработанном бутиратом, путем стимуляции проксимальной области промотора. евро J Immunol . (2002) 32: 2635–43. DOI: 10.1002 / 1521-4141 (200209) 32: 9 <2635 :: AID-IMMU2635> 3.0.CO; 2-N
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
37.Шаубер Дж., Сванхольм С., Термен С., Иффланд К., Мензель Т., Шеппах В. и др. Экспрессия кателицидина LL-37 модулируется короткоцепочечными жирными кислотами в колоноцитах: актуальность сигнальных путей. Кишечник (2003) 52: 735–41. DOI: 10.1136 / gut.52.5.735
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
38. Schauber J, Iffland K, Frisch S, Kudlich T., Schmausser B, Eck M, et al. Ингибиторы гистон-деацетилазы индуцируют кателицидин LL-37 в клетках желудочно-кишечного тракта. Мол Иммунол . (2004) 41: 847–54. DOI: 10.1016 / j.molimm.2004.05.005
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
39. Клаасен Х.Л., Ван дер Хейден П.Дж., Сток В., Поэльма Ф.Г., Купман Дж.П., Ван ден Бринк М.Э. и др. Апатогенные кишечные сегментированные нитчатые бактерии стимулируют иммунную систему слизистых оболочек мышей. Заражение иммунной . (1993) 61: 303–6.
PubMed Аннотация | Google Scholar
40. Talham GL, Jiang HQ, Bos NA, Cebra JJ.Сегментированные нитчатые бактерии являются мощными стимулами физиологически нормального состояния иммунной системы слизистой оболочки кишечника мышей. Заражение иммунной . (1999) 67: 1992–2000.
PubMed Аннотация | Google Scholar
41. Иванов И.И., Атараши К., Манель Н., Броди Е.Л., Шима Т., Караоз У и др. Индукция кишечных клеток Th27 сегментированными нитчатыми бактериями. Cell (2009) 139: 485–98. DOI: 10.1016 / j.cell.2009.09.033
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
42.Gaboriau-Routhiau V, Rakotobe S, Lécuyer E, Mulder I., Lan A, Bridonneau C, et al. Ключевая роль сегментированных нитчатых бактерий в скоординированном созревании ответов Т-хелперных клеток кишечника. Иммунитет (2009) 31: 677–89. DOI: 10.1016 / j.immuni.2009.08.020
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
43. Ван Дж, Ли Ф, Вэй Х, Лиан З-Х, Сунь Р., Тиан З. Инфекция, вызванная вирусом респираторного гриппа, вызывает поражение кишечного иммунитета через опосредованное микробиотой воспаление, зависящее от клеток Th27. J Exp Med . (2014) 211: 2397–410. DOI: 10.1084 / jem.20140625
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
44. Deriu E, Boxx GM, He X, Pan C, Benavidez SD, Cen L. Вирус гриппа влияет на кишечную микробиоту и вторичную сальмонеллезную инфекцию в кишечнике через интерфероны типа I. PLoS Патог . (2016) 12: e1005572. DOI: 10.1371 / journal.ppat.1005572
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
45.Bartley JM, Zhou X, Kuchel GA, Weinstock GM, Haynes L. Влияние возраста, ограничения калорийности и гриппа на микробиом кишечника мышей: исследовательское исследование роли возрастных изменений микробиома в ответах на грипп. Фронт Иммунол . (2017) 8: 1164. DOI: 10.3389 / fimmu.2017.01164
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
46. Йилдиз С., Мазель-Санчес Б., Кандасами М., Маникассами Б., Шмольке М. Инфекция вируса гриппа А влияет на динамику системной микробиоты и вызывает количественный кишечный дисбактериоз. Микробиом (2018) 6: 9. DOI: 10.1186 / s40168-017-0386-z
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
47. Гровс Х.Т., Катбертсон Л., Джеймс П., Моффатт М.Ф., Кокс М.Дж., Трегонинг Дж.С. Респираторное заболевание, вызванное вирусной инфекцией легких, изменяет микробиоту кишечника мышей. Фронт Иммунол . (2018) 9: 182. DOI: 10.3389 / fimmu.2018.00182
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
48. Wu J, Meng Z, Jiang M, Zhang E, Trippler M, Broering R, et al.Вызванные Toll-подобным рецептором врожденные иммунные ответы в непаренхимальных клетках печени являются типоспецифичными. Иммунология (2010) 129: 363–74. DOI: 10.1111 / j.1365-2567.2009.03179.x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
50. Руис А., Сердо Т., Хауреги Р., Пипер Д.Х., Маркос А., Клементе А. и др. Годовое ограничение калорий влияет на микробный состав кишечника, но не на его метаболические показатели у тучных подростков. Энвирон Микробиол . (2017) 19: 1536–51.DOI: 10.1111 / 1462-2920.13713
CrossRef Полный текст | Google Scholar
51. Ичинохе Т., Панг И.К., Кумамото Ю., Пипер Д.Р., Хо Дж. Х., Мюррей Т.С. и др. Микробиота регулирует иммунную защиту от инфекции, вызванной вирусом гриппа А. Proc Natl Acad Sci USA . (2011) 108: 5354–9. DOI: 10.1073 / pnas.1019378108
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
52. Abt MC, Osborne LC, Monticelli LA, Doering TA, Alenghat T, Sonnenberg GF, et al.Комменсальные бактерии калибруют порог активации врожденного противовирусного иммунитета. Иммунитет (2012) 37: 158–70. DOI: 10.1016 / j.immuni.2012.04.011
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
53. О Дж. З., Равиндран Р., Чассен Б., Карвалью Ф. А., Маддур М. С., Бауэр М. и др. TLR5-опосредованное зондирование кишечной микробиоты необходимо для антител к вакцинации против сезонного гриппа. Иммунитет (2014) 41: 478–92. DOI: 10.1016 / j.immuni.2014.08.009
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
54. Гоге С., Д’Ортона С., Ангер-Пьер К., Дуан Б., Сурана Н.К., Лу Р. и др. Кишечная микробиота мышей влияет на устойчивость к Staphylococcus aureus Pneumonia. Заражение иммунной . (2015) 83: 4003–14. DOI: 10.1128 / IAI.00037-15
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
55. Schuijt TJ, Lankelma JM, Scicluna BP, de Sousa e Melo F, Roelofs JJTH, de Boer JD, et al. Микробиота кишечника играет защитную роль в защите хозяина от пневмококковой пневмонии. Кишечник (2016) 65: 575–83. DOI: 10.1136 / gutjnl-2015-309728
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
56. Кларк Т.Б., Дэвис К.М., Лысенко Е.С., Чжоу А.Ю., Ю. Ю., Вайзер Дж. Н.. Распознавание пептидогликана из микробиоты с помощью Nod1 повышает системный врожденный иммунитет. Нат Мед . (2010) 16: 228–31. DOI: 10,1038 / нм.2087
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
57. де Врезе М., Винклер П., Раутенберг П., Хардер Т., Ноа С., Лауэ С. и др.В двойном слепом рандомизированном контролируемом исследовании пробиотические бактерии уменьшили продолжительность и тяжесть эпизодов простуды, но не уменьшили частоту эпизодов простуды. Vaccine (2006) 24: 6670–4. DOI: 10.1016 / j.vaccine.2006.05.048
CrossRef Полный текст | Google Scholar
58. Вулуману Е.К., Макрис Г.К., Карагеоргопулос Д.Е., Фалагас МЭ. Пробиотики для профилактики инфекций дыхательных путей: систематический обзор. Int J Antimicrob Agents (2009) 34: 197.e1–10. DOI: 10.1016 / j.ijantimicag.2008.11.005
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
59. Стид А.Л., Кристофи Г.П., Кайко Г.Е., Сан Л., Гудвин В.М., Джайн Ю. и др. Микробный метаболит дезаминотирозин защищает от гриппа с помощью интерферона I типа. Наука (2017) 357: 498–502. DOI: 10.1126 / science.aam5336
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
60. Маэда Н., Накамура Р., Хиросе И., Муросаки С., Ямамото Ю., Касе Т. и др.Пероральное введение убитого нагреванием Lactobacillus plantarum L-137 усиливает защиту от заражения вирусом гриппа за счет стимуляции выработки интерферона I типа у мышей. Инт Иммунофармакол . (2009) 9: 1122–5. DOI: 10.1016 / j.intimp.2009.04.015
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
61. Хори Т., Киёсима Дж., Шида К., Ясуи Х. Повышение клеточного иммунитета и снижение титра вируса гриппа у старых мышей, получавших штамм Lactobacillus casei Shirota. Клин Диаг Лаборатория Иммунол . (2002) 9: 105–8. DOI: 10.1128 / CDLI.9.1.105-108.2002
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
62. Wu S, Jiang Z-Y, Sun Y-F, Yu B, Chen J, Dai C-Q, et al. Микробиота регулирует сигнальный путь TLR7 против инфекции, вызванной вирусом гриппа А. Курр Микробиол . (2013) 67: 414–22. DOI: 10.1007 / s00284-013-0380-z
