| № п/п | Подразделение | Занимаемая должность | Фамилия, Имя, Отчество | Телефон (код) |
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
| 1 | Начальник территориального отдела, Главный государственный санитарный врач по Южному административному округу г. Москвы | Штифанова Виктория Викторовна | 8-495-925-00-71 | |
| 2 | Заместитель начальника территориального отдела — заместитель главного государственного санитарного врача
И.о. заместителя начальника территориального отдела — заместителя главного государственного санитарного врача | Михейкина Ирина Анатольевна
Пименова Татьяна Павловна | 8-495-925-00-71
8-495-925-00-71 | |
| 3 | Вопросы организации надзора, координации деятельности и документооборота | Заместитель начальника территориального отдела | Судаков Дмитрий Евгеньевич | 8-495-925-00-71 доб.2-46 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-59, 3-50 | |||
| 4 | Секретарь | Приемная | 8-495-925-00-71 доб.3-22 | |
| 5 | Юридическое обеспечение | Заместитель начальника территориального отдела | Арсланова Инара Игоревна | доб.2-55 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-43, 2-49 | |||
| 6 | Эпидемиологический надзор | Главный специалист-эксперт | Гордовская Ирина Владимировна | 8-495-925-00-71 доб.3-46 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-28, доб.2-29,2-19 | |||
| 7 | Канцелярия | Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб. 1-73 | |
| 8 | Регистрация и лицензирование | Главный специалист-эксперт | Берстенева Екатерина Геннадиевна | 8-495-925-00-71 |
| 9 | Надзор защиты прав потребителей | Главный специалист-эксперт | Волобуев Дмитрий Иванович | 8-495-925-00-71 доб. 2-57 |
| Сотрудники | 8-499-725-34-14 8-495-925-00-71 доб.3-47, доб.3-41, доб.2-57, | |||
| 10 | Надзор за объектами коммунально-бытового назначения | Заместитель начальника территориального отдела | Ермакова Ирина Алексеевна | 8-495-925-00-71 доб.2-37 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-40, доб.2-17 | |||
| Надзор за лечебно-профилактическими учреждениями | Заместитель начальника территориального отдела | Пименова Татьяна Александровна | 8-495-925-00-71 доб.2-33 | |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-32 доб.2-34 | |||
| 12 | Надзор за условиями труда, надзор за неионизирущими излучениями, надзор за средой | Заместитель начальника территориального отдела — заместитель главного государственного санитарного врача | Михейкина Ирина Анатольевна | 8-495-925-00-71 доб.2-47 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-54, доб.2-48, доб.2-50 | |||
| 13 | Надзор за радиационной гигиеной | Главный специалист-эксперт | Левитина Инна Сергеевна | 8-495-925-00-71 доб.2-42 |
| 14 | Надзор за питанием населения | Заместитель начальника территориального отдела | Баженова Елена Анатольевна | 8-495-925-00-71 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-60, доб.2-61, доб.2-62, 3-48 | |||
| 15 | Надзор за услугами и товарами детей и подростков | Главный специалист-эксперт | Севостьянова Людмила Ивановна | 8-495-925-00-71 доб. 2-27 |
| Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-35, доб.2-26, доб.2-27 | |||
| 16 | Надзор социально-гигиенического мониторинга | Сотрудники | 8-495-925-00-71 доб.2-41 | |
| 17 | Общественная приемная | Специалисты по защите прав потребителей «Горячая линия» | Специалисты | 8-499-725-34-14 |
| Специалисты по санитарно – эпидемиологическому благополучию | 8-495-925-00-71 | |||
| Регистрация обращений граждан | 8-495-925-00-71 доб. 1-73 | |||
| «Горячая линия» по вопросам защиты прав потребителей по услугам почтовой связи | 8-495-925-00-71 доб. 2-43 |
Общество защиты прав потребителей в ЮАО города Москвы. Роспотребнадзор. Адрес ОЗПП. Консультация юриста по ОЗПП
Название: Московское общество защиты потребителей
Адрес: 101000, г. Москва, ул. Мясницкая, д. 44/1, стр. 3
Телефоны:8(495)623-11-70, 8(495)625-49-59, 8(495)625-43-23
http://mozp.org/
Название: ОЗПП «Резонанс»
Адрес: 105120 г. Москва, Хлебников пер., 9
Телефоны:+7(915) 399-2-888 +7(495) 671-0523
http://www.zonaprav.ru/
Название: ГОРОДСКОЕ ОБЩЕСТВО ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ
Адрес: 107207, г. Москва, метро Щелковская, ул. Уральская, дом 6, корпус 1, этаж 2, офис 25
Телефоны:(495) 233-30-98 (499) 508-53-28
http://gozpp.ru/
Название: Роспотребнадзор, Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Москве
Адрес: 129626, г. Москва, Графский переулок, д. 4/9
Телефоны:(495) 687 – 40 — 35
Режим работы: понедельник-четверг: c 9:00 до 17:30 пятница c 9:00 до 16:30 обед с 13:00 до 13:45
Информацию о регистрации письменных и электронных обращений и запросов организаций и граждан, поступивших в Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Москве, можно получить ежедневно с 9:00 до 18:00 по телефону (495) 687-36-08 Время регистрации уведомлений: понедельник-четверг: c 10:00 до 17:00 пятница c 10:00 до 16:00 обед с 13:00 до 13:45 Информация о регистрации уведомлений о начале осуществления предпринимательской деятельности, поступивших в Управление Федеральной службу по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Москве по почте можно получить ежедневно с 9:00 до 18:00 по телефону 616-62-84. Проезд: Место расположения: между станциями метро Рижская и Алексеевская. От станции метро Алексеевская пешком в сторону центра по проспекту Мира (при выходе из метро повернуть налево) 7-10 минут. От станции метро Рижская на любом троллейбусе или автобусе № 714, маршрутное такси № 714, первая остановка. Пройти вперед до первого поворота направо.
Контролирующий орган осуществляет в плановом и внеплановом порядке проверки индивидуальных предпринимателей, организаций и учреждений. При нарушении продавцом (поставщиком услуг) ваших прав как потребителя, Роспотребнадзор в ЮАО города Москвы окажет вам помощь. Сообщение подать можно почтовым отправлением с уведомлением, электронно через сайт местного надзорного органа, лично.
Получив заявление, Роспотребнадзор в ЮАО города Москвы осуществляет проверку трудовых договоров, квалификацию сотрудников, помещений, наличия ценников и акцизных документов. При выявлении нарушений могут осуществляться контрольные закупки, отборы проб и образцов продукции для исследований. Администрация по запросу проверяющих обязана передать всю необходимую документацию. Производственные помещения оцениваются по наличию вентиляции, освещения, запыленности и другим характеристикам. Все показатели должны соответствовать проекту, СанПиНу и другим существующим стандартам.
За несоблюдение законодательства установлена административная ответственность. На лиц, совершивших правонарушения, Роспотребнадзор в ЮАО города Москвы может наложить административный штраф. В случае крупных нарушений возможно приостановление деятельности компании. Эксплуатация сооружений, оборудования и других объектов при этом временно ограничивается.
Служба защиты прав потребителей в ЮАО города Москвы также обеспечивает правовую поддержку организациям и гражданам при нарушении их потребительских прав. Через сайт общества защиты прав потребителей или лично в ОЗПП вы получите исчерпывающие консультации по использованию соответствующих законодательных норм в этой сфере. В интересах неопределенной структуры потребителей, отдельного гражданина или конкретной группы общество ЗПП может предъявить иски в суд и оформить претензии как при их обращении, так и самостоятельно.
Даже при выигранном судебном деле получить с нарушителя деньги не всегда возможно. В таких случаях служба защиты прав потребителей в ЮАО города Москвы окажет помощь в сопровождении исполнения постановлений и решений суда в соответствии с законодательством РФ.
Общество по защите прав потребителей
Правовая энциклопедия
Роспотребнадзор отобрал пробы воздуха в районе пожара на газозаправочной станции на юге Москвы — Агентство городских новостей «Москва»
Роспотребнадзор отобрал пробы воздуха в районе пожара на газозаправочной станции на юге Москвы
02.11.2020 20:01
Теги: Экология , Воздух , ЮАО , Пожары , Роспотребнадзор , Москва
Сотрудники столичного управления Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор) отобрали пробы воздуха у жилых домов после пожара на газозаправочной станции на юге столицы. Об этом сообщает пресс-служба управления Роспотребнадзора по Москве.
«Управление Роспотребнадзора по Москве в связи с информацией о пожаре, произошедшем 2 ноября в Южном административном округе (ЮАО) Москвы на складе с газовыми баллонами по адресу: ул. Газпровод, д. 4а сообщает, что с целью оценки уровней загрязнения атмосферного воздуха на территории жилой застройки организован выезд лаборатории окружного филиала ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» для отбора проб и проведения лабораторных исследований атмосферного воздуха на содержание веществ, свойственных процессу горения», — говорится в сообщении.
Как уточняется, территория жилой застройки расположена на расстояниях от 150 до 450 м от объекта возгорания.
«Отбор проб атмосферного воздуха проведен на территории жилой застройки по Варшавскому шоссе, д. 141, корп. 12, Варшавское шоссе, д. 141а, корп. 3 (на уровне первого и последнего этажей жилых домов) на содержание веществ, свойственных процессу горения, а именно диоксида азота, оксида углерода, диоксида серы, сажи, фенола, формальдегида, взвешенных веществ, смеси углеводородов. О результатах лабораторных исследований будет сообщено дополнительно. Ситуация по состоянию атмосферного воздуха находится на оперативном контроле территориального отдела управления Роспотребнадзора по Москве в ЮАО Москвы», — добавили в пресс-службе.
Ранее источник в экстренных службах сообщил Агентству городских новостей «Москва» о возгорании на газозаправочной станции на ул. Газопровод. По данным столичного управления МЧС, пожар происходил в помещении, внутри которого находились газовые баллоны. В ходе возгорания строение обрушилось. Позднее пожар ликвидировали. Информации о пострадавших не поступало.
Рубрика: Общество
Ссылка на материал: https://www.mskagency.ru/materials/3056811
Роспотребнадзор юао официальный
информационный не официальный сайт об управлении Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Москве
Территориальный отдел Роспотребнадзора Москвы ЮАО
Территориальный отдел Управления Роспотребнадзора по городу Москве в ЮЖНОМ АО города Москвы (индекс отдела 24)
Штифанова Виктория Викторовна, телефон:-78-49,доб. 4-12
Г. Москва, Ореховый бульвар, д.26, кор. 2.
Бесплатная юридическая консультация:
Подразделение
Занимаемая должность
Фамилия, Имя, Отчество
Телефон (код)
Бесплатная юридическая консультация:
Начальник территориального отдела, Главный государственный санитарный врач по Южному административному округу г. Москвы
Бесплатная юридическая консультация:
Штифанова Виктория Викторовна
Заместитель Главного государственного санитарного врача по Южному административному округу г. Москвы
Михейкина Ирина Анатольевна
Бесплатная юридическая консультация:
Заместитель начальника территориального отдела
Судаков Дмитрий Евгеньевич
Парфенова Анжелика Алексеевна
Бесплатная юридическая консультация:
Юридическое обеспечение
Заместитель начальника территориального отдела
Арсланова Инара Игоревна
доб.2-43, 2-49
Эпидемиологический надзор
Бесплатная юридическая консультация:
Гордовская Ирина Владимировна
доб.2-20, доб.2-29
Канцелярия
Никашина Лилия Констатиновна
Бесплатная юридическая консультация:
Регистрация и лицензирование
Надзор защиты прав потребителей
Заместитель начальника территориального отдела
Арсланова Инара Игоревна
Бесплатная юридическая консультация:
доб.3-41, доб.3-47, доб.2-57,
Надзор за объектами коммунально-бытового назначения
Заместитель начальника территориального отдела
Ермакова Ирина Алексеевна
Бесплатная юридическая консультация:
доб.2-40, доб.2-17, доб.2-38
Надзор за лечебно-профилактическими учреждениями
Заместитель начальника территориального отдела по Южному АО г.Москвы
Пименова Татьяна Александровна
Бесплатная юридическая консультация:
доб.2-31 доб.2-32 доб.2-34
Надзор за условиями труда, надзор за неионизирущими излучениями, надзор за средой
Заместитель начальника территориального отдела, зам главного государственного врача по Южному АО г.Москвы
Михейкина Ирина Анатольевна
доб.2-48, доб.2-54, доб.2-52, доб.2-46, доб.2-50
Бесплатная юридическая консультация:
Надзор за радиационной гигиеной
Левитина Инна Сергеевна
Надзор за питанием населения
Заместитель начальника территориального отдела
Бесплатная юридическая консультация:
Роспотребнадзор Москвы — Официальный сайт территориального отделения
Управление Роспотребнадзора по городу Москва является федеральным филиалом. Основная функция — выполнение надзора в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Филиал является юридическим лицом и действует согласно Конституции Российской Федерации. Само управление по Москве делится на окружные территориальные отделы. Главным врачом является Иваненко Александр Валентинович.
Если вам нужна помощь юриста по защите прав потребителя, оставьте свою заявку в форме ниже. Юристы не консультируют по времени работы учреждений Роспотребнадзора.
Ниже приведены контакты и адреса Федерального филиала и его отделов.
Адрес, телефон горячей линии и официальный сайт
Адрес:, г. Москва, Графский переулок, д. 4, корп. 2, 3, 4. Телефон (круглосуточный): . Время приема обращений граждан:
- понедельник — четверг: c 9:00 до 17:30;
- пятница: c 9:00 до 16:30;
- обед: с 13:00 до 13:45.
Контакты территориальных отделений Роспотребнадзора Москвы
Для удобства навигации, выберите свой округ и страница прокрутится до нужного положения.
Бесплатная юридическая консультация:
Центральный административный округ
Адрес:, Москва, улица Кузнецкий мост, д. 1/8. Телефон горячей линии: Регистрация обращений граждан: Полная информация по структуре подразделения: сайт
Северный административный округ
Адрес:, Москва, улица Адмирала Макарова, д. 10, строение 1. Полная информация по структуре подразделения: сайт
Восточный административный округ
Адрес:г. Москва, 2-я Владимирская, д. 46, корп. 2. Телефон горячей линии: Полная информация по структуре подразделения: сайт
Южный административный округ
Адрес:, г. Москва, Ореховый бульвар, д. 26, корп. 2. Телефон горячей линии: доб. 248 или 244 Полная информация по структуре подразделения: сайт
Западный административный округ
Адрес:г. Москва, Большая Филевская, д. 33. Полная информация по структуре подразделения: сайт
Бесплатная юридическая консультация:
Северо-Западный административный округ
Адрес:г. Москва, ул. Академика Курчатова, д. 17. Полная информация по структуре подразделения: сайт
Северо-Восточный административный округ
Адрес:, г. Москва, ул. Бажова, д. 8. Телефон горячей линии: Полная информация по структуре подразделения: сайт
Юго-Восточный административный округ
Адрес:г. Москва, Волгоградский проспект, д. 113, корп. 5. Телефон горячей линии: Полная информация по структуре подразделения: сайт
Юго-Западный административный округ
Адрес:г. Москва, ул. Бутлерова, д. 7а. Полная информация по структуре подразделения: сайт
Зеленоградский административный округ
Адрес:, Москва, Зеленоград, Каштановая аллея, владение 6, строение 1. Полная информация по структуре подразделения: сайт
Бесплатная юридическая консультация:
Муниципальный район Внуково, Аэропорт Внуково
Адрес:, Москва, ул. Центральная, д.2.