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
63.Trompette A, Gollwitzer ES, Pattaroni C, Lopez-Mejia IC, Riva E, Pernot J, et al. Пищевые волокна обеспечивают защиту от гриппа, формируя Ly6c- патрулирование гемопоэза моноцитов и метаболизм CD8 + Т-клеток. Иммунитет (2018) 48: 992–1005.e8. DOI: 10.1016 / j.immuni.2018.04.022
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
65. Shahangian A, Chow EK, Tian X, Kang JR, Ghaffari A, Liu SY, et al. IFN типа I опосредуют развитие бактериальной пневмонии после гриппа у мышей. Дж. Клин Инвест . (2009) 119: 1910–20. DOI: 10.1172 / JCI35412
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
67. Франк Д. Н., Физел Л. М., Бессесен М. Т., Прайс С.С., Янофф EN, Пейс Н.Р. Микробиота носа человека и носительство золотистого стафилококка. PLoS ONE (2010) 5: e10598. DOI: 10.1371 / journal.pone.0010598
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
68. Lemon KP, Klepac-Ceraj V, Schiffer HK, Brodie EL, Lynch SV, Kolter R.Сравнительный анализ бактериальной микробиоты ноздри и ротоглотки человека. MBio (2010) 1: e00129–10. DOI: 10.1128 / mBio.00129-10
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
70. Чарлсон Е.С., Биттингер К., Хаас А.Р., Фицджеральд А.С., Франк И., Ядав А. и др. Топографическая преемственность бактериальных популяций в дыхательных путях здорового человека. Am J Respir Crit Care Med . (2011) 184: 957–63. DOI: 10.1164 / rccm.201104-0655OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
72.Ling Z, Liu X, Luo Y, Yuan L, Nelson KE, Wang Y и др. Пиросеквенирование микробиоты человека здоровых китайских студентов. BMC Genomics (2013) 14: 390. DOI: 10.1186 / 1471-2164-14-390
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
73. Аллен Е.К., Кеппель А.Ф., Хендли Дж.О., Тернер С.Д., Винтер Б., Сейл ММ. Характеристика микробиоты носоглотки в состоянии здоровья и во время заражения риновирусом. Микробиом (2014) 2:22. DOI: 10.1186 / 2049-2618-2-22
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
74. Диксон Р.П., Эрб-Даунворд Дж. Р., Фриман С. М., Макклоски Л., Фальковски Н. Р., Хаффнагл Г. Б. и др. Бактериальная топография нижних дыхательных путей здорового человека. MBio (2017) 8: e02287–16. DOI: 10.1128 / mBio.02287-16
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
75. Абреу Н.А., Нагалингам Н.А., Сонг Й., Рёдигер Ф.К., Плетчер С.Д., Голдберг А.Н. и др. Истощение разнообразия микробиома пазух и обогащение Corynebacterium tuberculostearicum опосредуют риносинусит. Научный перевод медицины . (2012) 4: 151ra124. DOI: 10.1126 / scitranslmed.3003783
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
76. Бассис С.М., Эрб-Даунворд Дж. Р., Диксон Р. П., Фриман С. М., Шмидт Т. М., Янг В. Б. и др. Анализ микробиоты верхних дыхательных путей как источника микробиоты легких и желудка у здоровых людей. МБио (2015) 6: e00037. DOI: 10.1128 / mBio.00037-15
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
77.Венкатараман А., Бассис С.М., Бек Дж. М., Янг В. Б., Кертис Дж. Л., Хаффнагл Г. Б. и др. Применение модели нейтрального сообщества для оценки структурирования микробиома легких человека. MBio (2015) 6: e02284–14. DOI: 10.1128 / mBio.02284-14
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
78. Моррис А., Бек Дж. М., Шлосс П. Д., Кэмпбелл Т. Б., Кротерс К., Кертис Дж. Л. и др. Сравнение респираторного микробиома здоровых некурящих и курильщиков. Am J Respir Crit Care Med .(2013) 187: 1067–75. DOI: 10.1164 / rccm.201210-1913OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
79. Сегал Л.Н., Алексеенко А.В., Клементе Дж.С., Кулкарни Р., Ву Б., Гао З. и др. Обогащение микробиома легких надгортанными таксонами связано с усилением легочного воспаления. Микробиом (2013) 1:19. DOI: 10.1186 / 2049-2618-1-19
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
80. Диксон Р.П., Эрб-Даунворд-младший, Фриман К.М., Макклоски Л., Бек Дж. М., Хаффнагл, Б. Б., Кертис Дж. Л..Пространственная изменчивость микробиома легких здорового человека и адаптированная островная модель биогеографии легких. Энн Ам Торак Соц . (2015) 12: 821–30. DOI: 10.1513 / AnnalsATS.201501-029OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
81. Роджерс Г.Б., Шоу Д., Марш Р.Л., Кэрролл депутат, Серисье Д.Д., Брюс К.Д. Респираторная микробиота: решение клинических вопросов, информирование клинической практики. Thorax (2015) 70: 74–81. DOI: 10.1136 / thoraxjnl-2014-205826
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
82.Роджерс Г.Б., Хоффман Л.Р., Кэрролл депутат, Брюс К.Д. Интерпретация инфекционной микробиоты: важность экологической перспективы. Trends Microbiol . (2013) 21: 271–6. DOI: 10.1016 / j.tim.2013.03.004
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
83. Wertheim HFL, Melles DC, Vos MC, van Leeuwen W., van Belkum A, Verbrugh HA, et al. Роль носительства в инфекциях, вызванных Staphylococcus aureus. Ланцет Инфекция Дис . (2005) 5: 751–62. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (05) 70295-4
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
84.Богерт Д., Де Гроот Р., Германс ШИМ. Колонизация Streptococcus pneumoniae: ключ к пневмококковой инфекции. Ланцет Инфекция Дис . (2004) 4: 144–54. DOI: 10.1016 / S1473-3099 (04) 00938-7
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
85. Вольтер Н., Темпиа С., Коэн С., Мадхи С.А., Вентер М., Мойес Дж. И др. Высокая плотность носоглоточного пневмококка, повышенная при вирусной коинфекции, связана с инвазивной пневмококковой пневмонией. Дж. Заразить Дис . (2014) 210: 1649–57.DOI: 10.1093 / infdis / jiu326
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
86. Ишизука С., Ямая М., Сузуки Т., Такахаши Х., Ида С., Сасаки Т. и др. Влияние риновирусной инфекции на прилипание Streptococcus pneumoniae к культивированным эпителиальным клеткам дыхательных путей человека. Дж. Заразить Дис . (2003) 188: 1928–39. DOI: 10.1086 / 379833
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
87. Avadhanula V, Rodriguez CA, Devincenzo JP, Wang Y, Webby RJ, Ulett GC, et al.Респираторные вирусы усиливают адгезию бактериальных патогенов к респираторному эпителию в зависимости от вида вируса и типа клеток. Дж Вирол . (2006) 80: 1629–36. DOI: 10.1128 / JVI.80.4.1629-1636.2006
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
89. Сафеян Ф., Нахаи М.Р., Сейфи С.Дж., Кафил Х.С., Садеги Дж. Количественное определение Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae у пациентов с новым вирусом гриппа A (h2N1) / 2009 и гриппом A / 2010. GMS Hyg Infect Control (2015) 10: Doc06. DOI: 10.3205 / dgkh000249
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
90. Хирано Т., Куроно Ю., Ичимия И., Сузуки М., Моги Г. Влияние вируса гриппа А на паттерны связывания лектина в слизистой оболочке носоглотки мышей и на бактериальную колонизацию. Отоларингол Хирургия головы и шеи . (1999) 121: 616–21. DOI: 10.1016 / S0194-5998 (99) 70068-9
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
91.McCullers JA, McAuley JL, Browall S, Iverson AR, Boyd KL, Henriques Normark B. Грипп увеличивает восприимчивость к естественному приобретению Streptococcus pneumoniae и заболеванию, вызванному Streptococcus pneumoniae, у хорьков. Дж. Заразить Дис . (2010) 202: 1287–95. DOI: 10.1086 / 656333
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
92. Вадовский Р.М., Мицнер С.М., Сконер Д.П., Дойл В.Дж., Файерман П. Влияние экспериментальной инфекции вируса гриппа А на изоляцию Streptococcus pneumoniae и других аэробных бактерий из ротоглотки взрослых людей, страдающих аллергией и неаллергией. Заражение иммунной . (1995) 63: 1153–7.
PubMed Аннотация | Google Scholar
93. Wren JT, Blevins LK, Pang B, King LB, Perez AC, Murrah KA, et al. Вирус гриппа A изменяет пневмококковую носовую колонизацию и инфекцию среднего уха независимо от фазовых изменений. Заражение иммунной . (2014) 82: 4802–12. DOI: 10.1128 / IAI.01856-14
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
94. Накамура С., Дэвис К.М., Вайзер Дж. Н.. Синергетическая стимуляция интерферонов типа I во время коинфекции вирусом гриппа способствует колонизации Streptococcus pneumoniae у мышей. Дж. Клин Инвест . (2011) 121: 3657–65. DOI: 10.1172 / JCI57762
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
95. Diavatopoulos DA, Short KR, Price JT, Wilksch JJ, Brown LE, Briles DE, et al. Вирус гриппа А способствует передаче и заболеванию Streptococcus pneumoniae. FASEB J . (2010) 24: 1789–98. DOI: 10.1096 / fj.09-146779
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
96. Vu HTT, Yoshida LM, Suzuki M, Nguyen HAT, Nguyen CDL, Nguyen ATT, et al.Связь между назофарингеальной нагрузкой Streptococcus pneumoniae, вирусной коинфекцией и рентгенологически подтвержденной пневмонией у вьетнамских детей. Педиатр Инфекция Дис J . (2011) 30: 11–8. DOI: 10.1097 / INF.0b013e3181f111a2
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
97. Такасе Х., Нитанаи Х., Ямамура Э., Отани Т. Облегчение распространения пневмококковой колонии из носа в нижние дыхательные пути у мышей, предварительно инфицированных вирусом гриппа. Микробиол Иммунол . (1999) 43: 905–7.
PubMed Аннотация | Google Scholar
98. Тонг Х. Х., Фишер Л. М., Косуник Г. М., ДеМария Т.Ф. Влияние аденовируса типа 1 и вируса гриппа A на колонизацию носоглотки Streptococcus pneumoniae и средний отит у шиншиллы. Анн Отол Ринол Ларингол . (2000) 109: 1021–7. DOI: 10.1177 / 000348940010
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
99. Пелтола В. Т., Бойд К. Л., Маколи Дж. Л., Рег Дж. Э., МакКуллерс Дж. А..Бактериальный синусит и средний отит после инфицирования вирусом гриппа хорьков. Заражение иммунной . (2006) 74: 2562–7. DOI: 10.1128 / IAI.74.5.2562-2567.2006
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
100. Эдуард С., Миллион М., Бачар Д., Дубург Дж., Мишель С., Нинове Л. и др. Микробиота носоглотки у пациентов с вирусными инфекциями дыхательных путей обогащена бактериальными патогенами. Eur J Clin Microbiol Infect Dis . (2018) 37: 172533.DOI: 10.1007 / s10096-018-3305-8
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
101. Verkaik NJ, Nguyen DT, de Vogel CP, Moll HA, Verbrugh HA, Jaddoe VWV, et al. Воздействие Streptococcus pneumoniae связано с сероконверсией метапневмовируса человека и повышенной восприимчивостью к инфекции in vitro и HMPV. Clin Microbiol Инфекция . (2011) 17: 1840–4. DOI: 10.1111 / j.1469-0691.2011.03480.x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
102.DE Lastours V, Malosh R, Ramadugu K, Srinivasan U, Dawid S, Ohmit S и др. Совместная колонизация Streptococcus pneumoniae и Staphylococcus aureus в горле при острых респираторных заболеваниях. Эпидемиол. Инфекция . (2016) 144: 1–13. DOI: 10.1017 / S0950268816001473
CrossRef Полный текст | Google Scholar
103. Ni K, Li S, Xia Q, Zang N, Deng Y, Xie X и др. Нарушение микрофлоры глотки антибиотиками способствует гиперчувствительности дыхательных путей после респираторно-синцитиальной вирусной инфекции. PLoS ONE (2012) 7: e41104. DOI: 10.1371 / journal.pone.0041104
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
104. Ван Дж, Ли Ф, Сун Р., Гао Х, Вэй Х, Ли Л-Дж и др. Бактериальная колонизация ослабляет опосредованное гриппом острое повреждение легких за счет индукции альвеолярных макрофагов M2. Нац Коммуна . (2013) 4: 2106. DOI: 10.1038 / ncomms3106
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
105. Ланжевен С., Пишон М., Смит Э., Моррисон Дж., Бент З., Грин Р. и др.Ранняя микробная сигнатура носоглотки, связанная с тяжелым гриппом у детей: ретроспективное пилотное исследование. Дж. Ген Вирол . (2017) 98: 2425–37. DOI: 10.1099 / jgv.0.000920
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
106. Лу Х-Ф, Ли А., Чжан Т., Рен З-Г, Хе К-Х, Чжан Х и др. Нарушение микробных сообществ ротоглотки у пациентов с вирусом H7N9 с вторичной бактериальной инфекцией легких или без нее. Emerg Microbes Заражают . (2017) 6: e112.DOI: 10.1038 / emi.2017.101
CrossRef Полный текст | Google Scholar
107. Тарабичи Ю., Ли К., Ху С., Нгуен С., Ван Х, Элашофф Д. и др. Введение интраназальной живой аттенуированной вакцины против гриппа вызывает изменения в микробиоте носа и профилях экспрессии генов назального эпителия. Микробиом (2015) 3:74. DOI: 10.1186 / s40168-015-0133-2
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
108. Люн РК-К, Чжоу Дж.В., Гуань В., Ли С.К., Ян З.Ф., Цуй СК-З.Модуляция потенциальных респираторных патогенов вирусной инфекцией ph2N1. Clin Microbiol Инфекция . (2013) 19: 930–5. DOI: 10.1111 / 1469-0691.12054
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
109. Чабан Б., Альберт А., Линкс М.Г., Гарди Дж., Тан П., Хилл Дж. Характеристика микробиомов верхних дыхательных путей пациентов с пандемическим гриппом h2N1. PLoS ONE (2013) 8: e69559. DOI: 10.1371 / journal.pone.0069559
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
110.Greninger AL, Chen EC, Sittler T., Scheinerman A, Roubinian N, Yu G, et al. Метагеномный анализ инфекции пандемическим гриппом A (2009 h2N1) у пациентов из Северной Америки. PLoS ONE (2010) 5: e13381. DOI: 10.1371 / journal.pone.0013381
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
111. Джейкоби П., Уотсон К., Боуман Дж., Тейлор А., Райли ТВ, Смит Д.В. и др. Команда проекта Калгурли по исследованию медиа отита. Моделирование совместной встречаемости Streptococcus pneumoniae с другими бактериальными и вирусными патогенами в верхних дыхательных путях. Vaccine (2007) 25: 2458–64. DOI: 10.1016 / j.vaccine.2006.09.020
CrossRef Полный текст | Google Scholar
112. van den Bergh MR, Biesbroek G, Rossen JWA, de Steenhuijsen Piters WAA, Bosch AATM, van Gils EJM, et al. Связи между патогенами в верхних дыхательных путях у маленьких детей: взаимодействие между вирусами и бактериями. PLoS ONE (2012) 7: e47711. DOI: 10.1371 / journal.pone.0047711