Инновационный центр «Сколково»
Адрес:г. Москва, ул. Центральная, дом 2, г. Москва, территория инновационного центра «Сколково», ул. Луговая, дом 4, корпус 5 Телефон: Полная информация по структуре подразделения: сайт
Троицкий и Новомосковский административные округа
Включает поселения: Внуковское, Вороновское, Воскресенское, Десеновское, Киевский, Кленовское, Кокошкино, Краснопахорское, Марушкинское, Михайлово, Ярцевское, Московский, «Мосрентген», Новофедоровское, Первомайское, Роговское, Рязановское, Сосенское, Троицк, Филимонковское, Щаповское, Щербинка Адрес:, г. Москва, ул. Большая Черемушкинская, д. 24, стр. 1. Полная информация по структуре подразделения: сайт
Описание сервисов официального сайта
Опишем некоторые возможности официального сайта управления Роспотребнадзора.
- Об управлении — здесь можно прочитать полную информацию по истории создания федерального отделения, структуру ведомства с указанием должностных лиц. Также на сайте размещен план проведения мероприятий по проверке (график проверок) в городе Москва.
- Документы — размещены правовые документы, решения, акты и постановления. Эта информация может быть использована для отслеживания изменений в правилах ведения бизнеса и функционирования предприятий.
- Вопросы и ответы — раздел, как следует из названия, содержит развернутые ответы на популярные вопросы пользователей официального сайта.
- Кадры государственной службы — содержит список открытых вакансий и сведения о действующих руководителях управления.
Небольшое видео по теме: последние результаты проверок Роспотребнадзора по Москве.
Бесплатная юридическая консультация:
Роспотребнадзор юао г москвы официальный сайт
Отдел Управления Роспотребнадзора по Южному АО города Москвы Главный санитарный врач: Штифанова Виктория Викторовна Адрес:, г. Москва, Ореховый бульвар, дом 26 корпус 2 Телефоны: главврач регистрация и лицензирование надзор за объектами коммунально-бытового назначения отдел надзора в сфере защиты прав потребителей
Общественная приемная: специалист по защите прав потребителей по услугам почтовой связи по санитарно-эпидемиологическому благополучию
Часы приема обращений граждан С понедельник по четверг 9::30 Пятница 9::30 Перерыв 13::45
Центр гигиены и эпидемиологии СЭС по ЮАО Адрес: г. Москва, Ореховый бульвар, дом 26 корпус 2 Телефоны СЭС: главный врач отдел гигиенической подготовки и аттестации микробиологическая лаборатория оформление медицинской книжки
Бесплатная юридическая консультация:
Часы работы С понедельника по пятницу 9::00
Прием по вопросам оформления медицинских книжек С понедельника по пятницу 9::00 Перерыв 12::15 Прием организаций 13::00
Обзор крупнейших предприятий Москвы
О том, что Москва один из крупных городов планеты наряду с Нью-Йорком, Лондоном, Токио наверное знает каждый житель страны или иностранец, но совсем не каждый сможет назвать точную дату основания города или площадь, учитывая, что размеры города растут с каждым годом.
А вопрос о расширении границ Москвы волнует правительство столицы уже последние несколько лет. Что именно производят Москве, смогут, пожалуй, назвать его жители или может даже те, кто работает на заводах и фабриках Москвы, которых в столице, как оказалось, не так уж и мало.
Бесплатная юридическая консультация:
Численность населения — 11,629 миллиона жителей (по данным Росстата на 1 января 2012 года) Площадь Москвыквадратный километр, и это наверное не окончательная цифра. Год основания Москвы – 1147. Территориальное деление – 10 административных округов. Бюджет на 2012 год – более 50 миллиардов долларов, Самый крупный по численности населения и площади округ – Восточный или ВАО.
Основу бюджета Москвы составляют налоги, уплачиваемые в городской бюджет города крупными предприятиями, которые зарегистрированы здесь. Более половины всех Российских банков зарегистрированы в Москве. Штаб квартиры многих торговых компаний находятся в Москве, а поставка оборудования и товаров осуществляется из столицы в остальные регионы страны. Это обусловлено не только транспортной доставкой из центра по остальным регионам, но и исторически – с момента основания город являлся в первую очередь купеческим и торговым центром государства. Этот факт действителен до сих, что помогает оставаться столице лидером по уровню жизни и размеру зарплат в стране.
Что производят и продают в Москве
Более 20 крупных торговых сетей супермаркетов представлено в Москве. Самая распространенная и известная пожалуй любому жителю столицы — это Седьмой континент, насчитывающая свыше 100 супермаркетов. Есть также региональные сети, такие как Ситистор, Ашан, Метро Кэш энд Керри, ОКей. Продуктовые супермаркеты этих торговых сетей можно встретить в других крупных и средних городах России.
Помимо финансового и торгового сектора, существенную роль в экономики и жизни города играют заводы. Ошибочно мнение, что Москва — город бизнесменов и продавцов. Здесь имеются крупные заводы и предприятия, но как правило производственные мощности находятся за пределами МКАД.
Заводы и промышленные предприятия Москвы имеют огромное значение не столько в части уплаты налогов в бюджет, сколько в обеспечении рабочими местами большого числа жителей столицы. Именно на московских заводах трудится не маленькая часть населения города.
Самые первые заводы в Москве были построены еще в начале 16 века. Это были заводы по производству бумаги, стекла, продуктов питания. Пищевая промышленность занимает одну из значимых ролей в экономике города. Не только в Москве, но и по все стране известна продукция Останкинского пивоваренного завода, Ликеро-водочного завода Кристалл. К крупным предприятиям Московского пищепрома можно отнести хлебо-булочный комбинат Черёмушки, Останкинский мясоперерабатывающий комбинат, масложировой и мельничный комбинаты.
Известные московские заводы
Известные не только в России, но и за рубежом военные самолеты МИГ выпускаются на московском заводе ОАО «Российская самолетостроительная корпорация МИГ». Не смотря на то, что истребители МИГ можно увидеть в музеях авиации, они активно выпускают и используются в военных целях не только в России. Транспортные, военные и гражданские вертолеты МИ собираются на Московском вертолетном заводе им. Миля.
Здесь же находится одно из крупнейших предприятий авиа космической промышленности России – Тушинский Машиностроительный завод, на котором также выпускаются автобусы, троллейбусы, трамваи.
Известные пассажирские самолеты Sukhoi SuperJet, ставшие за последнее время узнаваемым российским брендов в авиастроении, выпускаются московским холдингом ОАО «Сухой», который в 2013 году объединился с Новосибирским заводом им Чкалова.
Известные грузовые автомобили ЗИЛ производят на автомобилестроительном заводе имени Лихачёва с 1916 года. Ежегодно выпускается до 10 тысяч различной автомобильной техники ЗИЛ.
Класс Роспотребнадзора (10 КК РПН), ГБОУ Школа № 630, Москва
23.11.2019 дети 10 «Б» класса ездили в институт им. Баумана подробнееобновлено: 25.11.2019
22.11.2019 ученики десятого класса посетили лекцию в Управлении Роспотребнадзора. подробнееобновлено: 22.11.2019
Управлением Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Москве совместно с Департаментом образования и науки города Москвы, Федеральным государственным автономным образовательным учреждением, высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова и Федеральным бюджетным учреждением здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» заключено 4-х сторонее Соглашение о сотрудничестве.
подробнееобновлено: 22.10.2019
27 сентября 2019 года в Управлении Роспотребнадзора по г. Москве прошло первое занятие для четырёх кадетских классов общеобразовательных московских школ.
подробнееобновлено: 22.10.2019
Москва | Новые санитарно-эпидемиологические предписания утвердил Роспотребнадзор
На днях Роспотребнадзор выпустил санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года. Меры предосторожности призваны постепенно вернуть страну к привычной жизни и при этом не допустить новой вспышки инфекции.
В частности, обязательные тесты будут сдавать граждане с признаками ОРВИ, прибывающие из-за рубежа. Это касается также всех, кто контактировал с больными коронавирусом, пациентов, у которых диагностирована внебольничная пневмония, людей, проживающих в социальных организациях.
Приоритет второго уровня отдан людям старше 65 лет, к приоритету третьего уровня относятся дети из коллективов, где были выявлены три и более заболевших СОVID-19.
Люди, прибывающие из эпидемически неблагополучных стран и регионов, обязаны соблюдать 14-дневную изоляцию за свой счет. Важно понимать, что поездка даже в «безопасную» страну может закончиться вынужденным двухнедельным отпуском за свой счет. Поэтому людям на этот год лучше отказаться от выезда на курорты за рубежом.
В общественных местах сохраняется правило обязательного ношения масок, перчаток, соблюдения социальной дистанции.
Ещё новости о событии:
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:51 03.06.2020 Район Бутырский СВАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:51 03.06.2020 Район Отрадное СВАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:51 03.06.2020 Район Ростокино СВАО Москвы — Москва
Россияне должны будут следовать правилам Роспотребнадзора по профилактике COVID-19 до 1 января 2021 года
Придерживаться правил по профилактике коронавируса россиянам придется до 1 января 2021 года: такой указ выпустил Роспотребнадзор.
13:49 03.06.2020 Район Проспект Вернадского ЗАО — Москва
Эпоха коронавируса: живем по новым правилам
27 мая Роспотребнадзор опубликовал утвержденные санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года.
13:49 03.06.2020 Район Зюзино ЮЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор опубликовал новые правила профилактики COVID-19
С 31 мая российские регионы начали поэтапно снимать связанные с коронавирусом ограничения, а 27 мая Роспотребнадзор опубликовал утвержденные санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19.
13:48 03.06.2020 Район Филевский парк ЗАО — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:46 03.06.2020 Лосиноостровский район СВАО — Москва
Жителей Земли предупредили о новой разрушительной волне коронавируса
Фото: «Интерфакс» 3 июня 2020, 13:36— ИА «Общественная служба новостей»
Директор Европейского регионального бюро Всемирной организации здравоохранения Ханс Клюге предупредил об явной угрозе новой волны коронавирусной инфекции,
13:45 03.06.2020 ИА Общественная служба новостей — Москва
В России утвердили санитарно-эпидемиологические правила для профилактики COVID-19
Власти страны просят строго соблюдать предписания Роспотребнадзора. Россиянам в таком режиме придется жить до начала массовой вакцинации или до выхода на рынок эффективного лекарства от коронавирусной инфекции.
13:45 03.06.2020 Префектура САО Москвы — Москва
Боткинская больница принимает все меры безопасности в условиях эпидемии коронавируса
В ГКБ имени Боткина более двух месяцев действует усиленный санитарно-эпидемиологический режим, главная цель которого — максимально снизить риски распространения коронавирусной инфекции на территории больницы.
13:44 03.06.2020 Район Беговой САО Москвы — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:41 03.06.2020 Район Свиблово СВАО Москва — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:40 03.06.2020 Район Ярославский СВАО Москвы — Москва
Горожане должны следовать правилам профилактики коронавируса от Роспотребнадзора до 2021 года
Люди должны будут использовать средства индивидуальной защиты, соблюдать социальное дистанцирование и другие предписания специалистов как минимум до конца 2020 года.
13:32 03.06.2020 Район Раменки ЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:31 03.06.2020 Район Марфино СВАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:30 03.06.2020 Район Марьина Роща СВАО — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:30 03.06.2020 Район Лианозово СВАО Москвы — Москва
В России выявили 8536 новых случаев коронавируса
Общее число коронавирусных больных в стране достигло 432 277 человек.
На территории России за прошедшие сутки зарегистрировали 8536 новых случаев инфекции.
13:21 03.06.2020 MosDay.Ru — Москва
Жителям рассказали об утвержденных санитарно-эпидемиологических правилах
Роспотребнадзор 27 мая утвердили санитарно-эпидемиологические правила, которые будут действовать в городе до 1 января 2021 года.
13:15 03.06.2020 Пресненский район ЦАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая регионы России постепенно снимают ограничительные меры. Однако еще предстоит тщательно соблюдать правила личной безопасности: перчатки, маски, антисептик и социальное дистанцирование остаются обязательными для всех.
13:15 03.06.2020 Останкинский район СВАО Москвы — Москва
Жителям Москвы сообщили о соблюдении санитарных правил для профилактики COVID-19 до 2021 года
Сотрудники Роспотребнадзора утвердили санитарно-эпидемиологические правила для профилактики COVID-19 до 2021 года.
13:15 03.06.2020 Мещанский район ЦАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор рассказал москвичам о сохранении санитарно-эпидемиологических правил для профилактики коронавирусной инфекции
Пандемия COVID-19 внесла существенные изменения в жизнь каждого человека.
13:14 03.06.2020 Район Орехово-Борисово Южное ЮАО — Москва
О правилах профилактики коронавируса напомнили в Роспотребнадзоре
Роспотребнадзор представил утвержденные санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19 в среду, 27 мая.
13:01 03.06.2020 Район Бирюлево Западное ЮАО — Москва
До 1 января 2021 года россияне должны соблюдать правила профилактики COVID-19, утвержденные Роспотребнадзором
Роспотребнадзор в своем постановлении разъяснил все необходимые мероприятия, направленные на предупреждение распространения коронавируса.
13:01 03.06.2020 Район Крылатское ЗАО Москвы — Москва
О правилах профилактики коронавируса напомнили в Роспотребнадзоре
Роспотребнадзор опубликовал санитарно-эпидемиологические правила, которые будут действовать до конца года и помогут избежать повторных вспышек коронавируса.
13:01 03.06.2020 Район Чертаново Южное ЮАО — Москва
Жителям столицы сообщили о санитарно-эпидемиологических правилах для профилактик коронавирусной инфекции
О соблюдении санитарно-эпидемиологических правил до 1 января 2021 года рассказали жителям Москвы.
13:00 03.06.2020 Тверской район ЦАО Москвы — Москва
Техника безопасности в условиях распространения коронавируса
Чтобы эффективно противостоять распространению коронавирусной инфекции, необходимо знать и соблюдать различные санитарные правила профилактики.
13:00 03.06.2020 Район Силино ЗелАО Москвы — Зеленоград
В Москве коронавирус подтвердили еще у 1842 человек
Более половины новых пациентов — люди младше 45 лет.
В столице за последние сутки подтверждено 1 842 новых случая заражения коронавирусной инфекцией, сообщает агентство “Москва” со ссылкой на оперативный штаб.
12:51 03.06.2020 MosDay.Ru — Москва
С 23 марта соцработники столицы выполнили порядка 113 тысяч заявок по доставке продуктов
Около 113 тыс. заявок по доставке продуктов на дом выполнили соцработники в Москве.
12:51 03.06.2020 MosDay.Ru — Москва
Роспотребнадзор опубликовал правила по профилактике COVID-19
Специалисты Роспотребнадзора опубликовали санитарно-эпидемиологические правила по профилактике коронавирусной инфекции.
12:45 03.06.2020 Красносельский район ЦАО Москвы — Москва
Новые санитарно-эпидемиологические предписания утвердил Роспотребнадзор
На днях Роспотребнадзор выпустил санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года.
12:44 03.06.2020 Район Нагорный ЮАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор составил правила борьбы с коронавирусом до 1 января 2021 года
Роспотребнадзор сформулировал план действий до 2021 года.
Ведомство утвердило санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года.
12:44 03.06.2020 Район Нагатинский затон ЮАО Москвы — Москва
Москвичи должны соблюдать утвержденные Роспотребнадзором правила профилактики коронавируса до 2021 года
С 31 мая российские регионы начали поэтапно снимать связанные с коронавирусом ограничения, однако согласно рекомендациям Роспотребнадзора, россиянам до конца года предстоит соблюдать ряд правил.
12:41 03.06.2020 Район Можайский ЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор разработал правила профилактики коронавируса
Согласно новым правилам профилактики коронавируса от Роспотребнадзора, вплоть до начала 2021 года россиянам нужно будет придерживаться определенных мер безопасности: соблюдать масочный режим, дезинфицировать руки,
12:41 03.06.2020 Район Кунцево ЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор рассказал о санитарно-эпидемиологических правилах
27 мая Роспотребнадзор опубликовал утвержденные санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года.
12:39 03.06.2020 Обручевский район ЮЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор опубликовал правила профилактики коронавируса, действующие до начала следующего года
Людям придется носить перчатки, маски, соблюдать социальную дистанцию и другие предписания эпидемиологов как минимум до конца текущего года.
12:39 03.06.2020 Район Ново-Переделкино ЗАО — Москва
Эпидемиологи: Носить средства индивидуальной защиты придется еще ближайшие полгода
До 1 января 2021 года россиянам предстоит выполнять ряд санитарно-эпидемиологических правил профилактики коронавирусной инфекции Роспотребнадзора.
12:37 03.06.2020 Район Москворечье-Сабурово ЮАО Москвы — Москва
Правила Роспотребнадзора по профилактике коронавирусной инфекции будут действовать до конца года
Минимум до конца текущего года россиянам придется соблюдать санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые утверждены Роспотребнадзором.
12:35 03.06.2020 Район Очаково-Матвеевка ЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор рассказал о правилах профилактики COVID-19
Сохранение перчаточно-масочного режима, мытье и обеззараживание рук, соблюдение социального дистанцирования – все эти введения не скоро уйдут из нашей жизни.
12:32 03.06.2020 Район Орехово-Борисово Северное ЮАО — Москва
Как коронавирус изменил жизнь общества
27 мая Роспотребнадзор опубликовал утвержденные санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года.
12:32 03.06.2020 Гагаринский район ЮЗАО Москвы — Москва
Утверждены правила безопасности на период коронавируса
Санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, утвержденные Роспотребнадзором, будут действовать до 1 января 2021 года.
12:22 03.06.2020 Район Бирюлево Восточное ЮАО — Москва
Предписания российских эпидемиологов необходимо будет соблюдать до начала вакцинации
Правила профилактики коронавируса утвердил Роспотребнадзор 27 мая. Согласно им, все, прибывающие из стран с неблагополучной эпидемиологической ситуацией, обязаны будут соблюдать двухнедельный карантин.
12:21 03.06.2020 MosDay.Ru — Москва
В Московской области на 736 человек, заболевших коронавирусом, стало больше
Оперштаб представил новые данные по состоянию на третье июня.
Как стало известно, за последние сутки в России выявлено 8 536 заболевших коронавирусной инфекцией COVID-19 в 84 регионах,
12:21 03.06.2020 MosDay.Ru — Москва
Санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса утверждены до конца года
Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавирусного заболевания до 2021 года.
12:21 03.06.2020 Район Чертаново Центральное ЮАО — Москва
Москвичи обязаны следовать правилам Роспотребнадзора до следующего года
Роспотребнадзор разработал новые санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19.
12:20 03.06.2020 Района Солнцево ЗАО Москвы — Москва
Роспотребнадзор разработал новые правила профилактики COVID-19
27 мая Роспотребнадзор опубликовал утвержденные санитарно-эпидемиологические правила профилактики COVID-19, которые будут действовать до 1 января 2021 года.
12:15 03.06.2020 Район Тропарёво-Никулино ЗАО — Москва
Санитарно-эпидемиологические правила для профилактики COVID-19 утвердили в Роспотребнадзоре
В конце мая Роспотребнадзор утвердил санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавирусного заболевания, которые будут действовать до 2021 года.
12:14 03.06.2020 Донской район ЮАО Москвы — Москва
Более 85% новых заболевших младше 65 лет
Оперативный штаб по контролю и мониторингу ситуации с коронавирусом в Москве сообщает, что в столице подтверждено 1842 новых случая заражения коронавирусной инфекцией.
12:13 03.06.2020 Департамент здравоохранения — Москва
Роспотребназдор опубликовал правила профилактики COVID-19
Ставшие уже привычными за время пандемии меры предосторожности против угрозы распространения COVID-19 будут сохранены до конца года — Роспотребназдором опубликованы методические рекомендации по профилактике коронавирусно
12:12 03.06.2020 Район Братеево ЮАО Москвы — Москва
Утверждены санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса
Утверждены санитарно-эпидемиологические правила для профилактики коронавируса.
12:10 03.06.2020 Район Чертаново Северное ЮАО — Москва
Роспотребнадзор рекомендовал россиянам следовать правилам профилактики коронавируса до конца года
До окончания текущего года людям во всем мире придется жить по предписанным из-за пандемии условиям: носить перчатки и маски,
12:10 03.06.2020 Район Фили-Давыдково ЗАО — Москва
Роспотребнадзор опечатал клуб Adrenaline Stadium за нарушение мер профилактики COVID-19
12:19 23 Июня | Саратовская область
11:44 23 Июня | Разные новости
11:40 23 Июня | Саратовская область
11:40 23 Июня | Саратовская область
11:40 23 Июня | Разные новости
11:36 23 Июня | Республика Мордовия
11:31 23 Июня | Санкт-Петербург
11:29 23 Июня | Разные новости
11:25 23 Июня | Разные новости
11:25 23 Июня | Краснодарский край
11:23 23 Июня | Московская область
11:20 23 Июня | Свердловская область
11:19 23 Июня | Красноярский край
11:16 23 Июня | Россия
11:12 23 Июня | Пензенская область
11:09 23 Июня | Разные новости
11:02 23 Июня | Москва
10:54 23 Июня | Разные новости
10:48 23 Июня | Москва
10:47 23 Июня | Москва
10:46 23 Июня | Путешествия
10:44 23 Июня | Разные новости
10:43 23 Июня | Красноярский край
10:38 23 Июня | Разные новости
10:31 23 Июня | Разные новости
10:28 23 Июня | Разные новости
10:27 23 Июня | Путешествия
10:23 23 Июня | Власть
10:15 23 Июня | Власть
10:12 23 Июня | Саратовская область
10:10 23 Июня | Разные новости
10:09 23 Июня | Краснодарский край
10:07 23 Июня | Разные новости
10:05 23 Июня | Кировская область
10:03 23 Июня | Крым
10:02 23 Июня | Власть
10:01 23 Июня | Россия
09:49 23 Июня | Россия
09:42 23 Июня | Саратовская область
09:41 23 Июня | Разные новости
09:39 23 Июня | Разные новости
09:36 23 Июня | Разные новости
09:16 23 Июня | Разные новости
09:14 23 Июня | Разные новости
09:09 23 Июня | Крым
09:07 23 Июня | Разные новости
09:05 23 Июня | Саратовская область
09:04 23 Июня | Москва
09:03 23 Июня | Разные новости
08:54 23 Июня | Тамбовская область
08:53 23 Июня | Разные новости
08:48 23 Июня | Москва
08:46 23 Июня | Разные новости
08:45 23 Июня | Власть
08:45 23 Июня | Саратовская область
08:34 23 Июня | Ставропольский край
08:31 23 Июня | Разные новости
08:26 23 Июня | Украина
08:24 23 Июня | Власть
08:21 23 Июня | Разные новости
08:18 23 Июня | Разные новости
08:14 23 Июня | Мир
08:09 23 Июня | Разные новости
08:02 23 Июня | Удмуртская Республика
07:59 23 Июня | Разные новости
07:58 23 Июня | Свердловская область
07:05 23 Июня | Разные новости
07:01 23 Июня | Разные новости
06:54 23 Июня | Разные новости
06:26 23 Июня | Разные новости
06:23 23 Июня | Разные новости
06:19 23 Июня | Разные новости
06:16 23 Июня | Разные новости
06:12 23 Июня | Разные новости
06:10 23 Июня | Разные новости
06:07 23 Июня | Разные новости
06:05 23 Июня | Разные новости
06:03 23 Июня | Разные новости
05:58 23 Июня | Разные новости
05:55 23 Июня | Разные новости
05:52 23 Июня | Разные новости
05:49 23 Июня | Разные новости
05:46 23 Июня | Разные новости
05:42 23 Июня | Разные новости
05:38 23 Июня | Разные новости
05:36 23 Июня | Разные новости
05:34 23 Июня | Разные новости
05:27 23 Июня | Разные новости
05:25 23 Июня | Разные новости
05:23 23 Июня | Разные новости
05:21 23 Июня | Разные новости
05:18 23 Июня | Разные новости
23:59 22 Июня | Москва
23:57 22 Июня | Мир
23:34 22 Июня | Москва
23:28 22 Июня | Пензенская область
23:26 22 Июня | Санкт-Петербург
23:15 22 Июня | Экономика
22:37 22 Июня | Мир
21:45 22 Июня | Крым
Очень длинные межгенные некодирующие (vlinc) РНК напрямую регулируют несколько генов цис- и транс-генов
Аннотация
Предпосылки
Большая часть генома человека транскрибируется в форме длинных некодирующих (lnc) РНК. Хотя эти транскрипты вызывают значительный интерес, их молекулярные механизмы функционирования и биологическое значение остаются противоречивыми. Одна из основных причин этого кроется в серьезных проблемах, создаваемых днРНК, требующих разработки новых методов и концепций для раскрытия их функциональности.Существующим методам часто не хватает перекрестной проверки и независимого подтверждения с помощью различных методологий, и поэтому остается значительная двусмысленность в отношении подлинности результатов. Тем не менее, несмотря на все предостережения, оказывается, что lncRNAs могут функционировать, по крайней мере частично, посредством регуляции др. Генов посредством взаимодействий хроматина. Следовательно, о функции днРНК можно судить по функции генов, которые она регулирует. В этой работе мы представляем стратегию функциональной аннотации генома для днРНК, основанную на идентификации их регуляторных сетей посредством интеграции трех различных типов подходов: анализ коэкспрессии, картирование взаимодействий днРНК-хроматин и анализ молекулярных эффектов нокдаунов днРНК. полученные с использованием индуцибельной и высокоспецифичной системы CRISPR / Cas13.
Результаты
Мы применили эту стратегию для аннотирования 407 очень длинных межгенных некодирующих (vlinc) РНК, принадлежащих к новому широко распространенному подклассу днРНК. Мы показываем, что vlincRNAs действительно, по-видимому, регулируют множественные гены, кодирующие белки, преимущественно участвующие в функциях, связанных с РНК и развитием, клеточном цикле и клеточной адгезии, посредством механизма, включающего близость между vlincRNAs и их мишенями в ядре. Типичная vlincRNAs может быть как положительным, так и отрицательным регулятором и регулировать несколько генов как в trans , так и в cis .Наконец, мы показываем, что влинкРНК и их регуляторные сети потенциально представляют собой новые компоненты ответа на повреждение ДНК и функционально важны для способности раковых клеток выдерживать генотоксический стресс.
Conclusions
Это исследование предоставляет убедительные доказательства регуляторной роли lncRNAs класса vlincRNA и потенциально важную роль, которую играют эти транскрипты в скрытом слое регуляции на основе РНК в сложных биологических системах.
Дополнительная информация
Онлайн-версия содержит дополнительные материалы, доступные по адресу 10.1186 / с12915-021-01044-х.
Ключевые слова: lncRNA, vlincRNA, регуляторные сети, взаимодействия РНК-хроматин, одномолекулярное секвенирование, CRISPR / Cas13, процессинг РНК, развитие, клеточный цикл, противораковые препараты
Предпосылки
lncRNAs представляют интересную группу стенограмм. В совокупности они представляют собой подавляющее большинство транскрипционного продукта человеческого генома с точки зрения сложности последовательности [1,3]. Эти транскрипты участвуют практически во всех основных биологических процессах, включая нормальное развитие и болезнь [4,9], и предполагается, что они представляют собой скрытый слой регуляции в сложных биологических организмах [10, 11].Тем не менее, актуальность этого класса транскриптов по большей части остается спорной [12], причем одной из основных причин этого является отсутствие понимания молекулярных механизмов функции этих видов РНК [13]. Прогресс в выяснении функций и механизмов днРНК затрудняется проблемами, вызванными обширностью генома, покрытого днРНК, и уникальными особенностями этих транскриптов [13]. Например, с точки зрения относительной массы днРНК обогащены транскриптомом полиА-РНК и обеднены фракцией процессированных полиаденилированных транскриптов, тогда как для мРНК, кодирующих белок, ситуация противоположная [2].Фактически, эти различия привели к предположению, что lncRNAs не обладают функциями, специфичными для последовательности, а скорее могут функционировать посредством самого процесса транскрипции [14]. Хотя новые подходы и стратегии были разработаны для решения этих проблем [15], они часто лишены перекрестной проверки с помощью независимых методов и, таким образом, оставляют открытым вопрос о количестве ошибок и шума в результирующих аннотациях lncRNA [13].
Тем не менее, в целом, существующие доказательства для lncRNAs, функция которых имеет значительный уровень поддержки, указывает на регуляторную функцию lncRNA, такую как нацеливание компонентов аппарата модуляции хроматина на определенные части генома [4, 5].Таким образом, идентификация регуляторных мишеней lncRNAs, вероятно, является ключом к пониманию механизмов их действия. Один популярный подход к раскрытию регуляторных сетей днРНК основан на стратегии коэкспрессии, которая предполагает, что транскрипты со сходными паттернами экспрессии также имеют функциональные отношения [16]. Эта концепция широко применяется для аннотирования функций lncRNAs в масштабе всего генома во многих системах [15]. Однако корреляция экспрессии сама по себе не подразумевает прямых взаимодействий, и большинство таких сетей не прошли независимую валидацию.Кроме того, анализ коэкспрессии был выполнен в нескольких биологических системах с использованием различных платформ анализа экспрессии генов, аналитических методов и типов образцов [13]. Следовательно, долю истинного сигнала в таких исследованиях очень трудно оценить без подтверждения, и, в целом, насколько нам известно, руководящие принципы для правильного анализа коэкспрессии еще не существуют.
Эти проблемы затрудняют установление доли истинных взаимодействующих партнеров в опубликованных сетях коэкспрессии, тем самым ограничивая их полезность.С другой стороны, более прямые подходы, основанные либо на (1) выделении аффинности и последующем молекулярном анализе комплексов, содержащих интересующую днРНК, либо (2) на анализе популяций РНК после нокдауна или нокаута конкретной днРНК, потенциально позволяют для более простой идентификации его целей. Однако, насколько нам известно, большинство сетей, идентифицированных в таких экспериментах, также не прошли независимую валидацию, поэтому остаются открытыми вопросы о технических уровнях шума в этих сетях, а также об их биологическом значении [13].Более того, обратным генетическим исследованиям lncRNAs мешает ряд технических и интерпретационных проблем, связанных с существующими методами, что приводит к значительной неоднозначности результатов этих исследований [12]. Таким образом, отсутствие общей валидации значительно ограничивает надежность большинства сетей днРНК, идентифицированных до сих пор.