CrossRef Полный текст | Google Scholar
113.Росас-Салазар С., Шилц М.Х., Товчигречко А., Шобель С., Чаппелл Дж. Д., Ларкин Е. К. и др. Различия в микробиоме носоглотки при острой инфекции дыхательных путей риновирусом человека и респираторно-синцитиальным вирусом в младенчестве. Дж. Заразить Дис . (2016) 214: 1924–8. DOI: 10.1093 / infdis / jiw456
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
114. Богерт Д., Кейсер Б., Хусе С., Россен Дж., Винховен Р., ван Гилс Е. и др. Вариабельность и разнообразие микробиоты носоглотки у детей: метагеномный анализ. PLoS ONE (2011) 6: e17035. DOI: 10.1371 / journal.pone.0017035
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
115. Перес-Лосада М., Аламри Л., Крэндалл К.А., Фрейштат Р.Дж. Разнообразие носоглоточного микробиома у детей с астмой со временем меняется. PLoS ONE (2017) 12: e0170543. DOI: 10.1371 / journal.pone.0170543
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
116. Hassoun A, Huff MD, Weisman D, Chahal K, Asis E, Stalons D, et al.Сезонные колебания колонизации респираторных патогенов у бессимптомных медицинских работников: одноцентровое, кросс-секционное, двухсезонное обсервационное исследование. Am J Infect Control (2015) 43: 865–70. DOI: 10.1016 / j.ajic.2015.04.195
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
117. DeMuri GP, Gern JE, Eickhoff JC, Lynch SV, Wald ER. Динамика бактериальной колонизации Streptococcus pneumoniae, haemophilus influenzae и moraxella catarrhalis при симптоматической и бессимптомной вирусной инфекции верхних дыхательных путей. Клин Инфекция Дис . (2018) 66: 1045–53. DOI: 10.1093 / cid / cix941
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
118. Карппинен С., Тересярви Дж., Ауранен К., Шуэц-Хавупало Л., Сиира Л., Хе К. и др. Заражение и передача Streptococcus pneumoniae облегчаются при риновирусной инфекции в семьях с детьми. Am J Respir Crit Care Med . (2017) 196: 1172–80. DOI: 10.1164 / rccm.201702-0357OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
119.Hofstra JJ, Matamoros S, van de Pol MA, de Wever B, Tanck MW, Wendt-Knol H и др. Изменения микробиоты при экспериментальной риновирусной инфекции человека. BMC Заражение Дис . (2015) 15: 336. DOI: 10.1186 / s12879-015-1081-y
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
120. Торс В., Кристенсен Х., Моралес-Аза Б., Випонд И., Мьюир П., Финн А. Влияние живой аттенуированной вакцины против гриппа на носоглоточные бактерии у здоровых детей от 2 до 4 лет. рандомизированное контролируемое исследование. Am J Respir Crit Care Med . (2016) 193: 1401–9. DOI: 10.1164 / rccm.201510-2000OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
121. Mina MJ, McCullers JA, Klugman KP. Живая аттенуированная вакцина против гриппа усиливает колонизацию Streptococcus pneumoniae и Staphylococcus aureus у мышей. MBio (2014) 5: e01040–13. DOI: 10.1128 / mBio.01040-13
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
122. Солк Х.М., Саймон В.Л., Ламберт Н.Д., Кеннеди Р.Б., Гриль Д.Е., Кабат Б.Ф. и др.Таксоны носового микробиома связаны с гриппоспецифической реакцией IgA на живую аттенуированную вакцину против гриппа. PLoS ONE (2016) 11: e0162803. DOI: 10.1371 / journal.pone.0162803
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
123. Планета П.Дж., Паркер Д., Коэн Т.С., Смит Х., Леон Д.Д., Райан С. и др. Лямбда-интерферон реструктурирует микробиом носа и увеличивает восприимчивость к суперинфекции золотистым стафилококком. MBio (2016) 7: e01939–01915.DOI: 10.1128 / mBio.01939-15
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
124. Молино П.Л., Маллиа П., Кокс М.Дж., Футитт Дж., Уиллис-Оуэн С.А.Г., Хомола Д. и др. Рост бактериального микробиома дыхательных путей после риновирусного обострения хронической обструктивной болезни легких. Am J Respir Crit Care Med . (2013) 188: 1224–31. DOI: 10.1164 / rccm.201302-0341OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
125. Vareille M, Kieninger E, Edwards MR, Regamey N.Эпителий дыхательных путей: солдат в борьбе с респираторными вирусами. Clin Microbiol Ред. . (2011) 24: 210–29. DOI: 10.1128 / CMR.00014-10
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
126. Питтет Л.А., Холл-Стодли Л., Рутковски М.Р., Хармсен АГ. Инфекция вируса гриппа снижает мукоцилиарную скорость в трахее и клиренс Streptococcus pneumoniae. Am J Respir Cell Мол Биол . (2010) 42: 450–60. DOI: 10.1165 / rcmb.2007-0417OC
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
127.Смит К.М., Кулкарни Х., Радхакришнан П., Рутман А., Банкарт М.Дж., Уильямс Г. и др. Цилиарная дискинезия — это ранний признак респираторно-синцитиальной вирусной инфекции. Eur Respir J . (2014) 43: 485–96. DOI: 10.1183 / 0
36.00205312
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
128. Абрамсон Дж.С., Миллс Э.Л., Гибинк Г.С., Куи П.Г. Угнетение окислительного метаболизма и бактерицидной способности моноцитов и полиморфноядерных лейкоцитов вирусом гриппа А. Заражение иммунной .(1982) 35: 350–5.
PubMed Аннотация | Google Scholar
129. Didierlaurent A, Goulding J, Patel S, Snelgrove R, Low L, Bebien M, et al. Устойчивая десенсибилизация к лигандам бактериальных Toll-подобных рецепторов после разрешения респираторной инфекции гриппа. J Exp Med . (2008) 205: 323–9. DOI: 10.1084 / jem.20070891
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
130. McNamee LA, Harmsen AG. Как индуцированная гриппом дисфункция нейтрофилов, так и нейтрофил-независимые механизмы способствуют повышенной восприимчивости к вторичной инфекции Streptococcus pneumoniae. Заражение иммунной . (2006) 74: 6707–21. DOI: 10.1128 / IAI.00789-06
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
131. Astry CL, Jakab GJ. Иммунные комплексы, индуцированные вирусом гриппа, подавляют фагоцитоз альвеолярных макрофагов. Дж Вирол . (1984) 50: 287–292.
PubMed Аннотация | Google Scholar
132. Franke-Ullmann G, Pförtner C, Walter P, Steinmüller C., Lohmann-Matthes ML, Kobzik L, et al. Нарушение функции легочных макрофагов инфекцией респираторно-синцитиального вируса in vitro.Дж. Иммунол . (1995) 154: 268–80.