В этом отношении важно отметить, что недавняя работа консорциума FANTOM6 обнаружила корреляцию между сетями lncRNA и биологическими эффектами, идентифицированными путем нацеливания на специфические lncRNAs с использованием технологии антисмысловых олигонуклеотидов (ASO) [17].Более того, авторы обнаружили значительное совпадение между сетями, обнаруженными в разных ASO, нацеленных на один и тот же целевой транскрипт, что подтверждает достоверность этих результатов [17]. Однако скорость валидации этих сетей с использованием другой технологии (RNAi) была относительно низкой [17], возможно, из-за различных модальностей нацеливания ASO и RNAi, таким образом оставляя открытым вопрос перекрестной валидации сетей с использованием другой технологии. .
VlincRNA принадлежат к недавно идентифицированному подклассу lncRNA.Они, по-видимому, представляют собой несращенные и полиА ядерные днРНК размером более 50 т.п.н. и довольно распространены: у людей идентифицировано более 2000 влинкРНК, которые транскрибируются по крайней мере с 10% последовательности генома человека [2, 18]. С момента их недавнего открытия vlincRNAs участвовали в модуляции состояния хроматина в стареющих клетках [19] и в контроле времени репликации хромосом человека [20]. Эти транскрипты обеспечивают интригующую связь между плюрипотентностью и раком [18]. Кроме того, предполагается, что влинкРНК играют роль в этиологии или прогрессировании острого лимфобластного лейкоза [21].Недавно vlincRNAs были вовлечены в клеточный ответ на противораковые препараты с использованием системы CRISPR / Cas13 [22]. Однако регуляторные сети большинства влинкРНК остаются неизвестными.
Целью данной работы является выявление регуляторных сетей lncRNA, подтвержденных несвязанными эмпирическими подходами. Мы идентифицируем регуляторные сети vlincRNA, используя подход коэкспрессии, который теоретически должен обеспечивать наиболее достоверные сети регуляторных мишеней lncRNA и проверять их, используя перекрытие с картами сайтов взаимодействий vlincRNA-хроматин, как показано на рис.. Мы дополнительно проверяем эти сети, выполняя РНК-seq анализ стабильных клеточных линий с индуцибельным нокдауном целевых vlincRNAs с использованием системы CRISPR / Cas13 [23]. Эта система предлагает некоторые важные преимущества по сравнению с существующими методами обратной генетики, в частности, она может напрямую нацеливаться на РНК, обеспечивая тем самым однозначное присвоение фенотипа целевому транскрипту и позволяет точно согласовывать контрольную последовательность для каждой направляющей (g) РНК [22, 23 ].
Блок-схема, иллюстрирующая общую концепцию проекта.Общая концепция проекта, важные экспериментальные и аналитические этапы и основные выводы показаны
На основе анализа их регуляторных сетей мы показываем, что каждая влинкРНК может регулировать несколько генов, расположенных на одной ( цис ) или других хромосомах ( транс ). Кроме того, мы обнаружили, что регуляторные сети вполне воспроизводимы при различных условиях лечения. С одной стороны, vlincRNAs имеют тенденцию негативно регулировать несколько генов, участвующих в функциях, связанных с РНК, таких как транскрипция, метаболизм, процессинг и сплайсинг РНК, а также в функциях, связанных с клеточным циклом.С другой стороны, эти днРНК, по-видимому, положительно регулируют гены, участвующие в развитии, особенно в развитии нервной системы и адгезии. Наконец, мы показываем, что платформа анализа экспрессии имеет решающее значение для аутентичности регуляторных сетей, и необходимо тщательно рассмотреть выбор измерений РНК и экспериментального дизайна для такого анализа.
Результаты
Стратегия коэкспрессии для аннотации днРНК
Мы предположили, что стратегия коэкспрессии, основанная на сочетании следующих характеристик, вероятно, сгенерирует наиболее точные регуляторные сети днРНК (рис.). Во-первых, мы выбрали платформу для секвенирования одной молекулы (SMS) 3-го поколения секвенирования следующего поколения (NGS) в качестве основы для оценки экспрессии каждого вида днРНК и мРНК. Эта платформа для секвенирования имеет относительно простую процедуру подготовки библиотеки, которая не включает этапы амплификации [24] и, таким образом, с большей вероятностью представляет истинную исходную численность различных видов РНК, особенно в диапазоне низкой численности [25, 26]. Точность в этом диапазоне особенно важна для днРНК, которые обычно имеют низкие уровни экспрессии [3, 27].Следовательно, SMS теоретически может обеспечить более точную оценку коэкспрессии между днРНК и их потенциальными мРНК-мишенями. Во-вторых, мы использовали один тип клеток для создания сетей коэкспрессии. Хотя доступно множество общедоступных наборов данных экспрессии, использование их в аннотации коэкспрессии lncRNAs страдает от серьезной потенциальной проблемы: lncRNAs часто экспрессируются только в одном или нескольких типах клеток [3, 27]. Следовательно, анализ коэкспрессии в нескольких типах клеток, вероятно, будет включать множество образцов, в которых любая данная днРНК либо не экспрессируется, либо экспрессируется на уровне шума и, таким образом, сильно ослабляет реальные сигналы корреляции.В-третьих, мы использовали короткие сроки лечения нарушения транскриптома (см. Ниже). Мы предположили, что анализ коэкспрессии, основанный на уровнях РНК, измеренных вскоре после того, как система была нарушена и вынуждена адаптироваться путем изменения уровней различных транскриптов, с большей вероятностью улавливает прямые регуляторные взаимодействия, а не более длительные обработки, которые можно разбавить косвенными эффектами.
Ранее мы обнаружили экспрессию многих vlincRNA в клеточной линии лейкемии человека K562 [18].Этот факт, вместе с доступностью нескольких типов геномных данных для этой клеточной линии от консорциума ENCODE [3], сделал K562 привлекательной системой для этого исследования. Первым шагом в нашем конвейере было создание базы данных экспрессии при различных условиях лечения для расчета коэкспрессии каждой vlincRNA со всеми белок-кодирующими мРНК. Мы профилировали транскриптомы клеточной линии K562 после лечения 29 ингибиторами и противораковыми препаратами, влияющими на различные клеточные пути и функции (сигнальные пути, клеточный цикл, метаболизм и восстановление ДНК, модификаторы хроматина и т. Д.)) (Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S1). Как упоминалось выше, мы использовали относительно короткие процедуры по 3 и 6 часов для каждого препарата.
Общая обработанная ДНКазой I РНК из каждого образца была преобразована в кДНК с использованием гексамеров не-случайного (NSR), лишенных последовательностей, которые связываются с рРНК [28], и проанализирована с использованием RNA-seq, выполненного на платформе SMS. Чтобы оценить степень нарушения транскриптома каждым лекарством, мы оценили количество дифференциально экспрессируемых (DE) повышающих или понижающих регуляций транскриптов как мРНК, кодирующих белок, так и vlincRNA, определяемых кратным изменением (FC)> 1.5 в обеих временных точках относительно растворителя (ДМСО или вода) контролируют как 12 995 аннотированных генов, экспрессируемых в K562, так и 407 vlincRNA, обнаруженных ранее в этой клеточной линии [18] (рис. Ac, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S2). В целом, экспрессия 10 248 (78,9%) генов, кодирующих белок, изменилась в этих условиях, по крайней мере, при одной лекарственной терапии с 7229 усиленно и 6698 подавляющими генами (рис. A, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S2). Соответствующие числа для vlincRNA были 392 (96.3%) с 176 повышающей и 374 понижающей регуляцией (рис. А, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S2). Для любого лекарственного лечения мы обнаружили 1190 (9,2%) и 623 (4,8%) генов с повышенной или подавляющей регуляцией и, соответственно, 11 (2,7%) и 79 (19,4%) vlincRNA на основе соответствующих средних значений для всех видов лечения (рис. а). В целом, влинкРНК имели тенденцию подавляться по сравнению с известными генами в ответ на лекарственное лечение, что указывает на потенциальную отрицательную корреляцию между этими двумя типами транскриптов (рис.a, также см. ниже).
Анализ экспрессии и коэкспрессии на основе SMS для различных лекарственных препаратов. a Распределение количества мРНК DE (слева) и vlincRNA (справа). Желтые внутренние круги представляют мРНК или влинкРНК, экспрессируемые в K562; оранжевая и зеленая средние секции представляют соответственно повышенную или понижающую регуляцию транскриптов по меньшей мере при одном лечении препаратом; оранжевые и зеленые внешние секции представляют соответственно повышенную или понижающую регуляцию транскриптов при всех видах лечения лекарственными средствами. b , c Количество DE vlincRNA ( b ) и мРНК ( c ) для каждого указанного лечения. Синие и оранжевые полосы представляют соответственно повышенную и понижающую регуляцию транскриптов. d Фракции DE vlincRNA, подтвержденные с помощью кПЦР в каждом указанном лечении. e Коробчатые диаграммы, представляющие количество генов, обнаруженных в сетях vlincRNA на основе отрицательной и положительной коэкспрессии
Препараты значительно различались по влиянию на кодирующие и некодирующие транскриптомы (рис.b, c, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S2). Из трех основных препаратов, которые продемонстрировали наибольший повышающий эффект на vlincRNAsmirin (ингибитор MRE11, компонент комплекса MRN), BML-277 (ингибитор CHK2) и YM-155 (возможный интеркалятор ДНК) (рис. B, дополнительный файл) 1: Дополнительная таблица S2) по крайней мере два из них, как известно, ингибируют распознавание повреждений ДНК или пути ответа (мирин и BML-277). Препараты, связанные с повреждением ДНК, также вызывали значительные изменения в кодирующем белок транскриптоме (рис. C, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S2).Тем не менее, фракция vlincRNAs, активированная в ответ на лечение мирином и BML-277, была выше, чем доля мРНК, кодирующих белок (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S2). Кроме того, препараты, которые индуцируют самые высокие фракции экспрессии генов, кодирующих белок, влияют на эпигенетические функции, такие как модификаторы хроматина (панобиностат и EPZ-6438, ингибирующие гистондеацетилазы и Ezh3 соответственно) или считыватели специфических меток гистонов (ингибитор бромодомена I-BET151) и функции, не связанные с повреждением ДНК (рис.c, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S2). Таким образом, кажется, что подкласс днРНК vlincRNA может быть обогащен транскриптами, которые участвуют по крайней мере в некоторых клеточных процессах, связанных с повреждением ДНК.
Чтобы проверить воспроизводимость и достоверность нашего анализа экспрессии, мы провели независимые эксперименты по лечению с тремя препаратами (мирин, этопозид и SN-38) и проанализировали изменения экспрессии выбранных влинкРНК в ответ на эти препараты после 6 часов лечения с использованием ПЦР в реальном времени.Мы выбрали 42 дифференциально экспрессируемых (DE) vlincRNA, и, как и ожидалось, большинство (36, 85,7%) DE vlincRNA могли быть проверены (рис. D, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S3). Кроме того, из 6 vlincRNAs, которые не могли быть проверены в экспериментах ПЦР в реальном времени, 4 (66,7%) показали ожидаемое направление изменения, хотя и не достигли FC 1,5. Таким образом, анализ DE, основанный на платформе SMS RNA-seq, по-видимому, фиксирует аутентичные и воспроизводимые изменения экспрессии.
Затем мы создали список мРНК, коэкспрессированных с каждой vlincRNA.Коэкспрессия была определена как корреляция Спирмена> 0,35 или <0,35 между vlincRNA и белок-кодирующей мРНК со значимостью корреляции p , значение <0,01 (рис.), Рассчитанное на 64 образцах (лечение лекарственными препаратами и обработанные растворителем. контрольные образцы). Для каждой влинкРНК мы обнаружили от 134 до 5385 (медиана 1615) коэкспрессированных транскриптов с использованием этих пороговых значений. Интересно, что мы наблюдали гораздо большее количество отрицательно коррелированных мРНК, чем положительно коррелированных, со средними значениями 430 и 1022 для положительно и отрицательно коэкспрессируемых транскриптов соответственно, и тенденция к отрицательной корреляции была очень значимой (значение p < 2.2E16, знаковый ранговый критерий Уилкоксона) (рис. E, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S4). Тем не менее, аналогично результатам, описанным ранее [29], гены, положительно коррелирующие с vlincRNAs, были обогащены в непосредственной близости от этих транскриптов. Медианная корреляция коэкспрессии между vlincRNA и генами, расположенными в пределах 5, 510, 10100 и> 100 килобайт друг от друга, составила 0,44, 0,37, 0,38 и 0,38 соответственно.
Валидация сетей коэкспрессии с использованием профилей взаимодействия днРНК-хроматин
Основным потенциальным ограничением стратегии коэкспрессии является то, что корреляция экспрессии (положительная или отрицательная) может происходить без прямых физических или функциональных взаимодействий между коррелированными объектами.Поскольку ряд функционально охарактеризованных днРНК, по-видимому, регулируют другие гены, взаимодействуя и модулируя их хроматиновое окружение [4, 5], мы предположили, что влинкРНК также могут функционировать таким же образом, как было фактически показано для VAD vlincRNA [ 19]. Таким образом, мы подтвердили сети коэкспрессии, полученные в этом исследовании, путем картирования сайтов взаимодействий РНК-хроматин выбранных vlincRNA в масштабе всего генома с ключевым предположением, что vlincRNA должны либо взаимодействовать, либо находиться в относительно близкой близости к своим генам-мишеням ( Инжир.).
Для этой цели мы адаптировали ранее опубликованный подход RAT (reverse transcription-associated trap) [30, 31], который имеет два ключевых преимущества для очень длинных транскриптов, изученных в этой работе (рис. A). Во-первых, RAT полагается на обратную транскрипцию in situ внутри сшитых ядер с олигонуклеотидами, комплементарными интересующей РНК, и в присутствии биотинилированного dCTP для мечения комплексов РНК-хроматин. После иммунопреципитации стрептавидином связанные области хроматина идентифицируют на основе анализа NGS (рис.а). Включение биотина в полученную кДНК устраняет необходимость создания множества близкорасположенных биотинилированных олигонуклеотидов, как и в других методах (например, ChIRP и подобных методах), разработанных для картирования сайтов взаимодействий между конкретной днРНК и хроматином [32,34], что может быть экономически невыгодным для этих очень длинных стенограмм. Во-вторых, фрагментация хроматина проводится с помощью рестрикционных ферментов (рис. A, b), которые не фрагментируют РНК или одноцепочечную ДНК, в отличие от других подходов, использующих обработку ультразвуком [32,34], которая, вероятно, разрушила бы эти очень длинные транскрипты.
Описание и валидация анализа RAT. a Блок-схема молекулярно-биологической части анализа RAT. Светло-голубой овал представляет собой область ядра в относительной близости от vlincRNA, которая должна быть очищена совместно с vlincRNA с помощью анализа RAT. Зеленые и черные линии представляют молекулы ДНК, которые соответственно находятся и не находятся в относительной близости от vlincRNA. Красные и фиолетовые линии представляют собой специфические олигонуклеотиды из наборов 1 и 2, нацеленные на каждую vlincRNA (короткие линии) и кДНК, примированные этими олигонуклеотидами (длинные линии). b Пример распределения ДНК по размерам, полученного после фрагментации хроматина в типичном эксперименте на RAT для образцов, обработанных ДМСО или лекарственным средством (этопозид или SN-38). Анализы выполняли либо с набором олигонуклеотидов 1 (P1), 2 (P2), либо с неолигонуклеотидным контролем (NP) для vlincRNA ID-1202. c Распределение частиц по размерам, полученное в эксперименте по сортировке, либо в буфере (средняя панель), либо в буфере, содержащем хроматин, фрагментированный с использованием условий, используемых в типичном эксперименте RAT (нижняя панель).Распределение частиц с известными размерами 100, 200 и 300 нм показано на верхней панели. Обратите внимание на увеличение доли частиц в диапазоне 300–500 нм в образце фрагментированного хроматина по сравнению с буфером для сортировки (7,06% против 2,85%). d Блок-схема аналитической части анализа RAT. e Вверху: определение отношения шансов и описание гипотезы, проверенной в части ниже. Внизу: прямоугольные диаграммы отношений шансов перекрытий между двумя биологическими репликами анализа RAT на уровне гена (слева) и области (справа) при различных порогах сигнала RAT ( X -осей)
Недавно был опубликован ряд методов обнаружения полногеномных взаимодействий РНК-хроматин.Однако одной общей чертой этих методов (таких как GRID-seq [35], MARGI [36] и Red-C [37]) было лигирование близлежащих молекул ДНК и РНК с использованием мостиковых олигонуклеотидов. Последние находились в диапазоне ~ 4060 оснований и, таким образом, могли обнаруживать молекулы, разделенные не более чем на 20 нм, при длине нуклеотида 0,34 нм. Однако в наших анализах RAT размер частиц хроматина после фрагментации ДНК достигал 300-500 нм (рис. C, методы). Поскольку все области генома должны быть расположены внутри таких частиц, их следует соосаждать с транскриптом-мишенью (рис.a), это может означать, что RAT не ограничивается непосредственными взаимодействиями, а скорее может измерять гораздо более дистальную близость или совместную локализацию между РНК и областями хроматина.
Поскольку препараты, вызывающие повреждение ДНК, оказывали наибольшее влияние на экспрессию влинкРНК, мы выбрали 6 влинкРНК, индуцированных ингибиторами топоизомеразы (этопозид и / или SN-38) для анализа RAT с примером одной такой влинкРНК, показанной в Дополнительных файл 2: дополнительный рисунок S1. Процедуру RAT проводили на клетках, обработанных этопозидом, SN-38 или ДМСО.В целом, RAT-анализ был выполнен на 14 комбинациях лечения vlincRNA с двумя биологическими репликами на комбинацию с целью анализа потенциальных изменений в сетях в ответ на лечение лекарством. Каждый RAT-анализ проводили отдельно с 2 наборами неперекрывающихся олигонуклеотидов, разработанных против одной и той же vlincRNA (рис. A, методы). Кроме того, для каждого лечения процедуру RAT также выполняли без олигонуклеотидов в качестве контроля специфичности. Последующий анализ выполнялся с использованием двух уровней обработанного сигнала RAT: (1) средний нормализованный балл RAT, рассчитанный для каждой пары оснований в геноме человека, или (2) уровень геномной области, полученный после применения порогов различной строгости к среднему нормализованному баллу RAT ( Инжир.г, Методы). Пороговые значения были определены на основе первого (наиболее строгого), 5, 10, 20 или 30 (наименее строгого) перцентиля (% -ile) среднего нормализованного показателя RAT для каждой выборки (рис. D, методы). Гены, содержащие области RAT на своих границах, считались локализованными с соответствующей vlincRNA.
В качестве первого шага в оценке эффективности подхода RAT мы оценили перекрытие между областями RAT, полученными из биологических реплик, на уровне области или гена.В первом случае точные геномные координаты взаимодействующих областей должны были присутствовать в обеих репликах, в то время как во втором гены должны были содержать взаимодействующие области в любом месте в пределах их границ в обеих репликах, но координаты взаимодействующих областей могли быть разными. В целом, мы обнаружили статистически значимое перекрытие сигнала RAT между репликами для каждой комбинации лечения vlincRNA на обоих уровнях (рис. E, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S5). Кроме того, перекрытия сигнала RAT между двумя репликами были статистически значимыми при нескольких порогах; однако, как и следовало ожидать, сила совпадений, измеренная с помощью отношения шансов (определено на рис.e) увеличивается с повышением строгости порога сигнала RAT (рис. e, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S5, методы). В целом, отношения шансов перекрытия на уровне генов между двумя репликами были постоянно выше (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S5). Следовательно, если не указано иное, все анализы ниже были выполнены на генах, содержащих области взаимодействия vlincRNA-хроматина в любом месте в пределах их границ в обеих репликах (методы).
Чтобы оценить взаимосвязь между коэкспрессией и относительной близостью в ядре между vlincRNA и коэкспрессируемыми генами, для каждой vlincRNA мы измерили среднюю нормализованную агрегированную оценку RAT (ANARS) в границах соответствующей коэкспрессии и фона. контрольные гены и в их фланкирующих областях размером 5 т.п.н. (Дополнительный файл 3: Дополнительный рисунок S2, Методы).Как показано на фиг. А для одной vlincRNA (ID-1132), отрицательно и положительно коэкспрессируемые гены имели тенденцию иметь более высокие значения ANARS в телах генов и их фланкирующих областях, чем фоновые гены. Чтобы формализовать это наблюдение, мы создали графики эмпирической кумулятивной функции распределения (ECDF), представляющие распределение ранжированных ANARS для коэкспрессируемых и фоновых генов (рис. B, дополнительный файл 4: дополнительный рисунок S3, методы). ANARS коэкспрессируемых генов был постоянно выше для отрицательных и положительных коэкспрессируемых генов, чем фоновых генов, в телах генов и во фланкирующих областях для большинства условий обработки vlincRNA, как показано на рис.b для vlincRNA ID-1132 и в дополнительном файле 4: дополнительный рисунок S3 для всех других vlincRNA.
Паттерны и статистическая значимость обогащения сигнала RAT коэкспрессируемыми генами. a Графики, показывающие ANARS для тел генов и 5kb фланкирующих областей для всех генов, коэкспрессированных с vlincRNA ID-1132 и фоновыми генами. Размеры генных регионов были увеличены до 5kb. Показанный в этом примере ANARS был рассчитан на основе анализа RAT, проведенного в обработанных ДМСО клетках.ANARS для положительного, отрицательного и контрольного фоновых генов представлен соответственно красными, синими и оранжевыми точками. b ECDF-графики для данных, показанных в a . Обратите внимание на сдвиг вправо графиков, соответствующих коэкспрессируемым генам, что означает усиление сигнала по сравнению с фоновыми генами. Верхние 30% данных, используемых для анализа статистической значимости, выделены прямоугольниками. c Резюме распределения статистической значимости обогащения ANARS коэкспрессируемыми по сравнению с фоновыми генами (вверху) и цис по сравнению со всеми генами (внизу). d Графики, показывающие ANARS для тел генов и 5kb фланкирующих областей для генов, коэкспрессируемых с vlincRNA ID-1132 (и расположенных на той же хромосоме ( cis , красные точки) и всех совместно экспрессируемых генов (синие точки). размеры генных областей были масштабированы до 5kb. e Boxplots данных, представленных в d для позиций с ненулевым ANARS
Чтобы проверить, является ли разница значимой, мы вычислили p значений обогащения нормализованных Сигнал RAT коэкспрессируется относительно фоновых контрольных генов.Статистический анализ был выполнен на 30% лучших ранжированных значений ANARS для совместно экспрессируемых и фоновых генов, как показано областями графиков ECDF, разграниченными прямоугольниками на рис. B (методы). Фактические значения p приведены в дополнительном файле 1: дополнительная таблица S6, а результаты анализа суммированы на рис. C (тела гена) и в дополнительном файле 5: дополнительный рисунок S4 (тела гена и фланкирующие области) . Интересно, что обогащение ANARS положительно и отрицательно коэкспрессируемыми генами по сравнению с фоновыми генами было статистически значимым для большинства (12/14) комбинаций лечения vlincRNA (рис.c, Дополнительный файл 5: Дополнительный рисунок S4). Кроме того, обогащение было статистически значимым во всех 14 комбинациях положительно или отрицательно или для обоих типов совместно экспрессируемых генов (рис. C, дополнительный файл 5: дополнительный рисунок S4).
Большинство коэкспрессируемых генов было локализовано на хромосомах, отличных от той, которая несёт соответствующие влинкРНК ( транс, ). Однако интересно отметить, что ANARS для коэкспрессируемых генов cis (расположенных на той же хромосоме, что и vlincRNA) имел тенденцию быть выше, чем для всех коэкспрессируемых генов, как показано на рис.d, e для vlincRNA ID-1132 и в дополнительном файле 6: дополнительный рисунок S5 для всех остальных vlincRNA. Затем мы оценили статистическую значимость обогащения ANARS генами cis по сравнению со всеми генами (рис. C, дополнительный файл 5: дополнительный рисунок S4, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S6). Обогащение было статистически значимым среди всех образцов для положительно коэкспрессируемых генов и для большинства (9/14) образцов для отрицательно коэкспрессированных генов (рис. C, дополнительный файл 5: дополнительный рисунок S4, дополнительный файл 6: дополнительный Рисунок S5, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S6).Взятые вместе, эти результаты предоставили сильную поддержку тому, что коэкспрессируемые гены были обогащены с использованием процедуры RAT и, следовательно, были расположены в непосредственной близости от соответствующих vlincRNAs в ядре. Однако гены с положительной коэкспрессией и гены, расположенные на одной хромосоме, имели постоянно более высокий сигнал, чем гены с отрицательной коэкспрессией и гены, расположенные на других хромосомах (см. Раздел «Обсуждение»).
Затем мы оценили перекрытие между набором данных о коэкспрессии и генами, содержащими области RAT для каждой vlincRNA, и сделали следующие два наблюдения.Во-первых, значимость перекрытия зависела от уровней экспрессии. В частности, гены с низким содержанием имеют гораздо более высокую вероятность наличия значительного перекрытия между генами с положительной коэкспрессией и генами, демонстрирующими доказательства совместной локализации, по сравнению с генами с высоким содержанием (рис. A, b, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S7. ). Однако тенденция была обратной для генов, отрицательно коррелирующих с vlincRNAs (рис. A, b, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S7). Мы наблюдали эту тенденцию для каждой vlincRNA и каждого лечения (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S7).Поэтому, чтобы увеличить соотношение сигнал / шум, мы сначала отсортировали гены по максимальной экспрессии среди всех образцов, а затем отфильтровали гены с отрицательной коэкспрессией, находясь в верхней половине экспрессируемых генов, и гены с положительной коэкспрессией, находясь в нижней части. половина. Во-вторых, сила перекрытия увеличивалась со строгостью порога сигнала RAT, о чем судили по возрастающим отношениям шансов, как показано на рисунке c (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S8). Этот результат показал, что пороги сигналов RAT действительно были информативными для обогащения локализованных vlincRNAs и их регуляторных мишеней.
Проверка сетей, полученных из коэкспрессии, с использованием анализа RAT. a , b Ящичковые диаграммы нечетных соотношений ( a ) и значений p ( b ) перекрытия между сетями коэкспрессии и наборами данных взаимодействия хроматина после стратификации генов на верхнюю и нижнюю половину на основе выражения. c Вверху: определение отношения шансов и описание гипотезы, проверенной в части ниже. Внизу: прямоугольные графики отношений шансов перекрытий между сетями коэкспрессии и генами, содержащими области RAT на уровне гена (слева) и области (справа) при различных порогах сигнала RAT (оси X ). d Диаграмма, иллюстрирующая выбор конечных пороговых значений сигнала RAT для каждой из 14 комбинаций лечения vlincRNA на основе наилучшего перекрытия с коэкспрессируемыми генами. e , f Перекрытие между сетями коэкспрессии и генами, содержащими сигналы RAT, на конечных порогах сигнала RAT для платформ SMS и Illumina. Отношения шансов ( e ) и значения p ( f ) показаны
В качестве следующего шага мы устанавливаем индивидуальный выбор порога одного сигнала RAT для каждой из 14 комбинаций лечения vlincRNA на основе наилучшего перекрытия с коэкспрессируемые гены, как показано на фиг.d (Методы). Используя эти критерии, мы обнаружили, что vlincRNA может находиться в районе 202030 (медиана 1104) и 47239 (медиана 123) отрицательно и положительно коэкспрессируемых генов соответственно. Отношения шансов и значения p для перекрытия между окончательными картами взаимодействия хроматина и отрицательно коэкспрессируемыми генами варьировались соответственно от 1,07 до 2,4 (медиана 1,23) и от 1,16E81 до 7,82E2 (медиана 9,36E48) (рис. e, f, прямоугольные диаграммы с пометкой SMS и Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S9).Соответствующие значения для позитивно коэкспрессируемых генов составляли от 1,14 до 2,38 (медиана 1,33) и от 7,83E15 до 3,89E2 (медиана 3,91E9) (рис. E, f, прямоугольные диаграммы с пометкой SMS и дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). Важным результатом этого анализа было то, что большинство генов, коэкспрессируемых с vlincRNA (74,2% положительных или 81,7% отрицательно коррелирующих транскриптов) имели доказательства совместной локализации с этой vlincRNA.
ВлинкРНК напрямую регулируют экспрессию генов в своих регуляторных сетях
В качестве следующего шага, чтобы обеспечить прямую поддержку регуляторного эффекта влинкРНК, мы оценили эффекты прямого нокдауна 2 влинкРНК, достигнутые с помощью системы CRISPR / Cas13 [23] от экспрессии генов в их регуляторных сетях (рис.). Мы воспользовались преимуществом клеточной линии K562, экспрессирующей индуцируемый доксициклином (Dox) Cas13, который ранее использовался нами для демонстрации биологической значимости влинкРНК при высокопроизводительном скрининге [22]. В этом исследовании смешанная популяция клеток, каждая из которых стабильно экспрессирует одну из 588 отдельных гРНК, подвергалась проверке выживания с помощью различных противораковых препаратов [22]. Здесь мы создали 8 стабильных клеточных линий, экспрессирующих отдельные gRNA, которые, как было установлено, делают клетки чувствительными к генотоксическому стрессу в этом высокопроизводительном скрининге и нацелены на 2 vlincRNAs [22].Для каждой vlincRNA мы сгенерировали 4 стабильные клеточные линии, конститутивно экспрессирующие 2 различных нацеленных gRNA и 2 родственных несовпадающих контрольных gRNA, содержащих мутации в основаниях 1214 28-мерной gRNA, как сообщалось ранее [22]. Эти мутации аннулируют активность gRNA [23]. Чтобы избежать клональных эффектов, каждая клеточная линия была представлена смешанной популяцией клеток с разными сайтами встраивания лентивируса.