PubMed Аннотация | Google Scholar
133. Ghoneim HE, Thomas PG, McCullers JA. Истощение альвеолярных макрофагов во время гриппа способствует развитию бактериальных суперинфекций. Дж. Иммунол . (2013) 191: 1250–9. DOI: 10.4049 / jimmunol.1300014
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
135. Клейнерман Э.С., Дэниэлс К.А., Полиссон Р.П., Снайдермен Р. Влияние вирусной инфекции на воспалительную реакцию.Снижение накопления макрофагов у мышей, инфицированных гриппом. Ам Дж. Патол . (1976) 85: 373–82.
PubMed Аннотация | Google Scholar
136. Никерсон К.Л., Якаб Г.Дж. Легочная антибактериальная защита при легкой и тяжелой форме вирусной инфекции гриппа. Заражение иммунной . (1990) 58: 2809–14.
PubMed Аннотация | Google Scholar
137. Уэхара Й., Накама Х., Агемацу К., Учида М., Каваками Й., Абдул Фаттах А.С. и др. Бактериальное вмешательство среди обитателей носа: уничтожение Staphylococcus aureus из носовых полостей путем искусственной имплантации Corynebacterium sp. Дж Хосп Инфекция . (2000) 44: 127–33. DOI: 10.1053 / jhin.1999.0680
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
138. Ивасе Т., Уэхара Ю., Синдзи Х., Таджима А., Сео Х., Такада К. и др. Staphylococcus epidermidis Esp подавляет образование биопленок Staphylococcus aureus и колонизацию носа. Nature (2010) 465: 346–9. DOI: 10.1038 / nature09074
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
139. Ян М., Памп С.Дж., Фукуяма Дж., Хван П.Х., Чо Д.-Й, Холмс С. и др.Микроокружение носа и межвидовые взаимодействия влияют на сложность носовой микробиоты и носительство S. aureus. Клеточный микроб-хозяин (2013) 14: 631-40. DOI: 10.1016 / j.chom.2013.11.005
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
140. Канмани П., Клуа П., Визосо-Пинто М.Г., Родригес С., Альварес С., Мельников В. и др. Респираторно-комменсальные бактерии corynebacterium pseudodiphtheriticum повышают устойчивость новорожденных мышей к респираторно-синцитиальному вирусу и суперинфекции Streptococcus pneumoniae. Фронтальный микробиол . (2017) 8: 1613. DOI: 10.3389 / fmicb.2017.01613
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
141. Реддингер Р.М., Люк-Маршалл Н.Р., Хаканссон А.П., Кампаньяри А.А. Физиологические изменения хозяина, вызванные вирусом гриппа А, приводят к дисперсии биопленки золотистого стафилококка и переходу от бессимптомной колонизации к инвазивному заболеванию. МБио (2016) 7: CD007087. DOI: 10.1128 / mBio.01235-16
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
142.Петтигрю М.М., Маркс Л.Р., Конг Й., Гент Дж.Ф., Рош-Хаканссон Х., Хаканссон А.П. Динамические изменения транскриптома Streptococcus pneumoniae во время перехода от образования биопленок к инвазивному заболеванию при инфицировании вирусом гриппа А. Заражение иммунной . (2014) 82: 4607–19. DOI: 10.1128 / IAI.02225-14
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
143. Маркс Л.Р., Дэвидсон Б.А., Найт П.Р., Хаканссон А.П. Передача сигналов Interkingdom вызывает дисперсию биопленки Streptococcus pneumoniae и переход от бессимптомной колонизации к болезни. MBio (2013) 4: e00438–13. DOI: 10.1128 / mBio.00438-13
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
144. Реддингер Р.М., Люк-Маршалл Н.Р., Сауберан С.Л., Хаканссон А.П., Кампаньяри А.А. Streptococcus pneumoniae модулирует дисперсию биопленок золотистого стафилококка и переход от колонизации к инвазивному заболеванию. MBio (2018) 9: e02089–17. DOI: 10.1128 / mBio.02089-17
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Глобальная статистика по ВИЧ и СПИДу — Информационный бюллетень
ГЛОБАЛЬНАЯ СТАТИСТИКА ВИЧ
- 37.7 миллионов [30,2–45,1 миллиона] человек во всем мире жили с ВИЧ в 2020 году.
- 1,5 миллиона [1,0–2,0 миллиона] человек заразились ВИЧ в 2020 году.
- 680 000 [480 000–1,0 миллиона] человек умерли от болезней, связанных со СПИДом в 2020 году.
- В 2020 году антиретровирусную терапию получали 27,5 миллиона [26,5–27,7 миллиона] человек.
- 79,3 миллиона [55,9–110 миллионов] человек заразились ВИЧ с начала эпидемии.
- С начала эпидемии от болезней, связанных со СПИДом, умерло 36,3 миллиона [27,2–47,8 миллиона] человек.
Люди, живущие с ВИЧ
- В 2020 году число людей, живущих с ВИЧ, составляло 37,7 [30,2–45,1 миллиона] человек.
- 36,0 миллиона [28,9–43,2 миллиона] взрослых.
- 1,7 миллиона [1,2 миллиона – 2.2 миллиона] детей (0–14 лет).
- 53% всех людей, живущих с ВИЧ, составляли женщины и девочки.
- 84% [67–> 98%] всех людей, живущих с ВИЧ, знали свой ВИЧ-статус в 2020 году.
- Около 6,1 миллиона [4,9–7,3 миллиона] человек не знали, что жили с ВИЧ в 2020 году.
Люди, живущие с ВИЧ, получающие антиретровирусную терапию
- В конце декабря 2020 г., 27.5 миллионов [26,5–27,7 миллиона] человек получали антиретровирусную терапию по сравнению с 7,8 миллиона [6,9–7,9 миллиона] в 2010 году.
- В 2020 г. 73% [56–88%] всех людей, живущих с ВИЧ, имели доступ к лечению.
- 74% [57–90%] взрослых в возрасте 15 лет и старше, живущих с ВИЧ, имели доступ к лечению, как и 54% [37–69%] детей в возрасте 0–14 лет.
- 79% [61–95%] взрослых женщин в возрасте 15 лет и старше имели доступ к лечению; однако только 68% [52–83%] взрослых мужчин в возрасте 15 лет и старше имели доступ.
- 85% [63–> 98%] беременных женщин, живущих с ВИЧ, имели доступ к антиретровирусным препаратам для предотвращения передачи ВИЧ своему ребенку в 2020 году.
Новые ВИЧ-инфекции
- Число новых случаев инфицирования ВИЧ сократилось на 52% с пика в 1997 году.
- В 2020 году около 1,5 миллиона [1,0–2,0 миллиона] человек были инфицированы ВИЧ по сравнению с 3,0 миллиона [2,1–4,2 миллиона] человек в 1997 году.
- Женщины и девочки составили 50% всех новых случаев инфицирования в 2020 году.
- С 2010 года количество новых случаев инфицирования ВИЧ снизилось на 31%, с 2,1 миллиона [1,5–2,9 миллиона] до 1,5 миллиона [1,0–2,0 миллиона] в 2020 году.
- С 2010 г. количество новых случаев инфицирования ВИЧ среди детей снизилось на 53%, с 320 000 [210 000–510 000] в 2010 г. до 150 000 [100 000–240 000] в 2020 г.
Смертность от СПИДа
- Смертность от СПИДа сократилась на 64% с пикового значения в 2004 году и на 47% с 2010 года.
- В 2020 году во всем мире от болезней, связанных со СПИДом, умерло около 680 000 [480 000–1 миллион] человек по сравнению с 1,9 [1,3–2,7 миллиона] человек в 2004 году и 1,3 миллиона [910 000–1,9 миллиона] человек в 2010.
- Смертность от СПИДа снизилась на 53% среди женщин и девочек и на 41% среди мужчин и мальчиков с 2010 года.