Каждую из 8 клеточных линий обрабатывали Dox в течение 0, 3 или 6 дней, и популяцию РНК из каждого образца подвергали анализу RNA-seq.В целом, мы наблюдали устойчивый нокдаун в 3 из 4 гРНК со средним истощением 20,4% по сравнению с днем 0 и нецелевыми контрольными гРНК на основе анализа последовательности РНК (методы, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). Если истощение vlincRNA влияет на гены, которые она регулирует, то уровни РНК отрицательно коррелированных генов должны увеличиваться, а уровни РНК положительно коррелированных — уменьшаться (рис. A). Таким образом, кратность изменений первого в ответ на нокдаун vlincRNA будет выше, чем у второго.И наоборот, если vlincRNA не влияет на гены, которые она регулирует, не должно быть различий в относительных изменениях экспрессии между генами, отрицательно и положительно коррелирующими с ней. Чтобы определить, существует ли разница, было рассчитано кратное изменение каждого гена для 3- и 6-дневной временной точки относительно (1) соответствующего контроля несоответствия и (2) неиндуцированных образцов (контрольные дни 0) на основе РНК-seq анализ (Методы).
Влияние нокдаунов vlincRNA с использованием CRISPR / Cas13 на относительные кратные изменения коэкспрессируемых генов. a Схематическое изображение ожидаемой связи между позитивно или негативно коэкспрессируемыми генами (слева) и соответствующим изменением уровня экспрессии в ответ на нокдаун vlincRNA (справа). b e Относительные различия в кратных изменениях между отрицательно и положительно коэкспрессируемыми генами для каждой пары нацеливания на гРНК-контроль (внизу). Относительные различия были рассчитаны как метрики Коэна d ( b , d ) или различия медиан ( c , e ) путем объединения данных для обоих временных точек (3 и 6 дней) ( b , c ) или анализируя их по отдельности ( d , e ).Более подробная информация в тексте
Затем мы оценили различия в относительных кратных изменениях между 4 группами генов для каждой vlincRNA. Первые 3 группы были основаны на коэкспрессируемых генах: (1) все отрицательно экспрессируются против всех положительно коэкспрессируемых генов, (2) 100 наиболее отрицательно против 100 наиболее положительно коэкспрессируемых генов и (3) 50 наиболее отрицательно экспрессируются против 50 наиболее позитивно коэкспрессируемые гены. Последняя группа фонового контроля состояла из всех оставшихся генов, многие из которых также демонстрировали слабую корреляцию (положительную или отрицательную) с экспрессией vlincRNA, которая, однако, не превышала пороговые значения, описанные выше, чтобы эти гены считались коэкспрессированными с vlincRNA ( Инжир.а). Теоретически эффект истощения vlincRNA на эти фоновые гены должен быть меньше, чем на коэкспрессируемые гены. Таким образом, относительная разница кратных изменений фоновых генов, отрицательно и положительно коррелирующих с экспрессией vlincRNA, могла бы служить контролем для различий, наблюдаемых между отрицательно и положительно коэкспрессируемыми генами (рис. A). Таким образом, фоновая группа была разделена на два подмножества на основе отрицательной или положительной корреляции с vlincRNA, и были рассчитаны различия в относительных кратных изменениях между двумя группами.Для каждого сравнения мы рассчитали 3 показателя: (1) различия между средними относительными кратными изменениями, (2) эффекты Коэна d от различий между средними относительными кратными изменениями и (3) статистическая значимость различий с использованием суммы рангов Вилкоксона. test (рис. be, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). Сравнения проводились путем отдельной обработки трех- и шестидневных временных точек и объединения двух временных точек.
Поразительно, но относительные кратные изменения отрицательно коэкспрессируемых генов почти всегда были выше, чем у положительно коэкспрессируемых генов, о чем свидетельствует разница между медианами и положительными оценками Коэна d (рис.be, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S10). Однако различия медиан и значений Cohens d были намного выше для коэкспрессируемых генов по сравнению с фоновыми коррелированными генами (рис. Be, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). Эта разница была особенно выражена, когда верхние 50 или 100 отрицательно коэкспрессируемых генов сравнивали с верхними 50 или 100 положительно коэкспрессируемыми генами (рис. Be, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). В целом, величины эффектов Коэна d были довольно небольшими, в основном <0.1 для контрольных фоновых генов (рис. B, d, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). Различия медиан и значений Cohens d были выше на 3-й день по сравнению с 6-м днем (рис. D, e, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10), возможно, из-за накопления косвенных эффектов, влияющих на экспрессию целевых генов. . Кроме того, при использовании критерия суммы рангов Уилкоксона медианные относительные кратные изменения отрицательно коэкспрессируемых генов были значительно выше (значение p <0.05), чем у положительно коэкспрессированных для 2 из 3 гРНК (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). Однако несколько сравнений для оставшейся гРНК достигали порога значимости со значениями p в диапазоне 0,050,09 (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S10). На основании этих результатов мы сделали следующие выводы. Во-первых, vlincRNAs, по-видимому, напрямую регулируют множество других генов, как положительно, так и отрицательно, и эти регуляторные взаимодействия можно предсказать на основе корреляции экспрессии в нашем анализе совместной экспрессии.Во-вторых, гены с более сильной коэкспрессией с vlincRNA действительно демонстрируют более сильную регуляцию с помощью vlincRNA. В-третьих, даже относительно скромные уровни истощения этих транскриптов могут иметь измеримые молекулярные фенотипы.
Функциональные свойства регуляторных сетей vlincRNA
Сильное статистическое перекрытие между коэкспрессией SMS и наборами данных взаимодействия хроматина в сочетании с валидацией CRISPR / Cas13 показало, что мы идентифицировали истинные регуляторные сети vlincRNA. Как описано выше, сигнал RAT для генов в сетях vlincRNA был значительно выше, чем в фоновых генах при большинстве обработок.Таким образом, оказывается, что различные методы лечения существенно не меняют регуляторные сети vlincRNA. Для дальнейшей количественной оценки этого наблюдения мы определили списки генов, общих для наборов данных коэкспрессии и взаимодействия хроматина при каждом лечении (ДМСО или лекарственные препараты) для каждой vlincRNA. Затем мы оценили долю перекрытия среди этих списков для каждой vlincRNA. В целом, 83,7–100% (медиана 92,9%) и 48,683,8% (медиана 63,7%) соответственно отрицательно и положительно коррелированных коэкспрессируемых генов были общими для контрольной группы, получавшей ДМСО, и для лечения лекарствами.Соответствующие отношения шансов положительного и отрицательного совместных выражений составили 52,8192,7 (медиана 83) и 6,395,6 (медиана 12,6), что указывает на статистически значимое совпадение между лекарственными препаратами и обработками ДМСО (рис. А, дополнительный файл 1). : Дополнительная таблица S11). Кроме того, сети не претерпели значительных изменений в ответ на лечение разными препаратами. Для двух vlincRNA, профилированных как в клетках, обработанных этопозидом, так и в SN-38, 87,299% (медиана 93,1%) и 80,493,7% (медиана 87.1%) соответственно отрицательно и положительно коррелированных коэкспрессируемых генов были общими для двух препаратов.
Свойства регуляторных сетей vlincRNA. a Стабильность регуляторных сетей в различных лечебных боксах — графики отношений шансов перекрытия между сетями в образцах, обработанных ДМСО и лекарственным препаратом, для 6 vlincRNA. b e Регуляция нескольких генов в trans и cis . Большинство генов в положительно и отрицательно коррелирующих сетях обнаруживаются на разных хромосомах, как показано для сетей коэкспрессии vlincRNA ID-1202 при лечении этопозидом или ДМСО.Связи между vlincRNA, расположенной на хромосоме 3, и каждым геном, коэкспрессируемым (положительно или отрицательно) с ним и содержащим сайт взаимодействий vlincRNA-хроматин, показаны тонкими линиями. Ящичковые диаграммы отношений шансов ( c ), значений p ( d ) и общего числа общих генов ( e ) на основе сравнений сетей коэкспрессии и наборов данных взаимодействия хроматина для либо все гены (левые графики), либо гены, обнаруженные на одной и той же хромосоме (правые графики) для 14 комбинаций vlincRNA-лекарства. f , g Десять основных терминов GO, обогащенных генами, обнаруженных либо в отрицательных ( f ), либо в положительных ( g ) сетях коэкспрессии для всех 407 vlincRNA. Термины GO были ранжированы на основе количества vlincRNA ( X -axes), чьи сети были обогащены этими терминами. Цифры рядом с каждым термином представляют% vlincRNAs, содержащих термин, от общего числа 407 vlincRNAs. ч Коробчатые диаграммы значений корреляции Спирмена всех возможных парных комбинаций мРНК-мРНК, влинкРНК-влинкРНК и мРНК-влинкРНК
Во-вторых, сети состояли в основном из генов, расположенных на хромосомах, отличных от тех, в которых были обнаружены влинкРНК, как показано на примере на рис.б. Однако, в соответствии с приведенными выше результатами, отношения шансов перекрытия между наборами данных коэкспрессии и взаимодействия хроматина были выше для генов, расположенных на тех же хромосомах ( цис, ), что и vlincRNA, чем для генов на других хромосомах ( транс ) (рис. C), но только 12/28 из этих совпадений были статистически значимыми (рис. D, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S12). Вероятная причина этого в том, что количество генов на одних и тех же хромосомах было не таким высоким, как во всем геноме (рис.e, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S12). Таким образом, мы объединили все образцы для увеличения статистической мощности и действительно смогли показать, что отношения шансов перекрытия между наборами данных коэкспрессии и взаимодействия хроматина были выше в цис , чем в транс ( p , значение 6.1E3, Wilcoxon тест на сумму рангов). Следовательно, эти результаты предполагают, что vlincRNAs участвуют как во взаимодействиях cis и trans ; однако, в то время как последних намного больше, взаимодействия РНК-хроматина с генами на тех же хромосомах имеют тенденцию быть более сильными (см. раздел «Обсуждение»).
Чтобы лучше понять свойства регуляторных сетей vlincRNA, мы выполнили анализ Gene Ontology (GO), чтобы аннотировать все 407 vlincRNAs на основе функций генов в сетях. Поразительно, что сети для разных vlincRNAs обнаруживают обогащение сходными функциями (Fig. F, g, Additional file 1: Supplemental Table S13). Большинство отрицательно коррелированных сетей были значительно обогащены функциями, связанными с РНК (рис. F), в то время как положительные сети были значительно связаны с различными терминами ГО развития (рис.грамм). Например, пять основных обогащенных терминов GO среди отрицательно коррелированных сетей и общих для 65% vlincRNAs были: обработка РНК, сплайсинг РНК, сплайсинг мРНК, процесс метаболизма мРНК и сплайсинг мРНК (рис. F, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S13). Транскрипция с использованием ДНК-шаблона входила в топ-20 таких терминов GO и разделялась на 50% всех влинкРНК (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S13). С другой стороны, пять главных терминов ГО, обогащенных положительно коррелированными сетями, включали развитие нервной системы, развитие центральной нервной системы, развитие многоклеточных организмов, развитие системы и развитие анатомической структуры, общих для 2735% vlincRNA (рис.g, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S13). Расширение до 50 основных терминов GO выявило дополнительное обогащение отрицательно коэкспрессированных сетей функциями, связанными с клеточным циклом, такими как фазовый переход клеточного цикла, клеточный цикл, процесс митотического клеточного цикла, сегрегация митотических сестринских хроматид и негативная регуляция клеток. процесс цикла разделяется 4346% vlincRNAs (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S13). На том же этапе было выявлено обогащение функций, связанных с клеточной адгезией, среди генов, обнаруженных в положительно коррелированных сетях и общих для 1321% vlincRNAs (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S13).
В целом, обогащение сходных функций среди совместно экспрессируемых генов свидетельствует о том, что vlincRNAs имеют несколько схожие паттерны экспрессии. Чтобы решить эту проблему, мы рассчитали медианную корреляцию Спирмена только между vlincRNA или мРНК и между парами vlincRNA и мРНК. Средние корреляции vlincRNA-vlincRNA, vlincRNA-mRNA и mRNA-mRNA составляли соответственно 0,28, 0,02 и 0,03 (рис. H). Таким образом, действительно, vlincRNAs имеют тенденцию координированно регулироваться и участвовать в контроле генов со сходными функциями.
ВлинкРНК необходимы для выживания клеток в стрессовых условиях
Чтобы напрямую проверить, могут ли влинкРНК и их регуляторные сети иметь биологическое значение, мы проверили важность 2 влинкРНК, используемых в экспериментах CRISPR / Cas13, для способности клеток выдерживать генотоксический стресс. Клетки из 8 отдельных клеточных линий CRISPR / Cas13, описанных выше, смешивали в равных пропорциях, выращивали в течение 3 дней в присутствии или в отсутствие Dox, а затем обрабатывали этопозидом (также с или без Dox).Как показано в нашем предыдущем исследовании, этопозид оказывал сильное и продолжительное токсическое действие на клетки K562, приводя к постоянной гибели клеток даже после отмены препарата и медленному восстановлению [22]. Здесь для каждой обработки после удаления этопозида клеткам давали возможность вырасти в течение ~ 10 дней, пока они не возобновили нормальный рост и внешний вид, а затем мы оценили выживаемость клеток, несущих каждую гРНК, вычислив нормализованное содержание этой гРНК в геномной ДНК. из объединенных ячеек с помощью NGS.Для каждого лечения и каждой пары гРНК мы рассчитали соотношение численности нацеливающих / нецелевых гРНК для оценки относительной выживаемости клеток, несущих гРНК, нацеленных на vlincRNA, по сравнению с клетками, несущими их родственные не нацеленные контроли.
Интересно, что среднее / медиана соотношений нацеленных гРНК по сравнению с их родственными контролями сразу после объединения или роста в течение 3 дней до добавления этопозида составляло 0,9 / 0,91, даже если все клеточные линии были смешаны в равных пропорциях (дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S14, Методы).Это предполагает, что даже во время стадий роста и размножения, ведущих от лентивирусной трансфекции к созданию индивидуальных клеточных линий, преимущественная потеря клеток, экспрессирующих нацеливающие гРНК, предположительно происходила из-за их токсичности в сочетании с неплотной экспрессией Cas13 в отсутствие Dox. Последующие обработки этопозидом привели к дальнейшему падению этого отношения, особенно в сочетании с индукцией Cas13 доксом (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S14). Среднее / медианное соотношение нацеленных и нецелевых гРНК составляло 0.91 / 0,87 для этопозида / Dox и 0,78 / 0,76 для лечения этопозидом / + Dox (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S14). В целом, по всем 4 парам гРНК падение отношения (указывающее на большее количество мертвых клеток) в образцах этопозид / + Dox было статистически значимым со значениями p 0,01 и 0,04 (односторонний тест Стьюдента t ) по сравнению с клетки, не обработанные этопозидом, или клетки, обработанные этопозидом / доксом. Интересно, что клетки, экспрессирующие гРНК D33_v2_6, которые не показали значительного истощения vlincRNA в анализе транскриптома, были наиболее истощены даже без лекарственной обработки по сравнению с их нецелевым контролем в анализе выживаемости клеток с соответствующими средними отношениями 0.84, 0,76 и 0,66 (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S14). Эти результаты предполагают, что наша неспособность обнаружить последовательные изменения уровня транскрипта-мишени может быть вызвана гибелью клеток, в которых эта vlincRNA истощена в смешанной популяции клеток. В целом эти результаты демонстрируют, что эти влинкРНК необходимы для выживания клеток в нормальных условиях роста и особенно в условиях генотоксического стресса.