COVID-19 и ВИЧ
- Люди, живущие с ВИЧ, испытывают более тяжелые последствия и имеют более высокие сопутствующие заболевания от COVID-19, чем люди, не живущие с ВИЧ.В середине 2021 года большинство людей, живущих с ВИЧ, не имели доступа к вакцинам против COVID-19.
- Исследования, проведенные в Англии и Южной Африке, показали, что риск смерти от COVID-19 среди людей с ВИЧ вдвое выше, чем среди населения в целом.
- В Африке к югу от Сахары проживает две трети (67%) людей, живущих с ВИЧ. Но вакцины против COVID-19, которые могут их защитить, не появляются достаточно быстро. В июле 2021 года менее 3% людей в Африке получили хотя бы одну дозу вакцины от COVID-19.
- Блокировка COVID-19 и другие ограничения помешали тестированию на ВИЧ и во многих странах привели к резкому снижению числа диагнозов и направлений на лечение от ВИЧ.
- Глобальный фонд для борьбы со СПИДом, туберкулезом и малярией сообщил, что, согласно данным, собранным в 502 медицинских учреждениях в 32 странах Африки и Азии, тестирование на ВИЧ снизилось на 41%, а количество направлений для диагностики и лечения уменьшилось на 37% во время первого COVID. -19 блокировок в 2020 году по сравнению с аналогичным периодом 2019 года.
Ключевые группы населения
- В 2020 году на ключевые группы населения (секс-работники и их клиенты, геи и другие мужчины, практикующие секс с мужчинами, потребители инъекционных наркотиков, трансгендеры) и их сексуальные партнеры приходилось 65% ВИЧ-инфекций во всем мире:
- 93% новых случаев инфицирования ВИЧ за пределами Африки к югу от Сахары.
- 39% новых случаев инфицирования ВИЧ в Африке к югу от Сахары.
- Риск заражения ВИЧ составляет:
- В 35 раз выше среди потребителей инъекционных наркотиков.
- В 34 раза выше для трансгендерных женщин.
- В 26 раз выше для секс-работников.
- В 25 раз выше среди геев и других мужчин, практикующих секс с мужчинами.
Женщины
- Каждую неделю около 5000 молодых женщин в возрасте 15–24 лет заражаются ВИЧ.
- В Африке к югу от Сахары шесть из семи новых случаев инфицирования ВИЧ среди подростков в возрасте 15–19 лет приходится на девочек. Молодые женщины в возрасте 15–24 лет в два раза чаще живут с ВИЧ, чем мужчины.Каждую неделю в 2020 году около 4200 девочек-подростков и молодых женщин в возрасте 15–24 лет заражались ВИЧ.
- Более одной трети (35%) женщин во всем мире когда-либо в своей жизни подвергались физическому и / или сексуальному насилию со стороны интимного партнера или сексуальному насилию со стороны другого человека.
- В некоторых регионах вероятность заражения ВИЧ у женщин, подвергшихся физическому или сексуальному насилию со стороны интимного партнера, в 1,5 раза выше, чем у женщин, которые не подвергались такому насилию.
- В странах Африки к югу от Сахары на женщин и девочек приходилось 63% всех новых случаев инфицирования ВИЧ в 2020 году.
90–90–90
- В 2020 году 84% [67–> 98%] людей, живущих с ВИЧ, знали свой ВИЧ-статус.
- Среди людей, знавших свой статус, 87% [67–> 98%] получали лечение.
- А среди людей, обращающихся за лечением, 90% [70–> 98%] имели вирусную супрессию.
- Из всех людей, живущих с ВИЧ, 84% [67–> 98%] знали свой статус, 73% [56–88%] получали лечение, а у 66% [53–79%] вирусная супрессия была в 2020 г.
Инвестиции
- По состоянию на конец 2020 года 21,5 миллиарда долларов США (в постоянных долларах США 2019 года) было доступно для мер в ответ на СПИД в странах с низким и средним уровнем доходов — около 61% приходилось на внутренние источники.
- По оценкам ЮНЭЙДС, в 2025 году для принятия мер в ответ на СПИД в странах с низким и средним уровнем доходов, включая страны, ранее считавшиеся странами с высоким уровнем доходов, потребуется 29 миллиардов долларов США (в постоянных долларах США 2019 года), чтобы приблизиться к положить конец СПИДу как глобальной угрозе общественному здоровью.
Загрузите полную версию для просмотра региональной статистики, глобальных и региональных данных
Подавление иммунитета вирусной инфекцией OsHV-1 вызывает фатальную бактериемию у тихоокеанских устриц
Гоулсон, Д., Николлс, Э., Ботиас, К. и Ротери, Э. Л. Пчелиный упадок, вызванный комбинированным стрессом от паразитов, пестицидов, и отсутствие цветов. Наука 347 , 1255957 (2015).
Артикул Google ученый
Bourne, D. G. et al. Микробное заболевание и коралловый холобионт. Trends Microbiol. 17 , 554–562 (2009).
CAS Статья Google ученый
Гуо, X. и Форд, С. Е. Инфекционные болезни морских моллюсков и реакции хозяев, выявленные с помощью геномных инструментов. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 371 , 20150206 (2016).
Артикул Google ученый
FAO. Crassostrea gigas (Тунберг, 1793). Информационные бюллетени о видах — Продовольственная и сельскохозяйственная организация Объединенных Наций , (Продовольственная и сельскохозяйственная организация Объединенных Наций, Италия, 2014 г.).
Samain, J.-F. И Мак Комби, Х. Летняя смертность тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas . НАИБОЛЕЕ ПРОЕКТ . 400 с. (QUAE, Франция, 2008 г.).
EFSA, Po. А. Х. В. Устричная смертность. FASEB J. 13 , 4u22–4n / au22 (2015).
Google ученый
Пол-Понт, И., Дханд, Н. К. и Уиттингтон, Р. Дж. Влияние методов разведения на смертность тихоокеанских устриц Crassostrea gigas, связанную с OsHV-1. Аквакультура 412 , 202–214 (2013).
Артикул Google ученый
Барбоса Соломье В., Рено Т. и Трэверс М. А. Массовая смертность двустворчатых моллюсков и сложный случай тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas. J. Invertebr. Патол. 131 , 2–10 (2015).
Артикул Google ученый
Pernet, F. et al. Массовая гибель тихоокеанских устриц Crassostrea gigas отражает инфекционные заболевания и варьируется в зависимости от методов ведения сельского хозяйства в средиземноморской лагуне Тау, Франция. Aquacult Env Inter. 2 , 215–237 (2012).
Артикул Google ученый
Azema, P. et al. Генетические параметры устойчивости к инфекциям Vibrio aestuarianus и OsHV-1 у тихоокеанской устрицы, Crassostrea gigas, на трех разных стадиях жизни. Genet. Sel. Evol. 49 , 23 (2017).
Артикул Google ученый
Ле Ру Ф., Вегнер К. М. и Польз М. Ф. Устрицы и вибрионы как модель динамики болезней диких животных. Trends Microbiol. 24 , 568–580 (2016).
Артикул Google ученый
Petton, B. et al. Смертность от Crassostrea gigas во Франции: обычный подозреваемый, вирус герпеса, не может быть причиной этого полимикробного оппортунистического заболевания. Фронт. Microbiol. 6 , 686 (2015).
Артикул Google ученый
Петтон Б., Пернет Ф., Роберт Р. и Будри П. Влияние температуры на передачу патогенов и последующую смертность молоди тихоокеанских устриц Crassostrea gigas. Aquacult Env Inter. 3 , 257–273 (2013).
Артикул Google ученый
Segarra, A. et al. Обнаружение и описание конкретного генотипа острейского герпеса 1, связанного с массовыми вспышками смертности тихоокеанских устриц, Crassostrea gigas, во Франции в 2008 г. Virus Res. 153 , 92–99 (2010).
CAS Статья Google ученый
Martenot, C., Oden, E., Travaille, E., Malas, J. P., Houssin, M. Обнаружение различных вариантов Ostreid Herpesvirus 1 у тихоокеанских устриц, Crassostrea gigas в период с 2008 по 2010 год. Virus Res. 160 , 25–31 (2011).
CAS Статья Google ученый
Renault, T. et al. Анализ клинических образцов вируса герпеса 1 остреид (Malacoherpesviridae) путем секвенирования амплифицированных фрагментов из трех областей генома вируса. J. Virol. 86 , 5942–5947 (2012).
CAS Статья Google ученый
Peeler, E.J. et al. Исследование смертности тихоокеанских устриц, связанной с muVar герпесвирусом острейд-1, в Ирландии в 2009 г. Пред. Вет. Med. 105 , 136–143 (2012).
Артикул Google ученый
Линч, С.A., Carlsson, J., Reilly, A.O., Cotter, E. & Culloty, S.C. Ранее не описанный генотип вируса острейдного герпеса 1 (OsHV-1), обнаруженный у тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas в Ирландии. Паразитология 139 , 1526–1532 (2012).
CAS Статья Google ученый
Abbadi, M. et al. Идентификация недавно описанной микроварки OsHV-1 из Северного Адриатического моря (Италия). J. Gen. Virol. 99 , 693–703 (2018).
Артикул Google ученый
Burioli, E. A. V., Prearo, M. & Houssin, M. Полная последовательность генома микровариантного вируса герпеса острейд типа 1, выделенного во время гибели тихоокеанских устриц Crassostrea gigas во Франции и Ирландии. Вирусология 509 , 239–251 (2017).
CAS Статья Google ученый
Lemire, A. et al. Единицей патогенеза вибрионов у естественно инфицированных устриц являются популяции, а не клоны. ISME J. 9 , 1523–1531 (2015).
Артикул Google ученый
Bruto, M. et al. Vibrio crassostreae, доброкачественный колонизатор устриц, превратился в патоген после приобретения плазмиды. ISME J. 11 , 1043–1052 (2017).
Артикул Google ученый
Локмер, А., Кюнцель, С., Бейнс, Дж. И Вегнер, К. М. Роль тканеспецифической микробиоты в первоначальном успехе при укоренении тихоокеанских устриц. Environ Microbiol 18 , 970–987 (2015).
Артикул Google ученый
Локмер А. и Матиас Вегнер К. Микробиом гемолимфы тихоокеанских устриц в ответ на температуру, температурный стресс и инфекцию. ISME J. 9 , 670–682 (2015).
CAS Статья Google ученый
Wendling, C.C. и Wegner, K.M. Адаптация к смене врага: быстрая эволюция устойчивости к местным видам Vibrio spp. у инвазивных тихоокеанских устриц. Proc. Биол. Sci. 282 , 20142244 (2015).
Артикул Google ученый
Segarra, A. et al. Репликация вируса остреидного герпеса типа 1 и реакция хозяина у взрослых тихоокеанских устриц, Crassostrea gigas. Вет. Res. 45 , 103 (2014).
Артикул Google ученый
He, Y. et al. Анализ транскриптома показывает сильный и сложный противовирусный ответ у моллюска. Рыба. Моллюски. Иммунол. 46 , 131–144 (2015).
CAS Статья Google ученый
Degremont, L., Nourry, M. & Maurouard, E. Массовый отбор на выживаемость и устойчивость к инфекции OsHV-1 у Crassostrea gigas spat в полевых условиях: реакция на отбор через четыре поколения. Аквакультура 446 , 111–121 (2015).
Артикул Google ученый
Ле Ру Ф. Диагностика вибриоза в эпоху геномики: уроки беспозвоночных. Rev. Sci. Tech. 35 , 259–269 (2016).
Артикул Google ученый
Davison, A.J. et al. Новый класс вируса герпеса с двустворчатыми хозяевами. J. Gen. Virol. 86 , 41–53 (2005).
CAS Статья Google ученый
Renault, T. et al. Генотипирование микросателлитного локуса для дифференциации клинических образцов вируса острейского герпеса 1. Вет. Res. 45 , 3 (2014).
Артикул Google ученый
Рено, Т., Букет, А. Л., Морис, Дж. Т., Lupo, C. & Blachier, P. Инфекция вируса герпеса 1 острейд среди тихоокеанских устриц, Crassostrea giga, spat: репликация и циркуляция вируса, связанные с температурой воды до наступления смертности. Appl Environ Microbiol 80 , 5419–5426 (2014).
Артикул Google ученый
Bachere, E. et al. Новое понимание антимикробной защиты устриц: клеточный, молекулярный и генетический взгляд. Рыба.Моллюски. Иммунол. 46 , 50–64 (2015).
CAS Статья Google ученый
Schmitt, P. et al. Антимикробная защита тихоокеанской устрицы, Crassostrea gigas. Как разнообразие может компенсировать дефицит в регуляции резидентной / патогенной микрофлоры. Фронт. Microbiol. 3 , 160 (2012).
Артикул Google ученый
Gonzalez, M. et al. Доказательства наличия у устриц внеклеточной супероксиддисмутазы плазмы, которая связывает ЛПС. Biochem. Биофиз. Res. Commun. 338 , 1089–1097 (2005).
CAS Статья Google ученый
Lafont, M. et al. Длительное противовирусное праймирование врожденного иммунитета у лофотрохозойной тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas. Sci. Отчетность 7 , 13143 (2017).
ADS Статья Google ученый
Martenot, C., Gervais, O., Chollet, B., Houssin, M. & Renault, T. Гемоциты, собранные у экспериментально инфицированных тихоокеанских устриц, Crassostrea gigas: обнаружение ДНК, РНК и белков остреидного герпеса 1 торможение апоптоза. PLoS ONE 12 , e0177448 (2017).
Артикул Google ученый
Yang, L. et al. ВИЧ-индуцированная иммуносупрессия связана с колонизацией проксимального отдела кишечника бактериями окружающей среды. AIDS 30 , 19–29 (2016).
CAS PubMed PubMed Central Google ученый
Миллер Л. К. Толкование ИПД: спасение и сюрпризы из мотивов БИР. Trends Cell Biol. 9 , 323–328 (1999).
CAS Статья Google ученый
Грин, Т. Дж., Роллан, Дж. Л., Вергнес, А., Рафтос, Д.И Монтаньяни, C. Противодействие OsHV-1 противовирусному ответу тихоокеанских устриц. Рыба. Моллюски. Иммунол. 47 , 435–443 (2015).
CAS Статья Google ученый
Gao, F. X. et al. Различная устойчивость к герпесвирусу и иммунные ответы трех гиногенетических клонов карпа гибеля, выявленные с помощью комплексных транскриптомов. BMC Genom. 18 , 561 (2017).
Артикул Google ученый
Alizon, S., Luciani, F. & Regoes, R.R. Эпидемиологические и клинические последствия эволюции внутри хозяина. Trends Microbiol. 19 , 24–32 (2011).
CAS Статья Google ученый
Duneau, D. et al. Стохастическая вариация в начальной фазе бактериальной инфекции предсказывает вероятность выживания D. melanogaster. Элиф 6 , e28298 (2017).
Софонеа, М. Т., Ализон, С. и Михалакис, Ю. Выявление разнообразия множественных схем заражения. J. Theor. Биол. 419 , 278–289 (2017).
Артикул Google ученый
Рико-Вилла, Б., Пувро, С. и Роберт, Р. Влияние плотности и температуры пищи на поедание, рост и расселение личинок тихоокеанских устриц, Crassostrea gigas. Аквакультура 287 , 395–401 (2009).
Артикул Google ученый
Gonzalez, M. et al. Доказательства бактерицидного белка, повышающего проницаемость у беспозвоночных, Crassostrea gigas Cg-BPI. Proc. Natl Acad. Sci. США 104 , 17759–17764 (2007).
ADS CAS Статья Google ученый
Suquet, M. et al. Анестезия при тихоокеанской устрице, Crassostrea gigas. Aquat. Живой ресурс. 22 , 29–34 (2009).