Влияние платформы измерения РНК на аутентичность сетей, производных от коэкспрессии
Чтобы проверить, будет ли значительное перекрытие между сетями, производными от коэкспрессии, и наборами данных взаимодействия хроматина общей характеристикой для любого набора данных экспрессии, мы регенерировали часть набор данных, используемый для анализа коэкспрессии с использованием платформы Illumina 2-го поколения, также с использованием полной РНК, обедненной рРНК.Мы создали сети коэкспрессии, используя те же критерии, что и выше. Важно отметить, что применение одного и того же порогового значения p для оценки надежности оценок корреляции теоретически должно учитывать различное количество выборок, используемых для расчета корреляций коэкспрессии (64 для SMS против 32 для Illumina). Кроме того, набор данных Illumina имел гораздо большее (в среднем ~ 10-кратное) количество считываний, сгенерированных на выборку, и значительно более длительные считывания: 150 базовых считываний на парном конце по сравнению с однократным считыванием в среднем ~ 35 баз для SMS.Для каждой vlincRNA мы обнаружили большее количество коэкспрессированных транскриптов с использованием тех же пороговых значений в наборе данных Illumina RNA-seq, чем в SMS, с соответствующими средними числами 2073 и 1615. Как и в анализе коэкспрессии на основе SMS, мы наблюдали статистически значимую тенденцию к отрицательной корреляции между vlincRNA и мРНК с соответствующим средним числом отрицательно и положительно коэкспрессированных мРНК 1119 и 943 на vlincRNA (значение p < 2.2E16, знаковый ранговый тест Уилкоксона).
Однако совпадение с набором данных RAT было слабым на основании сравнений с отдельными комбинациями vlincRNA-лечение или на объединенном наборе данных, сделанном путем объединения всех обработок для всех vlincRNAs (рис. E, f, дополнительный файл 1: дополнительные таблицы 15 и 16) . В то время как отношения шансов совпадений с отрицательно коэкспрессируемыми генами указывали на обогащение и варьировались от 1,03 до 1,74 (медиана 1,19) (рис. E, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S15), значения p были гораздо менее значимыми по сравнению с с теми из SMS RNA-seq, упомянутых выше, со средним значением p , равным 3.7E2 (в диапазоне от 2,22E47 до 0,35) (рис. F, дополнительный файл 1: дополнительная таблица S15). Кроме того, отношения шансов для положительно коэкспрессируемых генов были намного ниже, чем для набора данных SMS RNA-seq, в диапазоне от 0,8 до 1,06 со средним значением 1,0 и медианным значением p , равным 0,53 (в диапазоне от 3,09E2 до 0,93). ) (Рис. A, b, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S15). Сходные результаты были получены с использованием объединенных данных: хотя перекрытие было значительным для отрицательно коэкспрессированных vlincRNA для обеих платформ, хотя и с более высокой значимостью в случае SMS, оно было значимым только для положительно коэкспрессированных vlincRNA, обнаруженных с помощью SMS. платформа (Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S16).Когда были объединены как положительно, так и отрицательно коэкспрессируемые vlincRNA, перекрытие было значительным только для платформы SMS (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S16).
Мы также сравнили эффект нокдауна vlincRNA на сети коэкспрессии, генерируемые обеими платформами. В целом, сети, созданные Illumina, имели такие же профили, как и SMS (Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S17). Однако различия между коэкспрессируемыми генами в сетях и фоновыми генами были гораздо менее значительными (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S17).Например, эффекты Коэна d объединенных данных 3 и 6 дней для gRNAs gRNA D30_v6_6 и D33_v2_10 составили 0,148 и 0,273 для сетевых генов и соответственно 0,062 и 0,113 для фоновых генов для сетей, генерируемых SMS (рис. б, Дополнительный файл 1: Дополнительная таблица S10) в среднем в 2,4 раза выше для сетевых генов. Соответствующие значения для сетей Illumina составили 0,086 и 0,295 по сравнению с 0,080 и 0,218 (дополнительный файл 1: дополнительная таблица S17) в среднем 1.В 2 раза выше. Следовательно, сети, созданные с использованием разных платформ экспрессии даже на одном и том же типе образцов, вероятно, будут значительно отличаться с точки зрения их подлинности.
Discussion
Здесь мы представляем подход коэкспрессии для функциональной аннотации lncRNAs, принадлежащих к классу vlincRNAs, на основе SMS 3-го поколения. Мы дополнительно удостоверяем регуляторные сети vlincRNA, полученные с использованием этого подхода, с помощью полногеномных карт взаимодействий хроматина и целевого нокдауна выбранных vlincRNAs.Мы приводим несколько линий доказательств, показывающих, что перекрытие между сетями коэкспрессии и набором данных взаимодействия хроматина не является случайным и, вероятно, представляет собой биологически значимые взаимодействия. Во-первых, профили взаимодействия хроматина воспроизводимы в различных биологических репликах. Во-вторых, сигнал, полученный из профилей взаимодействия хроматина, намного сильнее для коэкспрессируемых генов по сравнению с фоновыми генами. В-третьих, совпадение между генами, свидетельствующими о близости к днРНК, и набором данных о совместной экспрессии является статистически значимым.В-четвертых, сила перекрытия пропорциональна строгости отсечки, используемой в анализе RAT. Наконец, мы предоставляем прямое доказательство того, что vlincRNAs регулируют гены-мишени, идентифицированные с помощью анализа коэкспрессии, посредством нокдауна специфических vlincRNAs с помощью системы CRISPR / Cas13.
Кроме того, мы показываем, что платформа анализа транскриптомов имеет решающее значение для получения аутентичного набора данных о коэкспрессии. Использование платформы, требующей ПЦР-амплификации на этапе подготовки библиотеки, значительно уменьшило или полностью устранило соответствие между коэкспрессией и наборами данных взаимодействия хроматина.Это было особенно очевидно в корреляции между классом транскриптов с относительно низким содержанием vlincRNAa и мРНК с низким содержанием и согласуется с предыдущими отчетами, показывающими, что SMS более точен в обнаружении и количественном определении транскриптов с низким содержанием по сравнению с платформами, использующими ПЦР-амплификацию во время библиотеки. препараты типа Illumina и др. [25]. В то время как SMS использовался ранее для генерации широкого набора данных экспрессии для нескольких типов клеток на основе технологии CAGE (экспрессия гена анализа кэпа) консорциумом FANTOM5 [38], насколько нам известно, нет обширного набора данных SMS, основанного на RNA-seq и сгенерированного на существует единственный тип ячеек.Большинство созданных к настоящему времени сетей днРНК основаны на анализах коэкспрессии, где измерения экспрессии включают этапы амплификации ПЦР во время приготовления библиотеки. Более того, ни одна из этих сетей не прошла независимую валидацию. Таким образом, представленные здесь результаты представляют собой первую попытку создания сетей днРНК с использованием перекрестной проверки с помощью независимых молекулярно-биологических и обратных генетических подходов.
В целом, в этой работе мы предоставляем руководство по стратегии аннотации коэкспрессии, которая может широко применяться для аннотирования транскриптов неизвестной функции, как кодирующей, так и некодирующей.Основываясь на наших результатах, такая стратегия будет включать в себя следующие особенности: (1) она должна быть основана на высокоточном анализе экспрессии всего генома, который не включает этапы амплификации ПЦР, (2) включать короткое время нарушений транскриптома для фиксации прямых взаимодействий. и (3) ограничивается одним типом ячейки. Однако также вполне возможно, что стратегии, которые могут хотя бы частично преодолеть артефакты, вызванные ПЦР, такие как уникальные молекулярные идентификаторы (UMI), также могут хорошо работать в стратегиях аннотации, основанных на анализе коэкспрессии.
Используя эту общую стратегию, мы пришли к следующим выводам о функциональности класса транскриптов vlincRNA. Во-первых, vlincRNAs, по-видимому, регулируют несколько генов как в trans , так и в cis . В этом отношении они напоминают факторы транскрипции, но их способ функции, вероятно, будет совершенно другим. Во-вторых, хотя большинство генов, регулируемых vlincRNAs, лежат на разных хромосомах, гены, расположенные в cis , с большей вероятностью регулируются vlincRNAs.В-третьих, влинкРНК, по-видимому, в основном негативно регулируют другие гены, за исключением тех, которые находятся в непосредственной близости от них. Это свойство было бы похоже на другие lncRNAs, которые, как сообщается, функционируют путем нацеливания репрессивных модифицирующих хроматин компонентов на промоторы их генов-мишеней [4, 5].
В-четвертых, анализ взаимодействия РНК-хроматин, используемый в этом исследовании, не требует прямого взаимодействия между днРНК и целевой ДНК, а скорее зависит от их относительной близости в ядре. Недавно было сообщено о ряде экспериментальных подходов к анализу либо прямых взаимодействий, либо непосредственной близости между молекулами ДНК и РНК в масштабе всего генома [35,37].Однако наши результаты показывают, что lncRNAs также участвуют в функционально важных trans взаимодействиях, которые более отдалены от их генов-мишеней, но все же оказывают влияние на регуляцию экспрессии этих генов. В этом отношении следует отметить, что ранее сообщалось о локализации vlincRNAs в дискретных субядерных структурах [19, 29]. Вместе с этими свойствами локализации представленные здесь результаты предполагают, что vlincRNAs могут функционировать, участвуя в формировании субядерных доменов и, таким образом, контролировать экспрессию и / или процессинг множества генов в этих доменах.В соответствии с этими результатами ранее предполагалось, что днРНК функционируют как интеллектуальные каркасы, которые выполняют роль организаторов микродоменов в ядре, которые облегчают обмен информацией и вычислениями, необходимыми для решения ошеломляющей сложности молекулярных решений, происходящих в ядре клетки человека. [39]. В самом деле, прецедент для этого существует, как показано на примере днРНК Neat1 , которая представляет собой критический компонент paraspeckles субядерных структур [40, 41]; однако наши результаты показывают, что эта функциональность днРНК может быть гораздо более распространенной.
Интересно, что мы обнаружили, что любая данная влинкРНК, по-видимому, может регулировать несколько (от сотен до тысяч) генов. Это поднимает вопрос о том, как днРНК, даже очень длинная, может находиться в непосредственной близости от стольких генов и влиять на них. Одно из возможных объяснений состоит в том, что гены обогащены рядом с vlincRNA в трехмерной организации ядра, и это обогащение фиксируется анализом RAT. Фактически, NEAT1 и MALAT1 lncRNAs, как было показано, не только образуют субядерные домены, но также взаимодействуют с сотнями генов [42].Точно так же влинкРНК могут также обеспечивать связи между множеством генов, с которыми они взаимодействуют, и ядерными доменами, которые они помогают формировать. Другая возможность состоит в том, что не все эти взаимодействия происходят в одной и той же клетке, и пакетные анализы, используемые в этом исследовании, охватывают всю сложность взаимодействий, происходящих в нескольких клетках. Однако для решения этого вопроса необходимы дополнительные исследования, вероятно, с использованием одноклеточного подхода.
Интересно, что все 407 vlincRNAs, представляющие ~ 2% геномного пространства (аналогично тому, что представлено экзонами мРНК) имеют сходные паттерны экспрессии и, по-видимому, регулируют гены, участвующие в относительно небольшом количестве типов функций.К последним относятся те, которые связаны с различными аспектами метаболизма РНК, развитием нервной системы и развитием в целом и, в меньшей степени, с клеточным циклом и клеточной адгезией. Ранее функции, связанные с ранним развитием и ранним развитием мозга, также были обнаружены среди положительно коррелирующих функций для vlincRNAs, регулируемых с помощью связанных с плюрипотентностью факторов транскрипции Sox2, Nanog или Oct4 с использованием коэкспрессии в нескольких типах клеток [29]. Наши данные предполагают, что эта ассоциация может быть более общим признаком vlincRNAs и не обязательно ограничиваться теми, которые регулируются факторами транскрипции, ассоциированными с плюрипотентностью.
Обогащение функций, связанных с клеточным циклом, также ранее было обнаружено среди генов, отрицательно коррелированных с vlincRNAs [29]. Более того, две охарактеризованные vlincRNAs VAD и ASAR6-141 участвуют, соответственно, в контроле клеточного цикла [19] и времени репликации хромосом [20]. Таким образом, кажется, что регуляция функций, связанных с клеточным циклом, действительно может быть общей чертой vlincRNAs. В целом, сети, состоящие из генов, кодирующих функции, связанные с РНК, и те, которые участвуют в клеточном цикле, достаточно хорошо соответствуют потенциальному участию влинкРНК в ответе на повреждение ДНК, обнаруженному в этой работе.Контроль клеточного цикла является основным и хорошо изученным компонентом этого процесса [43].
Однако, возможно, наиболее поразительным и новым результатом этого исследования является ассоциация большинства vlincRNAs с регулирующими генами, кодирующими функции, участвующие в процессинге и метаболизме РНК. Сложность транскриптома в клетке человека ошеломляет: почти каждый ген обладает альтернативными изоформами из-за инициации, терминации и сплайсинга, причем многие такие изоформы все еще не обнаружены [44, 45].Регулирование этой сложности само по себе должно быть чрезвычайно сложным и динамичным, чтобы реагировать на различные сигналы окружающей среды и развития и проблемы, с которыми сталкивается клетка. Кроме того, известно, что в ответ на повреждение ДНК вовлечены несколько генов, продукты которых участвуют в сплайсинге РНК и метаболизме РНК [46]. Представленные здесь результаты доказывают, что влинкРНК могут обеспечивать новые регуляторные центры, ответственные за координацию ответа клеток на повреждение ДНК, преимущественно через регулирующие гены, кодирующие функции, связанные с РНК.В целом, vlincRNAs, по-видимому, служат регуляторами регуляторов транскриптома и, таким образом, потенциально представляют собой важный компонент скрытого слоя основанного на РНК контроля, который, как предполагается, имеет место в клетках сложных организмов [10, 11].