CAS Статья Google ученый
Schikorski, D. et al. Экспериментальное заражение косы тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas вирусом остреидного герпеса 1: демонстрация восприимчивости косы устрицы. Вет. Res. 42 , 27 (2011).
Артикул Google ученый
Гокс, Дж., Некрутенко, А., Тейлор, Дж. И Галактика, Т. Галактика: комплексный подход для поддержки доступных, воспроизводимых и прозрачных вычислительных исследований в науках о жизни. Genome Biol. 11 , R86 (2010).
Артикул Google ученый
Blankenberg, D. et al. Манипулирование данными FASTQ с помощью Galaxy. Биоинформатика 26 , 1783–1785 (2010).
CAS Статья Google ученый
Zhang, G. et al. Геном устриц выявляет стрессовую адаптацию и сложность формирования раковины. Природа 490 , 49–54 (2012).
ADS CAS Статья Google ученый
Dobin, A. et al. STAR: сверхбыстрый универсальный выравниватель RNA-seq. Биоинформатика 29 , 15–21 (2013).
CAS Статья Google ученый
Anders, S., Pyl, P. T. & Huber, W. HTSeq — среда Python для работы с данными высокопроизводительного секвенирования. Биоинформатика 31 , 166–169 (2015).
CAS Статья Google ученый
Лав М. И., Хубер В. и Андерс С. Умеренная оценка кратного изменения и дисперсии данных РНК-seq с помощью DESeq2. Genome Biol. 15 , 550 (2014).
Артикул Google ученый
Buchfink, B., Xie, C. и Huson, D. H. Быстрое и чувствительное выравнивание белков с помощью DIAMOND. Nat. Методы 12 , 59–60 (2015).
CAS Статья Google ученый
Conesa, A. et al. Blast2GO: универсальный инструмент для аннотации, визуализации и анализа в исследованиях функциональной геномики. Биоинформатика 21 , 3674–3676 (2005).
CAS Статья Google ученый
Райт, Р. М., Аглямова, Г. В., Мейер, Э. и Мац, М. В. Экспрессия генов, ассоциированная с белыми синдромами у кораллов, строящих риф, Acropora hyacinthus. BMC Genom. 16 , 371 (2015).
Артикул Google ученый
Saeed, A. I. et al. TM4: бесплатная система с открытым исходным кодом для управления и анализа данных микрочипов. Biotechniques 34 , 374–378 (2003).
CAS Статья Google ученый
Li, H. et al. Формат выравнивания / карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика 25 , 2078–2079 (2009).
Артикул Google ученый
Langmead, B. & Salzberg, S. L. Быстрое выравнивание по пробелам и считыванию с Bowtie 2. Nat. Методы 9 , 357–359 (2012).
CAS Статья Google ученый
Клиндворт, А.и другие. Оценка общих праймеров для ПЦР гена 16S рибосомной РНК для классических исследований и исследований разнообразия на основе секвенирования следующего поколения. Nucleic Acids Res. 41 , e1 (2013).
CAS Статья Google ученый
Мансерг, С. и Зер, Дж. П. Разнообразие и динамика вибрионов в районе апвеллинга залива Монтерей. Фронт. Microbiol. 5 , 48 (2014).
Артикул Google ученый
Pfaffl, M. W. Новая математическая модель для относительного количественного определения в RT-PCR в реальном времени. Nucleic Acids Res. 29 , e45 (2001).
CAS Статья Google ученый
Bueno, R., Perrott, M., Dunowska, M., Brosnahan, C. & Johnston, C. Гибридизация in situ и гистопатологические наблюдения во время гибели тихоокеанских устриц Crassostrea gigas, связанных с вирусом герпеса-1 остреид. Dis.Акват. Орган. 122 , 43–55 (2016).
CAS Статья Google ученый
Escudie, F. et al. ЛЯГУШКИ: быстро находите OTU с галактическим решением. Биоинформатика 34 , 1287–1294 (2018).
Артикул Google ученый
Magoc, T. & Salzberg, S. L. FLASH: быстрая корректировка длины коротких считываний для улучшения сборки генома. Биоинформатика 27 , 2957–2963 (2011).
CAS Статья Google ученый
Мартин, М. Кутадапт удаляет последовательности адаптеров из считываний высокопроизводительного секвенирования. EMBnet j. 17 , 10–12 (2011).
Артикул Google ученый
Mahe, F., Rognes, T., Quince, C., de Vargas, C. & Dunthorn, M.Swarm: надежный и быстрый метод кластеризации для исследований на основе ампликонов. PeerJ 2 , e593 (2014).
Артикул Google ученый
Rognes, T., Flouri, T., Nichols, B., Quince, C. & Mahe, F. VSEARCH: универсальный инструмент с открытым исходным кодом для метагеномики. PeerJ 4 , e2584 (2016).
Артикул Google ученый
Мак-Мерди, П. Дж. И Холмс, С. phyloseq: пакет R для воспроизводимого интерактивного анализа и графики данных переписи микробиома. PLoS ONE 8 , e61217 (2013).
ADS CAS Статья Google ученый
Инфекция, генетика и эволюция — Журнал
Объявление : с января 2022 года журнал Инфекция, генетика и эволюция станет журналом с открытым доступом. Авторы, опубликовавшие в Infection, Genetics and Evolution , смогут сделать свою работу немедленно, постоянно и свободно доступной.
Инфекция, генетика и эволюция продолжает работать с теми же целями и объемом, редакционным коллективом, системой подачи заявок и тщательной экспертной оценкой.
Инфекция, генетика и эволюция Авторы оплачивают сбор за публикацию статьи (APC), имеют возможность выбора лицензионных вариантов и сохраняют авторские права на свои опубликованные работы. APC будет запрошен после экспертной оценки и принятия. Оплата APC потребуется для всех принятых статей, представленных после 1 октября 2021 года. APC для Infection, Genetics and Evolution будет составлять 2550 долларов США (без налогов).
Обратите внимание: : Авторы, представившие свою статью не позднее 30 сентября 2021 года, будут бесплатно опубликовать принятую статью в Infection, Genetics and Evolution . Авторам, представившим свои статьи после этой даты, будет предложено оплатить APC. Для получения более подробной информации посетите нашу страницу часто задаваемых вопросов.
Инфекционные болезни представляют собой один из основных вызовов медицинской науке в грядущем веке. Впечатляющее развитие молекулярных мегатехнологий и биоинформатики значительно расширило наши знания об эволюции, передаче и патогенности инфекционных заболеваний.Исследования показали, что восприимчивость хозяина ко многим инфекционным заболеваниям имеет генетическую основу. Кроме того, сейчас многое известно о молекулярной эпидемиологии, эволюции и вирулентности патогенных агентов, а также об их устойчивости к лекарствам, вакцинам и антибиотикам. Точно так же исследования генетики переносчиков болезней значительно улучшили наше понимание их систематики, увеличили нашу способность определять целевые группы для контроля или вмешательства и предоставили подробную информацию о механизмах устойчивости к инсектицидам.
Однако генетика и эволюционная биология хозяев, патогенов и переносчиков имели тенденцию развиваться как три отдельные области исследований. Эта искусственная компартментализация вызывает озабоченность из-за того, что мы все больше понимаем сильные коэволюционные взаимодействия между хозяевами, патогенами и переносчиками.
Инфекция, генетика и эволюция и сопутствующий ему конгресс MEEGID (для Молекулярная эпидемиология и Эволюционная генетика инфекционных болезней) являются основным форумом, действующим для взаимного обогащения между эволюционными исследованиями и биомедицинскими исследованиями. болезни.
Инфекция, генетика и эволюция — единственный журнал, который приветствует статьи, посвященные генетике, и эволюционной биологии хозяев, патогенов и переносчиков, а также процессам совместной эволюции между ними в связи с инфекциями и проявлениями болезней.