Молекулярное обнаружение и генотипирование β-вируса папилломы человека и его связи с эпителиальными новообразованиями кожи, дерматологическая терапия
Эпидемиологические и молекулярно-биологические данные предполагают, что β-вирус папилломы человека (ВПЧ) может вызывать эпителиальные опухоли кожи, но взаимосвязь остается неясной.Новый подход к диагностике ВПЧ основан на измерении консистенции вируса. Мы обследовали 52 пациента с ослабленным иммунитетом и иммунокомпетентными пациентами, чтобы определить связь эпителиальных новообразований с β-HPV. Определение ВПЧ проводили с помощью полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным детектированием в режиме реального времени. Амплификацию и детекцию проводили на «Rotor-Gene» 3000 («Corbett Research», Австралия). Для количественной оценки рода бета-ВПЧ мы использовали рекомбинантные плазмидные положительные контроли, а также контрольную плазмиду фрагментов β-глобина, взятых из генов человека (Центральный научный институт эпидемиологии Роспотребнадзора).Мы обнаружили, что ДНК β-HPV преобладала в фиброэпителиальных полипах (64%) и в явно здоровой коже (54%) пациентов с ослабленным иммунитетом по сравнению с 47% в коже здоровых доноров. Смешанная инфекция была обнаружена в фиброэпителиальных полипах у 57% пациентов с ослабленным иммунитетом. Консистенция вируса в фиброэпителиальных полипах была выше, чем в коже очевидно нормальных доноров. Высокий уровень обнаружения ДНК ВПЧ был обнаружен в фиброэпителиальных полипах и в явно здоровой коже пациентов с ослабленным иммунитетом, тогда как высокий уровень ДНК ВПЧ был обнаружен только в фиброэпителиальных полипах. 中文 翻译 ：
β- 人 乳头瘤病毒 的 分子 检测 和 基因 分 型 及其 上皮 性 皮肤 肿瘤 的 关系
和 分子 生物学 数据 表明 ， β- 人类 乳头瘤病毒 （HPV） 可以 引起 上皮 性 皮肤 肿瘤 但 关系 仍 不清楚。 HPV 的 新 方法 基于 病毒 稠度。 我们 检查 了 52免疫 功能 和 具有 的 患者 ， 上皮 肿瘤 β-HPV 的 关联 。HPV 的 测定 是 通过 聚合酶 反应 扩增 使用 «Ротор-Джин» 3000 （澳大利亚 «Corbett Research»） 进行。 为了 量化 βHPV 属 ， 我们 使用 了 重组 质粒 以及 取自 人类 基因 的 β- 珠 蛋白 的 对照 质粒 （中央 流行病学 Роспотребнадзор）。 发现 ， HPVDNA.中 混合 感染 的 检出 率为 57 ％。 纤维 中 的 病毒 稠度 高于 看似 体 皮肤 中 的 病毒 在 的 纤维 上皮 息肉 和 明显 的ДНК ВПЧ »明显 健康 的 HPV DNA 检出 率 ， 而 了 中 的免疫 受损 患者 的 纤维 上皮 的 皮肤 中 发现 HPV DNA 的 的 检出 率 ， 的 在 纤维 高水平
Расписание рейсов Яунде — Москва
[Россия] Существуют ограничения на поездки для пассажиров, вылетающих из выбранной вами страны вылета.Пожалуйста, проверьте полную информацию о ваших ограничениях на поездки перед бронированием. Опубликовано 14.06.2021
1. Пассажирам вход запрещен.
- Это не относится к:
- граждан ФРС РФ. и члены их семей;
- постоянных жителей РФ;
- граждане Великобритании и граждане Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана, Кореи (Респ.), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Узбекистан, Венесуэла и Вьетнам, если вы прибываете прямым рейсом из Азербайджана, Армении, Беларуси, Кубы. , Египет, Эфиопия, Финляндия, Германия, Греция, Индия, Япония, Казахстан, Корея (Республика), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла или Вьетнам;
- жителей Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана, Кореи (респ.), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла и Вьетнам, если вы прибываете прямым рейсом из Армении, Азербайджана, Беларусь, Куба, Египет, Эфиопия, Финляндия, Германия, Греция, Индия, Япония, Казахстан, Корея (Республика), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция , Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла или Вьетнам;
- студентов с письменным разрешением, выданным их университетом.Согласие должно быть подано в Федеральную службу безопасности ФРС. университетом;
- до 2 июля 2021 г .:
- пассажиров, путешествующих с карточкой болельщика УЕФА 2021, выданной на бумаге или в электронном виде;
- пассажиров с письмом-подтверждением «Местная организационная структура UEFA Euro 2021 (LOS)».
2. Пассажиры, прибывающие или следующие транзитом через территорию Российской Федерации. должен иметь распечатанный отрицательный результат ПЦР-теста на COVID-19, выданный не позднее, чем за 3 дня до прибытия.Результат теста должен быть на английском или русском. Принимается нотариально заверенный перевод на русский язык.
- Это не относится к:
- человек из ФРС РФ;
- граждан Армении, Беларуси, Казахстана и Кыргызстана прибывают прямым рейсом из Армении, Беларуси или Кыргызстана.
3. Граждане Армении, Беларуси, Казахстана и Кыргызстана, прибывающие прямым рейсом из Армении, Беларуси или Кыргызстана, должны иметь отрицательный результат теста ПЦР на COVID-19, выданный не позднее, чем за 3 дня до прибытия.Результат теста должен содержать зеленый QR-код, полученный в приложении «Путешествие без COVID-19».
4. До 21 июня 2021 года рейсы из Танзании в ФРС РФ. приостановлены.
5. Пассажиры, прибывающие из Великобритании, подлежат самоизоляции на 14 дней.
6. Пассажиры должны заполнить «Форму заявки» и предъявить ее по прибытии. Форму можно получить по адресу https://www.rospotrebnadzor.ru/upload/авиаРнкетР°% 20RUS.docx
7. Приостановление выдачи электронной визы.
https://covidcontrols.co/
Расписание рейсовЯунде — Москва
[Россия] Существуют ограничения на поездки для пассажиров, вылетающих из выбранной вами страны вылета. Пожалуйста, проверьте полную информацию о ваших ограничениях на поездки перед бронированием. Опубликовано 14.06.2021
1. Пассажирам вход запрещен.
- Это не относится к:
- граждан ФРС РФ.и члены их семей;
- постоянных жителей РФ;
- граждане Великобритании и граждане Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана, Кореи (Республика), Кыргызстана, Мальдив, Катара, Сербии, Сейшельских островов, Сингапура, Шри-Ланки , Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Узбекистан, Венесуэла и Вьетнам, если вы прибываете прямым рейсом из Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана. , Корея (Респ.), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские Острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла или Вьетнам;
- жителей Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана, Кореи (Респ.), Кыргызстана, Мальдив, Катара, Сербии, Сейшельских островов, Сингапура, Шри-Ланки, Швейцарии, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла и Вьетнам, если вы прибываете прямым рейсом из Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана. , Корея (Респ.), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские Острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла или Вьетнам;
- студентов с письменным разрешением, выданным их университетом. Согласие должно быть подано в Федеральную службу безопасности ФРС. университетом;
- до 2 июля 2021 г .:
- пассажиров, путешествующих с карточкой болельщика УЕФА 2021, выданной на бумаге или в электронном виде;
- пассажиров с письмом-подтверждением «Местная организационная структура UEFA Euro 2021 (LOS)».
2. Пассажиры, прибывающие или следующие транзитом через территорию Российской Федерации. должен иметь распечатанный отрицательный результат ПЦР-теста на COVID-19, выданный не позднее, чем за 3 дня до прибытия. Результат теста должен быть на английском или русском. Принимается нотариально заверенный перевод на русский язык.
- Это не относится к:
- человек из ФРС РФ;
- граждан Армении, Беларуси, Казахстана и Кыргызстана прибывают прямым рейсом из Армении, Беларуси или Кыргызстана.
3. Граждане Армении, Беларуси, Казахстана и Кыргызстана, прибывающие прямым рейсом из Армении, Беларуси или Кыргызстана, должны иметь отрицательный результат теста ПЦР на COVID-19, выданный не позднее, чем за 3 дня до прибытия. Результат теста должен содержать зеленый QR-код, полученный в приложении «Путешествие без COVID-19».
4. До 21 июня 2021 года рейсы из Танзании в ФРС РФ. приостановлены.
5. Пассажиры, прибывающие из Великобритании, подлежат самоизоляции на 14 дней.
6. Пассажиры должны заполнить «Форму заявки» и предъявить ее по прибытии. Бланк можно получить по адресу https://www.rospotrebnadzor.ru/upload/авиаРнкетР°% 20RUS.docx
7. Приостановление выдачи электронной визы.
https://covidcontrols.co/
СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ ОЦЕНКИ ПЕРЕРЫВНОГО ВЛИЯНИЯ ФАКТОРОВ РИСКА
Артемьева А.А. Оценка риска развития неканцерогенных воздействий на здоровье населения, связанных с загрязнением подземных вод в районах добычи нефти // Вестник Удмуртского университета.- 2015. — Т. 25, вып. 1 — С. 122-133.Петрова Л.Ш., Аверин С.Ю., Чистякова Н.В. Гигиеническая характеристика качества атмосферного воздуха в городе Череповце и оценка ее влияния на здоровье населения / Фундаментальные и прикладные аспекты анализа рисков для здоровья населения. Материалы Всероссийской научно-практической Интернет-конференции молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора. — 2013. — С. 15-18.
GnahouaMagloireOKOU, Marie-JeanneAdélaïdeOHOU-Yao, Dompé GhislainAHOULÉ, AgnessEssohJeanEudesYvesGNAGNE, OsseyBernardYAPO, Nahossé ZIAO.Влияние городского загрязнения на качество подземных вод шести муниципалитетов Абиджана .// Американский журнал охраны окружающей среды. 2018, 6 (3), стр. 68-76.
П.В. Рекхадеви, М. Махбуб, М.Ф. Рахман, П. Гровер «Определение генетических повреждений и метаболитов в моче у обслуживающего персонала автозаправочных станций» Экологический и молекулярный мутагенез, Vol. 52, pp. 310-318, 2011.
Камалетдинова А.А., Ситдикова И.Д., Япарова А.В., Габидуллина М.Р., Васильева Е.В., Миннегулов М.Р., Фадеева С.А., Гордеева А.В. Социально-гигиенические исследования в области медицинской экологии .// Окружающая среда и общественное здоровье. Казань. 2018. — С. 33 — 34.
Рахманин Ю. А., Новиков С.М., Шашина Т.А., Иванов С.И. Методические рекомендации по оценке риска для здоровья населения от воздействия химических веществ, загрязняющих окружающую среду. М: Федеральный центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора Минздрава России. 2004. — С. 143.
Критерии оценки риска для здоровья населения от приоритетных химических веществ, загрязняющих окружающую среду.Методические рекомендации. Московский федеральный центр санитарного надзора МР 2.1.9.004-03. 2003
Ахтямова Л.А., Ситдикова И.Д., Мешков А.В., Имамов А.А., Иванова М.К., Фадеева С.А. Комплексная оценка риска для здоровья населения в зоне влияния выбросов химических производств. // Общественное здоровье и окружающая среда. Москва. 2018, № 09 (306).
Оценка риска как критерий экологического стресса / С.А.Фадеева, И.Д. Ситдикова, Е. Мингазова, Д. Лопушов, К. Березин, // Индо-американский журнал фармацевтических наук.- 2018. — Т. 05 (09). — P. 9323-9327 — ISSN 2349-7750
C. Orha, C. Lazau, R. Pode, F. Mane Одновременное удаление гуминовой кислоты и мышьяка (III) из питьевой воды с использованием порошкообразного активированного угля TiO2 // Journal of Охрана окружающей среды и экология 2018.-19, № 1, стр. 39–47.
Россия отправила 500 наборов для тестирования на коронавирус в Иран
На этой фотографии, сделанной в воскресенье, 1 марта 2020 года, медик лечит пациента, инфицированного коронавирусом, в больнице в Тегеране, Иран. (Али Ширбанд / Информационное агентство Mizan через AP)МОСКВА (ТАСС) — Россия отправила 800 тест-систем для обнаружения нового коронавируса в страны Евразийского экономического союза, Иран, Северную Корею, Монголию и Содружество Независимых Государств, Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей. и Human Wellbeing заявили в четверг.
«Испытательные системы, разработанные Роспотребнадзором, переданы странам-членам ЕАЭС, Азербайджану, Узбекистану, Таджикистану, Туркменистану, Монголии, Северной Корее и Ирану. В общей сложности было отправлено 800 тест-систем для лабораторного скрининга нового коронавируса COVID-19, что позволит специалистам провести 80 000 тестов », — говорится в сообщении.
Ирану бесплатно было передано около 500 испытательных систем для проведения 50 000 испытаний.
Ранее агентство сообщало, что Россия поставила отечественные тест-системы для обнаружения нового коронавируса в десять стран.Эти системы разработаны Новосибирским государственным научным центром вирусологии и биотехнологии «Вектор». Они помогли подтвердить случаи коронавируса в Армении и Беларуси.
В конце декабря 2019 года в китайском городе Ухань, экономическом и промышленном мегаполисе с населением 12 миллионов человек, была зарегистрирована вспышка пневмонии, вызванная коронавирусом COVID-19 (ранее известный как 2019-nCoV).
Всемирная организация здравоохранения 11 марта признала ситуацию с новым коронавирусом пандемией.
За пределами Китая больше всего пострадали Италия, Южная Корея и Иран. В целом более 100 других стран, включая Россию, зарегистрировали подтвержденные случаи коронавируса.
Согласно последним отчетам, Китай, в котором находится основная масса случаев заболевания, подтвердил около 80700 случаев заражения пациентов новым коронавирусом.
Число погибших от вируса достигло 3169, но более 62 700 пациентов выздоровели. По данным ВОЗ, число случаев нового коронавируса во всем мире превысило 118000 человек, при этом погибло более 4290 человек.
Дешевые рейсы Яунде — Благовещенск
[Россия] Существуют ограничения на поездки для пассажиров, вылетающих из выбранной вами страны вылета. Пожалуйста, проверьте полную информацию о ваших ограничениях на поездки перед бронированием. Опубликовано 14.06.2021
1. Пассажирам вход запрещен.
- Это не относится к:
- граждан ФРС РФ. и члены их семей;
- постоянных жителей РФ.;
- граждане Великобритании и граждане Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана, Кореи (Республика), Кыргызстана, Мальдив, Катара, Сербии, Сейшельских островов, Сингапура, Шри-Ланки , Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Узбекистан, Венесуэла и Вьетнам, если вы прибываете прямым рейсом из Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана. , Корея (Респ.), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские Острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла или Вьетнам;
- жителей Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана, Кореи (Респ.), Кыргызстана, Мальдив, Катара, Сербии, Сейшельских островов, Сингапура, Шри-Ланки, Швейцарии, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла и Вьетнам, если вы прибываете прямым рейсом из Армении, Азербайджана, Беларуси, Кубы, Египта, Эфиопии, Финляндии, Германии, Греции, Индии, Японии, Казахстана. , Корея (Респ.), Кыргызстан, Мальдивы, Катар, Сербия, Сейшельские Острова, Сингапур, Шри-Ланка, Швейцария, Сирия, Таджикистан, Танзания, Турция, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, Узбекистан, Венесуэла или Вьетнам;
- студентов с письменным разрешением, выданным их университетом. Согласие должно быть подано в Федеральную службу безопасности ФРС. университетом;
- до 2 июля 2021 г .:
- пассажиров, путешествующих с карточкой болельщика УЕФА 2021, выданной на бумаге или в электронном виде;
- пассажиров с письмом-подтверждением «Местная организационная структура UEFA Euro 2021 (LOS)».
2. Пассажиры, прибывающие или следующие транзитом через территорию Российской Федерации. должен иметь распечатанный отрицательный результат ПЦР-теста на COVID-19, выданный не позднее, чем за 3 дня до прибытия. Результат теста должен быть на английском или русском. Принимается нотариально заверенный перевод на русский язык.
- Это не относится к:
- человек из ФРС РФ;
- граждан Армении, Беларуси, Казахстана и Кыргызстана прибывают прямым рейсом из Армении, Беларуси или Кыргызстана.